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万見
- PDB-8oel: Condensed RPA-DNA nucleoprotein filament -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oel
タイトルCondensed RPA-DNA nucleoprotein filament
要素
  • RPA14 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
  • RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
  • Replication factor A
  • poly dT
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA replication / single strand DNA-binding protein / RPA
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding / chromosome, telomeric region / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Replication factor A protein-like / Replication factor A, C-terminal / Replication factor-A C terminal domain / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Replication factor A / RPA14 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination / RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.24 Å
データ登録者Madru, C. / Martinez-Carranza, M. / Sauguet, L.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: DNA-binding mechanism and evolution of replication protein A.
著者: Clément Madru / Markel Martínez-Carranza / Sébastien Laurent / Alessandra C Alberti / Maelenn Chevreuil / Bertrand Raynal / Ahmed Haouz / Rémy A Le Meur / Marc Delarue / Ghislaine Henneke ...著者: Clément Madru / Markel Martínez-Carranza / Sébastien Laurent / Alessandra C Alberti / Maelenn Chevreuil / Bertrand Raynal / Ahmed Haouz / Rémy A Le Meur / Marc Delarue / Ghislaine Henneke / Didier Flament / Mart Krupovic / Pierre Legrand / Ludovic Sauguet /
要旨: Replication Protein A (RPA) is a heterotrimeric single stranded DNA-binding protein with essential roles in DNA replication, recombination and repair. Little is known about the structure of RPA in ...Replication Protein A (RPA) is a heterotrimeric single stranded DNA-binding protein with essential roles in DNA replication, recombination and repair. Little is known about the structure of RPA in Archaea, the third domain of life. By using an integrative structural, biochemical and biophysical approach, we extensively characterize RPA from Pyrococcus abyssi in the presence and absence of DNA. The obtained X-ray and cryo-EM structures reveal that the trimerization core and interactions promoting RPA clustering on ssDNA are shared between archaea and eukaryotes. However, we also identified a helical domain named AROD (Acidic Rpa1 OB-binding Domain), and showed that, in Archaea, RPA forms an unanticipated tetrameric supercomplex in the absence of DNA. The four RPA molecules clustered within the tetramer could efficiently coat and protect stretches of ssDNA created by the advancing replisome. Finally, our results provide insights into the evolution of this primordial replication factor in eukaryotes.
履歴
登録2023年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replication factor A
B: RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
C: RPA14 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
D: Replication factor A
T: poly dT
H: RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
I: RPA14 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,5199
ポリマ－203,3897
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19190 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area60510 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Replication factor A


分子量: 41008.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 遺伝子: PAB2163 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8ZHS0
#2: タンパク質 RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination


分子量: 31489.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 遺伝子: PAB2165 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V1Z1
#3: タンパク質 RPA14 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination


分子量: 14008.925 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 遺伝子: PAB2164 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V1Z0
#4: DNA鎖 poly dT


分子量: 30374.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1RPA bound to a 100-mer poly-dT ssDNACOMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2RPA 1,2,3COMPLEX#1-#31RECOMBINANT
3poly dTCOMPLEX#41SYNTHETIC
分子量値: 0.1 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Pyrococcus abyssi (古細菌)29292
33Escherichia coli (大腸菌)562
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
33Synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

画像処理
IDImage recording-ID
11
21
CTF補正
IDEM image processing-IDタイプ
11PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
22PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成

Entry-ID: 8OEL / 粒子像の数: 48242 / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 対称性のタイプ: POINT

ID解像度 (Å)Image processing-IDアルゴリズム
18.241BACK PROJECTION
28.21
38.242BACK PROJECTION
48.22
精密化最高解像度: 8.24 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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