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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c5z | ||||||
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タイトル | RPA tetrameric supercomplex with AROD-OB-1 | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / DNA replication / single strand DNA-binding protein / RPA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pyrococcus abyssi (古細菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Madru, C. / Martinez-Carranza, M. / Legrand, P. / Sauguet, L. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: DNA-binding mechanism and evolution of replication protein A. 著者: Clément Madru / Markel Martínez-Carranza / Sébastien Laurent / Alessandra C Alberti / Maelenn Chevreuil / Bertrand Raynal / Ahmed Haouz / Rémy A Le Meur / Marc Delarue / Ghislaine Henneke ...著者: Clément Madru / Markel Martínez-Carranza / Sébastien Laurent / Alessandra C Alberti / Maelenn Chevreuil / Bertrand Raynal / Ahmed Haouz / Rémy A Le Meur / Marc Delarue / Ghislaine Henneke / Didier Flament / Mart Krupovic / Pierre Legrand / Ludovic Sauguet / 要旨: Replication Protein A (RPA) is a heterotrimeric single stranded DNA-binding protein with essential roles in DNA replication, recombination and repair. Little is known about the structure of RPA in ...Replication Protein A (RPA) is a heterotrimeric single stranded DNA-binding protein with essential roles in DNA replication, recombination and repair. Little is known about the structure of RPA in Archaea, the third domain of life. By using an integrative structural, biochemical and biophysical approach, we extensively characterize RPA from Pyrococcus abyssi in the presence and absence of DNA. The obtained X-ray and cryo-EM structures reveal that the trimerization core and interactions promoting RPA clustering on ssDNA are shared between archaea and eukaryotes. However, we also identified a helical domain named AROD (Acidic Rpa1 OB-binding Domain), and showed that, in Archaea, RPA forms an unanticipated tetrameric supercomplex in the absence of DNA. The four RPA molecules clustered within the tetramer could efficiently coat and protect stretches of ssDNA created by the advancing replisome. Finally, our results provide insights into the evolution of this primordial replication factor in eukaryotes. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8c5z.cif.gz | 497.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8c5z.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8c5z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8c5z_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8c5z_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8c5z_validation.xml.gz | 72.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8c5z_validation.cif.gz | 107.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/8c5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/8c5z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16445MC 8aa9C 8aajC 8aasC 8c5yC 8oejC 8oelC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41008.965 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 遺伝子: PAB2163 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8ZHS0 #2: タンパク質 | 分子量: 20930.475 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 遺伝子: PAB2165 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V1Z1 #3: タンパク質 | 分子量: 13078.994 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 遺伝子: PAB2164 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V1Z0 #4: 化合物 | ChemComp-ZN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RPA tetrameric supercomplex alternative conformation with AROD-OB-1 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.345 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41432 / 対称性のタイプ: POINT |