PDB-8k93: CryoEM structure of LonC protease S582A open hexamer with lysozyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8k93

タイトル

CryoEM structure of LonC protease S582A open hexamer with lysozyme

要素

Endopeptidase La

キーワード

CHAPERONE / Lon proteases / open hexamer / lysozyme

機能・相同性

機能・相同性情報

endopeptidase La / ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Meiothermus taiwanensis (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å

データ登録者

Li, M. / Hsieh, K. / Liu, H. / Zhang, S. / Gao, Y. / Gong, Q. / Zhang, K. / Chang, C. / Li, S.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Fundam Res / 年: 2024
タイトル: Bifurcated assembly pathway and dual function of a Lon-like protease revealed by cryo-EM Analysis
著者: Li, M. / Liu, H. / Hsieh, K.Y. / Zhang, S. / Gao, Y. / Gong, Q. / Zhang, K. / Chang, C.I. / Li, S.

履歴

登録	2023年7月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8k93.cif.gz	706.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8k93.ent.gz	596.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8k93.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8k93_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8k93_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8k93_validation.xml.gz	115.5 KB	表示
CIF形式データ	8k93_validation.cif.gz	174.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/8k93 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/8k93	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	36973MC 36965C 36966C 36967C 36968C 36969C 36970C 36971C 36972C 36974C 36975C 36976C 36977C 36978C 36979C 8k8vC 8k8wC 8k8xC 8k8yC 8k8zC 8k90C 8k91C 8k92C 8k94C 8k95C 8k96C 8k97C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endopeptidase La

B: Endopeptidase La

C: Endopeptidase La

D: Endopeptidase La

E: Endopeptidase La

F: Endopeptidase La

ヘテロ分子

484 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Endopeptidase La 分子量: 80542.352 Da / 分子数: 6 / 変異: S582A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Meiothermus taiwanensis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9DRU9, endopeptidase La
#2: 化合物	ChemComp-TS6 / Monothiophosphate / phosphorothioic O,O,S-acid / チオりん酸分子量: 114.061 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₃O₃PS
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: CryoEM structure of LonC protease S582A open hexamer with lysozyme タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.48 MDa / 実験値: YES
由来(天然)	生物種: Meiothermus taiwanensis (バクテリア)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.5
試料	濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1300 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	EPU		画像取得
12	cryoSPARC	2.2	分類
13	cryoSPARC	3.2	３次元再構成

CTF補正

タイプ: NONE

粒子像の選択

選択した粒子像数: 951053

3次元再構成

解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 79643 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.004	34122
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.589	46332
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.155	4806
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.039	5166
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	6192

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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