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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8j9o | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of inactive FZD1 | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Frizzled / class-F / FZD1 / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 muscular septum morphogenesis / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / autocrine signaling / : / membranous septum morphogenesis / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / hard palate development / Wnt receptor activity / presynapse assembly ...muscular septum morphogenesis / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / autocrine signaling / : / membranous septum morphogenesis / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / hard palate development / Wnt receptor activity / presynapse assembly / non-canonical Wnt signaling pathway / Wnt-protein binding / endothelial cell differentiation / midbrain dopaminergic neuron differentiation / frizzled binding / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / PCP/CE pathway / Wnt signalosome / Class B/2 (Secretin family receptors) / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / outflow tract morphogenesis / regulation of presynapse assembly / negative regulation of BMP signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / Asymmetric localization of PCP proteins / TCF dependent signaling in response to WNT / G protein-coupled receptor activity / PDZ domain binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / electron transport chain / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / neuron differentiation / positive regulation of neuron projection development / cell-cell signaling / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of protein phosphorylation / signaling receptor binding / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / heme binding / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Escherichia coli (大腸菌) Mus (ネズミ) Vicugna pacos (アルパカ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Lin, X. / Xu, F. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024 タイトル: A framework for Frizzled-G protein coupling and implications to the PCP signaling pathways. 著者: Zhibin Zhang / Xi Lin / Ling Wei / Yiran Wu / Lu Xu / Lijie Wu / Xiaohu Wei / Suwen Zhao / Xiangjia Zhu / Fei Xu / 要旨: The ten Frizzled receptors (FZDs) are essential in Wnt signaling and play important roles in embryonic development and tumorigenesis. Among these, FZD6 is closely associated with lens development. ...The ten Frizzled receptors (FZDs) are essential in Wnt signaling and play important roles in embryonic development and tumorigenesis. Among these, FZD6 is closely associated with lens development. Understanding FZD activation mechanism is key to unlock these emerging targets. Here we present the cryo-EM structures of FZD6 and FZD3 which are known to relay non-canonical planar cell polarity (PCP) signaling pathways as well as FZD1 in their G protein-coupled states and in the apo inactive states, respectively. Comparison of the three inactive/active pairs unveiled a shared activation framework among all ten FZDs. Mutagenesis along with imaging and functional analysis on the human lens epithelial tissues suggested potential crosstalk between the G-protein coupling of FZD6 and the PCP signaling pathways. Together, this study provides an integrated understanding of FZD structure and function, and lays the foundation for developing therapeutic modulators to activate or inhibit FZD signaling for a range of disorders including cancers and cataracts. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8j9o.cif.gz | 188.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8j9o.ent.gz | 141.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8j9o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8j9o_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8j9o_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8j9o_validation.xml.gz | 42.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8j9o_validation.cif.gz | 63.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/8j9o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/8j9o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36112MC 8j9nC 8jh7C 8jhbC 8jhcC 8jhiC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 75034.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: inactive FZD1 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: FZD1, cybC / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9UP38, UniProt: P0ABE7 |
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#2: 抗体 | 分子量: 28035.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus (ネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
#3: 抗体 | 分子量: 13390.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#4: 抗体 | 分子量: 24557.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus (ネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Frizzled-1 with ICL3-BRIL complex with anti-BRIL Fab タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 327768 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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