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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7znl | |||||||||
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タイトル | Structure of the human TREX core THO-UAP56 complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION / transcription and export complex / TREX / RNA export / RNA packaging / RNA binding protein / gene expression | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 THO complex / THO complex part of transcription export complex / transcription export complex / primitive hemopoiesis / regulation of mRNA export from nucleus / U6 snRNP / RNA secondary structure unwinding / stem cell division / ATP-dependent protein binding / mRNA 3'-end processing ...THO complex / THO complex part of transcription export complex / transcription export complex / primitive hemopoiesis / regulation of mRNA export from nucleus / U6 snRNP / RNA secondary structure unwinding / stem cell division / ATP-dependent protein binding / mRNA 3'-end processing / ATP-dependent activity, acting on RNA / U4 snRNA binding / monocyte differentiation / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA export from nucleus / U4 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / poly(A)+ mRNA export from nucleus / generation of neurons / spliceosomal complex assembly / blastocyst development / neuron development / RHOBTB2 GTPase cycle / mRNA export from nucleus / U6 snRNA binding / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / central nervous system development / spliceosomal complex / cell morphogenesis / nuclear matrix / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / negative regulation of neuron projection development / regulation of gene expression / RNA helicase activity / nuclear body / RNA helicase / nuclear speck / mRNA binding / apoptotic process / signal transduction / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å | |||||||||
データ登録者 | Pacheco-Fiallos, F.B. / Vorlaender, M.K. / Plaschka, C. | |||||||||
資金援助 | European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: mRNA recognition and packaging by the human transcription-export complex. 著者: Belén Pacheco-Fiallos / Matthias K Vorländer / Daria Riabov-Bassat / Laura Fin / Francis J O'Reilly / Farja I Ayala / Ulla Schellhaas / Juri Rappsilber / Clemens Plaschka / 要旨: Newly made mRNAs are processed and packaged into mature ribonucleoprotein complexes (mRNPs) and are recognized by the essential transcription-export complex (TREX) for nuclear export. However, the ...Newly made mRNAs are processed and packaged into mature ribonucleoprotein complexes (mRNPs) and are recognized by the essential transcription-export complex (TREX) for nuclear export. However, the mechanisms of mRNP recognition and three-dimensional mRNP organization are poorly understood. Here we report cryo-electron microscopy and tomography structures of reconstituted and endogenous human mRNPs bound to the 2-MDa TREX complex. We show that mRNPs are recognized through multivalent interactions between the TREX subunit ALYREF and mRNP-bound exon junction complexes. Exon junction complexes can multimerize through ALYREF, which suggests a mechanism for mRNP organization. Endogenous mRNPs form compact globules that are coated by multiple TREX complexes. These results reveal how TREX may simultaneously recognize, compact and protect mRNAs to promote their packaging for nuclear export. The organization of mRNP globules provides a framework to understand how mRNP architecture facilitates mRNA biogenesis and export. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7znl.cif.gz | 1.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7znl.ent.gz | 1.5 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7znl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7znl_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7znl_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7znl_validation.xml.gz | 226.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7znl_validation.cif.gz | 387.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/7znl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/7znl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 14808MC 7znjC 7znkC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-THO complex subunit ... , 6種, 24分子 AIaiBJbjCKckEMemFNfnGOgo
#1: タンパク質 | 分子量: 75752.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THOC1, HPR1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96FV9 #2: タンパク質 | 分子量: 183087.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THOC2, CXorf3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8NI27 #3: タンパク質 | 分子量: 38817.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THOC3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96J01 #4: タンパク質 | 分子量: 78624.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THOC5, C22orf19, KIAA0983 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13769 #5: タンパク質 | 分子量: 37577.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THOC6, WDR58, PSEC0006 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q86W42 #6: タンパク質 | 分子量: 23782.014 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THOC7, NIF3L1BP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6I9Y2 |
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-タンパク質 , 1種, 4分子 HPhp
#7: タンパク質 | 分子量: 49056.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX39B, BAT1, UAP56 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13838, RNA helicase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: THO-UAP56 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 1.8 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 246457 / 対称性のタイプ: POINT |