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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ez9 | |||||||||
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タイトル | Dimeric complex of DNA-PKcs | |||||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / Dimer / Kinase / Complex / NHEJ | |||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of platelet formation / T cell receptor V(D)J recombination / pro-B cell differentiation / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / DNA-dependent protein kinase complex / immature B cell differentiation / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex ...positive regulation of platelet formation / T cell receptor V(D)J recombination / pro-B cell differentiation / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / DNA-dependent protein kinase complex / immature B cell differentiation / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / immunoglobulin V(D)J recombination / nonhomologous end joining complex / regulation of smooth muscle cell proliferation / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / regulation of epithelial cell proliferation / IRF3-mediated induction of type I IFN / telomere capping / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / U3 snoRNA binding / T cell lineage commitment / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / maturation of 5.8S rRNA / B cell lineage commitment / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / ectopic germ cell programmed cell death / somitogenesis / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / activation of innate immune response / telomere maintenance / positive regulation of erythrocyte differentiation / negative regulation of protein phosphorylation / positive regulation of translation / response to gamma radiation / protein-DNA complex / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / small-subunit processome / peptidyl-threonine phosphorylation / protein destabilization / protein modification process / regulation of circadian rhythm / brain development / double-strand break repair via nonhomologous end joining / cellular response to insulin stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / double-strand break repair / rhythmic process / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / heart development / T cell differentiation in thymus / double-stranded DNA binding / peptidyl-serine phosphorylation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / chromosome, telomeric region / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / protein phosphorylation / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.67 Å | |||||||||
![]() | Chen, S. / He, Y. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM visualization of DNA-PKcs structural intermediates in NHEJ. 著者: Siyu Chen / Alex Vogt / Linda Lee / Tasmin Naila / Ryan McKeown / Alan E Tomkinson / Susan P Lees-Miller / Yuan He / ![]() ![]() 要旨: DNA double-strand breaks (DSBs), one of the most cytotoxic forms of DNA damage, can be repaired by the tightly regulated nonhomologous end joining (NHEJ) machinery (Stinson and Loparo and Zhao ). ...DNA double-strand breaks (DSBs), one of the most cytotoxic forms of DNA damage, can be repaired by the tightly regulated nonhomologous end joining (NHEJ) machinery (Stinson and Loparo and Zhao ). Core NHEJ factors form an initial long-range (LR) synaptic complex that transitions into a DNA-PKcs (DNA-dependent protein kinase, catalytic subunit)-free, short-range state to align the DSB ends (Chen ). Using single-particle cryo-electron microscopy, we have visualized three additional key NHEJ complexes representing different transition states, with DNA-PKcs adopting distinct dimeric conformations within each of them. Upon DNA-PKcs autophosphorylation, the LR complex undergoes a substantial conformational change, with both Ku and DNA-PKcs rotating outward to promote DNA break exposure and DNA-PKcs dissociation. We also captured a dimeric state of catalytically inactive DNA-PKcs, which resembles structures of other PIKK (Phosphatidylinositol 3-kinase-related kinase) family kinases, revealing a model of the full regulatory cycle of DNA-PKcs during NHEJ. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 213 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 313.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 28731MC ![]() 8ezaC ![]() 8ezbC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1720.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 469673.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: dimer of DNA-PKcs / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2, #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.94 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 1.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 302 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 倍率(補正後): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Calibrated defocus min: 2000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 4000 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K |
撮影 | 平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 65 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13132 |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
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解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.4/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1587734 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 64775 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: CC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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