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- PDB-8ouw: Cryo-EM structure of CMG helicase bound to TIM-1/TIPN-1 and homod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ouw
タイトルCryo-EM structure of CMG helicase bound to TIM-1/TIPN-1 and homodimeric DNSN-1 on fork DNA (Caenorhabditis elegans)
要素
  • (DNA replication complex GINS protein ...) x 2
  • (DNA replication licensing factor ...) x 6
  • (Probable DNA replication complex GINS protein ...) x 2
  • Cell division control protein 45 homolog
  • DNA Lagging Strand Template
  • DNA Leading Strand Template
  • Downstream Neighbor of SoN homolog
  • Protein TIPIN homolog
  • Protein timeless homolog
キーワードREPLICATION / DNA Replication / DNA Replication Initiation / Replisome / DONSON
機能・相同性
機能・相同性情報


MCM complex assembly / negative regulation of DNA helicase activity / Unwinding of DNA / Assembly of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / Activation of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / regulation of sister chromatid cohesion / : / replication fork arrest ...MCM complex assembly / negative regulation of DNA helicase activity / Unwinding of DNA / Assembly of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / Activation of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / regulation of sister chromatid cohesion / : / replication fork arrest / gonad development / cell cycle phase transition / GINS complex / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / nuclear DNA replication / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / meiotic sister chromatid cohesion / mitotic DNA replication / DNA replication checkpoint signaling / MCM complex / DNA replication preinitiation complex / pronucleus / replication fork protection complex / mitotic DNA replication initiation / double-strand break repair via break-induced replication / locomotion / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / embryo development ending in birth or egg hatching / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA duplex unwinding / mitotic sister chromatid cohesion / DNA strand elongation involved in DNA replication / replication fork processing / DNA unwinding involved in DNA replication / mitotic sister chromatid segregation / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / condensed chromosome / DNA helicase activity / helicase activity / meiotic cell cycle / DNA-templated DNA replication / chromosome / nervous system development / single-stranded DNA binding / DNA replication / DNA helicase / hydrolase activity / cell cycle / cell division / DNA repair / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Donson / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / TIPIN/Csm3/Swi3 / Replication Fork Protection Component Swi3 / Timeless / Timeless, N-terminal / Timeless protein / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45-like protein ...Donson / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / TIPIN/Csm3/Swi3 / Replication Fork Protection Component Swi3 / Timeless / Timeless, N-terminal / Timeless protein / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45-like protein / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS complex protein helical bundle domain / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / Protein timeless homolog / Downstream Neighbor of SoN homolog / DNA replication licensing factor MCM7 / Probable DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor mcm-6 / DNA replication licensing factor mcm-5 / Probable DNA replication complex GINS protein PSF1 ...PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / Protein timeless homolog / Downstream Neighbor of SoN homolog / DNA replication licensing factor MCM7 / Probable DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor mcm-6 / DNA replication licensing factor mcm-5 / Probable DNA replication complex GINS protein PSF1 / Cell division control protein 45 homolog / DNA replication licensing factor mcm-4 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / Protein TIPIN homolog / DNA replication complex GINS protein SLD5 / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Jenkyn-Bedford, M. / Yeeles, J.T.P. / Labib, K.P.M.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: DNSN-1 recruits GINS for CMG helicase assembly during DNA replication initiation in .
著者: Yisui Xia / Remi Sonneville / Michael Jenkyn-Bedford / Liqin Ji / Constance Alabert / Ye Hong / Joseph T P Yeeles / Karim P M Labib /
要旨: Assembly of the CMG (CDC-45-MCM-2-7-GINS) helicase is the key regulated step during eukaryotic DNA replication initiation. Until now, it was unclear whether metazoa require additional factors that ...Assembly of the CMG (CDC-45-MCM-2-7-GINS) helicase is the key regulated step during eukaryotic DNA replication initiation. Until now, it was unclear whether metazoa require additional factors that are not present in yeast. In this work, we show that DNSN-1, the ortholog of human DONSON, functions during helicase assembly in a complex with MUS-101/TOPBP1. DNSN-1 is required to recruit the GINS complex to chromatin, and a cryo-electron microscopy structure indicates that DNSN-1 positions GINS on the MCM-2-7 helicase motor (comprising the six MCM-2 to MCM-7 proteins), by direct binding of DNSN-1 to GINS and MCM-3, using interfaces that we show are important for initiation and essential for viability. These findings identify DNSN-1 as a missing link in our understanding of DNA replication initiation, suggesting that initiation defects underlie the human disease syndrome that results from DONSON mutations.
履歴
登録2023年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: DNA replication licensing factor MCM2
3: DNA replication licensing factor MCM3
4: DNA replication licensing factor mcm-4
5: DNA replication licensing factor mcm-5
6: DNA replication licensing factor mcm-6
7: DNA replication licensing factor MCM7
A: Probable DNA replication complex GINS protein PSF1
B: Probable DNA replication complex GINS protein PSF2
C: DNA replication complex GINS protein PSF3
D: DNA replication complex GINS protein SLD5
E: Cell division control protein 45 homolog
F: Downstream Neighbor of SoN homolog
G: Downstream Neighbor of SoN homolog
H: Downstream Neighbor of SoN homolog
I: DNA Leading Strand Template
J: DNA Leading Strand Template
K: Protein timeless homolog
L: Protein TIPIN homolog
M: DNA Lagging Strand Template
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,153,73432
ポリマ－1,151,28519
非ポリマー2,44913
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA replication licensing factor ... , 6種, 6分子 234567

#1: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM2


分子量: 99448.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: mcm-2, CELE_Y17G7B.5, Y17G7B.5 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9XXI9, DNA helicase
#2: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM3


分子量: 90810.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: mcm-3, C25D7.6, CELE_C25D7.6 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9XVR7, DNA helicase
#3: タンパク質 DNA replication licensing factor mcm-4


分子量: 91687.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: mcm-4, let-358, lin-6, Y39G10AR.14 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q95XQ8, DNA helicase
#4: タンパク質 DNA replication licensing factor mcm-5


分子量: 85057.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: mcm-5, R10E4.4 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q21902, DNA helicase
#5: タンパク質 DNA replication licensing factor mcm-6


分子量: 91248.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: mcm-6, ZK632.1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P34647, DNA helicase
#6: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM7


分子量: 81721.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: mcm-7, MCM7, CELE_F32D1.10, F32D1.10 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O16297, DNA helicase

-
Probable DNA replication complex GINS protein ... , 2種, 2分子 AB

#7: タンパク質 Probable DNA replication complex GINS protein PSF1 / GINS complex subunit 1


分子量: 23064.361 Da / 分子数: 1
Mutation: Protease-cleaved N-terminal expression tag (Gly-Pro-Gly-Ser)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: psf-1, R53.6 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q22019
#8: タンパク質 Probable DNA replication complex GINS protein PSF2 / GINS complex subunit 2


分子量: 20349.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: psf-2, F31C3.5 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O62193

-
DNA replication complex GINS protein ... , 2種, 2分子 CD

#9: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF3


分子量: 21717.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: psf-3, CELE_Y65B4BR.8, Y65B4BR.8 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9BL54
#10: タンパク質 DNA replication complex GINS protein SLD5


分子量: 25705.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: sld-5, CELE_Y113G7B.24, Y113G7B.24 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9U2W9

-
タンパク質 , 4種, 6分子 EFGHKL

#11: タンパク質 Cell division control protein 45 homolog


分子量: 66245.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: evl-18, CELE_F34D10.2, F34D10.2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q7JMR0
#12: タンパク質 Downstream Neighbor of SoN homolog


分子量: 66079.383 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: dnsn-1, C24H12.5, CELE_C24H12.5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H1ZUV7
#14: タンパク質 Protein timeless homolog


分子量: 157256.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: tim-1, csg-5, Y75B8A.22 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: G5EDN3
#15: タンパク質 Protein TIPIN homolog / CSM3 homolog


分子量: 27415.215 Da / 分子数: 1
Mutation: Protease-cleaved N-terminal expression tag (Gly-Pro-Gly-Ser)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: tipn-1, F23C8.9 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9TXI0

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DNA鎖 , 2種, 3分子 IJM

#13: DNA鎖 DNA Leading Strand Template


分子量: 26396.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#16: DNA鎖 DNA Lagging Strand Template


分子量: 18524.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
非ポリマー , 3種, 13分子

#17: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#18: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#19: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of CMG helicase bound to TIM-1/TIPN-1 and homodimeric DNSN-1 on fork DNA (Caenorhabditis elegans)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 15 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影平均露光時間: 1.7 sec. / 電子線照射量: 40.1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU2画像取得
13PHENIX1.19モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 33900 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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