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- PDB-8a7d: Partial dimer complex of PAPP-A and its inhibitor STC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a7d
タイトルPartial dimer complex of PAPP-A and its inhibitor STC2
要素
  • Pappalysin-1
  • Stanniocalcin-2
キーワードHYDROLASE / Metzincin metalloprotease Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of hormone biosynthetic process / pappalysin-1 / response to follicle-stimulating hormone / regulation of store-operated calcium entry / protein metabolic process / response to vitamin D / negative regulation of multicellular organism growth / response to dexamethasone / decidualization / endoplasmic reticulum unfolded protein response ...regulation of hormone biosynthetic process / pappalysin-1 / response to follicle-stimulating hormone / regulation of store-operated calcium entry / protein metabolic process / response to vitamin D / negative regulation of multicellular organism growth / response to dexamethasone / decidualization / endoplasmic reticulum unfolded protein response / embryo implantation / female pregnancy / Post-translational protein phosphorylation / protein catabolic process / hormone activity / metalloendopeptidase activity / response to peptide hormone / intracellular calcium ion homeostasis / metallopeptidase activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cellular response to hypoxia / response to oxidative stress / cell surface receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of gene expression / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Stanniocalcin / Stanniocalcin family / Pappalysin-1/2 / Myxococcus cysteine-rich repeat / LamG-like jellyroll fold / LamG-like jellyroll fold domain / Peptidase M43, pregnancy-associated plasma-A / Pregnancy-associated plasma protein-A / Concanavalin A-like lectin/glucanases superfamily / Notch domain ...Stanniocalcin / Stanniocalcin family / Pappalysin-1/2 / Myxococcus cysteine-rich repeat / LamG-like jellyroll fold / LamG-like jellyroll fold domain / Peptidase M43, pregnancy-associated plasma-A / Pregnancy-associated plasma protein-A / Concanavalin A-like lectin/glucanases superfamily / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Stanniocalcin-2 / Pappalysin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Kobbero, S.D. / Gajhede, M. / Mirza, O.A. / Boesen, T. / Oxvig, C.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Danish Council for Independent Research デンマーク
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of the proteolytic enzyme PAPP-A with the endogenous inhibitor stanniocalcin-2 reveals its inhibitory mechanism.
著者: Sara Dam Kobberø / Michael Gajhede / Osman Asghar Mirza / Søren Kløverpris / Troels Rønn Kjær / Jakob Hauge Mikkelsen / Thomas Boesen / Claus Oxvig /
要旨: The metzincin metalloproteinase PAPP-A plays a key role in the regulation of insulin-like growth factor (IGF) signaling by specific cleavage of inhibitory IGF binding proteins (IGFBPs). Using single- ...The metzincin metalloproteinase PAPP-A plays a key role in the regulation of insulin-like growth factor (IGF) signaling by specific cleavage of inhibitory IGF binding proteins (IGFBPs). Using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), we here report the structure of PAPP-A in complex with its endogenous inhibitor, stanniocalcin-2 (STC2), neither of which have been reported before. The highest resolution (3.1 Å) was obtained for the STC2 subunit and the N-terminal approximately 1000 residues of the PAPP-A subunit. The 500 kDa 2:2 PAPP-A·STC2 complex is a flexible multidomain ensemble with numerous interdomain contacts. In particular, a specific disulfide bond between the subunits of STC2 and PAPP-A prevents dissociation, and interactions between STC2 and a module located in the very C-terminal end of the PAPP-A subunit prevent binding of its main substrate, IGFBP-4. While devoid of activity towards IGFBP-4, the active site cleft of the catalytic domain is accessible in the inhibited PAPP-A·STC2 complex, as shown by its ability to hydrolyze a synthetic peptide derived from IGFBP-4. Relevant to multiple human pathologies, this unusual mechanism of proteolytic inhibition may support the development of specific pharmaceutical agents, by which IGF signaling can be indirectly modulated.
履歴
登録2022年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Pappalysin-1
P: Stanniocalcin-2
Q: Pappalysin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)363,26220
ポリマ－361,1063
非ポリマー2,15617
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area5720 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area64030 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Pappalysin-1 / Insulin-like growth factor-dependent IGF-binding protein 4 protease / IGF-dependent IGFBP-4 ...Insulin-like growth factor-dependent IGF-binding protein 4 protease / IGF-dependent IGFBP-4 protease / IGFBP-4ase / Pregnancy-associated plasma protein A / PAPP-A


分子量: 171143.047 Da / 分子数: 2 / 変異: E563Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: extracellular / 遺伝子: PAPPA / Cell (発現宿主): stem cell / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): embryonic / 参照: UniProt: Q13219, pappalysin-1
#2: タンパク質 Stanniocalcin-2 / STC-2 / Stanniocalcin-related protein / STC-related protein / STCRP


分子量: 18819.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: Extracellular / 遺伝子: STC2 / Cell (発現宿主): stem cell / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): embryonic / 参照: UniProt: O76061
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Partial PAPP-A dimer in complex with subunit of its endogenous inhibitor STC2 dimerCOMPLEXInhibited proteolytic complex generated by harvest of serum media, purifying on a nickel column followed by negative affinity purification and size-exclusion chromatography.#1-#20RECOMBINANT
2PAPP-ACOMPLEXParts of both PAPP-A subunits#11RECOMBINANT
3Subunit of Stanniocalcin-2COMPLEXOne subunit of the STC2 dimer#21RECOMBINANT
4N-terminal part of PAPP-ACOMPLEXThe first approximately 1000 residues of a PAPP-A subunit#12RECOMBINANT
5C-terminal part of PAPP-ACOMPLEXThe C-terminal 240 residues of one PAPP-A subunit#12RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.5 MDaYES
22NO
33NO
44NO
55NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞内の位置組織
11Homo sapiens (ヒト)9606extracellularubiquitous
22Homo sapiens (ヒト)9606extracellularubiquitous
33Homo sapiens (ヒト)9606extracellularubiquitous
44Homo sapiens (ヒト)9606extracellularubiquitous
55Homo sapiens (ヒト)9606extracellularubiquitous
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞プラスミド
11Homo sapiens (ヒト)9606embryonic kidney cellspcDNA
22Homo sapiens (ヒト)9606embryonic kidney cellspcDNA
33Homo sapiens (ヒト)9606embryonic kidney cellspcDNA
44Homo sapiens (ヒト)9606embryonic kidney cellspcDNA
55Homo sapiens (ヒト)9606embryonic kidney cellspcDNA
緩衝液pH: 7.4
詳細: Hepes buffer, 20 mM Hepes pH 7.4 100 mM NaCl, 1 mM CaCl
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHepesHepes1
2100 mMNaCLNaCl1
31 mMCaClCaCl1
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: 4 s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影
IDImaging-ID平均露光時間 (sec.)電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル撮影したグリッド数実像数
110.9159GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)132144
210.858GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)110060

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリFitting-ID
4cryoSPARC3.3CTF補正
7Cootモデルフィッティング1
12cryoSPARC3.3３次元再構成
13PHENIXモデル精密化1
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 6677370 / 詳細: Combined two datasets
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 278982 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル空間詳細
1RIGID BODY FITREALalphafold2 model PAPP-A AF-Q13219-F1 STC2 AF-O76061-F1
2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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