+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8eg0 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of human METTL1-WDR4 in complex with Lys-tRNA and SAH | ||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||
キーワード | TRANSFERASE/RNA / Cancer protein (悪性腫瘍) / Methyl transferase (メチルトランスフェラーゼ) / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-RNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 internal mRNA (guanine-N7-)-methyltransferase activity / tRNA stabilization / tRNA (m7G46) methyltransferase complex / tRNA (guanine-N7)-methylation / RNA (guanine-N7)-methylation / tRNA (guanine46-N7)-methyltransferase / tRNA (guanine(46)-N7)-methyltransferase activity / tRNA methyltransferase activator activity / tRNA methyltransferase complex / tRNA modification in the nucleus and cytosol ...internal mRNA (guanine-N7-)-methyltransferase activity / tRNA stabilization / tRNA (m7G46) methyltransferase complex / tRNA (guanine-N7)-methylation / RNA (guanine-N7)-methylation / tRNA (guanine46-N7)-methyltransferase / tRNA (guanine(46)-N7)-methyltransferase activity / tRNA methyltransferase activator activity / tRNA methyltransferase complex / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA methylation / tRNA modification / enzyme activator activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / 染色体 / tRNA binding / DNA damage response / 核小体 / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Ruiz-Arroyo, V.M. / Nam, Y. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Structures and mechanisms of tRNA methylation by METTL1-WDR4. 著者: Victor M Ruiz-Arroyo / Rishi Raj / Kesavan Babu / Otgonbileg Onolbaatar / Paul H Roberts / Yunsun Nam / 要旨: Specific, regulated modification of RNAs is important for proper gene expression. tRNAs are rich with various chemical modifications that affect their stability and function. 7-Methylguanosine (mG) ...Specific, regulated modification of RNAs is important for proper gene expression. tRNAs are rich with various chemical modifications that affect their stability and function. 7-Methylguanosine (mG) at tRNA position 46 is a conserved modification that modulates steady-state tRNA levels to affect cell growth. The METTL1-WDR4 complex generates mG46 in humans, and dysregulation of METTL1-WDR4 has been linked to brain malformation and multiple cancers. Here we show how METTL1 and WDR4 cooperate to recognize RNA substrates and catalyse methylation. A crystal structure of METTL1-WDR4 and cryo-electron microscopy structures of METTL1-WDR4-tRNA show that the composite protein surface recognizes the tRNA elbow through shape complementarity. The cryo-electron microscopy structures of METTL1-WDR4-tRNA with S-adenosylmethionine or S-adenosylhomocysteine along with METTL1 crystal structures provide additional insights into the catalytic mechanism by revealing the active site in multiple states. The METTL1 N terminus couples cofactor binding with conformational changes in the tRNA, the catalytic loop and the WDR4 C terminus, acting as the switch to activate mG methylation. Thus, our structural models explain how post-translational modifications of the METTL1 N terminus can regulate methylation. Together, our work elucidates the core and regulatory mechanisms underlying mG modification by METTL1, providing the framework to understand its contribution to biology and disease. #1: ジャーナル: To be published タイトル: CryoEM structure of human METTL1-WDR4 in complex with Lys-tRNA 著者: Ruiz-Arroyo, V.M. / Nam, Y. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8eg0.cif.gz | 172.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8eg0.ent.gz | 111 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8eg0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/8eg0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/8eg0 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 28108MC 8d58C 8d59C 8d5bC 8d9kC 8d9lC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45123.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P57081 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 31516.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL1, C12orf1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UBP6, tRNA (guanine46-N7)-methyltransferase, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
#3: RNA鎖 | 分子量: 23162.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1781322811 |
#4: 化合物 | ChemComp-SAH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human METTL1-WDR4 in complex with Lys-tRNA and SAH. / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 0.112 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 375.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
撮影 | 電子線照射量: 62 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 71913 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 197.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|