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- PDB-7ymd: Cryo-EM structure of Nse1/3/4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ymd
タイトルCryo-EM structure of Nse1/3/4
要素
  • Non-structural maintenance of chromosome element 3
  • Non-structural maintenance of chromosome element 4
  • Non-structural maintenance of chromosomes element 1
キーワードCELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


Smc5-Smc6 complex / Platelet degranulation / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / chromatin looping / DNA damage tolerance / regulation of telomere maintenance / double-strand break repair via homologous recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / chromosome, telomeric region ...Smc5-Smc6 complex / Platelet degranulation / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / chromatin looping / DNA damage tolerance / regulation of telomere maintenance / double-strand break repair via homologous recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / chromosome, telomeric region / DNA repair / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Non-structural maintenance of chromosomes element 1 / Zinc finger, RING-like / Nse1 non-SMC component of SMC5-6 complex / RING-like domain / Non-structural maintenance of chromosome element 4, C-terminal / Nse4/EID family / Nse4/EID protein, Nse3/MAGE-binding domain / Nse4 C-terminal / Binding domain of Nse4/EID3 to Nse3-MAGE / MAGE homology domain ...Non-structural maintenance of chromosomes element 1 / Zinc finger, RING-like / Nse1 non-SMC component of SMC5-6 complex / RING-like domain / Non-structural maintenance of chromosome element 4, C-terminal / Nse4/EID family / Nse4/EID protein, Nse3/MAGE-binding domain / Nse4 C-terminal / Binding domain of Nse4/EID3 to Nse3-MAGE / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural maintenance of chromosome element 4 / Non-structural maintenance of chromosome element 3 / Non-structural maintenance of chromosomes element 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.176 Å
データ登録者Qian, L. / Jun, Z. / Zhenguo, C. / Wang, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structures of Smc5/6 in multiple states reveal its assembly and functional mechanisms.
著者: Qian Li / Jun Zhang / Cory Haluska / Xiang Zhang / Lei Wang / Guangfeng Liu / Zhaoning Wang / Duo Jin / Tong Cheng / Hongxia Wang / Yuan Tian / Xiangxi Wang / Lei Sun / Xiaolan Zhao / Zhenguo ...著者: Qian Li / Jun Zhang / Cory Haluska / Xiang Zhang / Lei Wang / Guangfeng Liu / Zhaoning Wang / Duo Jin / Tong Cheng / Hongxia Wang / Yuan Tian / Xiangxi Wang / Lei Sun / Xiaolan Zhao / Zhenguo Chen / Lanfeng Wang /
要旨: Smc5/6 is a member of the eukaryotic structural maintenance of chromosomes (SMC) family of complexes with important roles in genome maintenance and viral restriction. However, limited structural ...Smc5/6 is a member of the eukaryotic structural maintenance of chromosomes (SMC) family of complexes with important roles in genome maintenance and viral restriction. However, limited structural understanding of Smc5/6 hinders the elucidation of its diverse functions. Here, we report cryo-EM structures of the budding yeast Smc5/6 complex in eight-subunit, six-subunit and five-subunit states. Structural maps throughout the entire length of these complexes reveal modularity and key elements in complex assembly. We show that the non-SMC element (Nse)2 subunit supports the overall shape of the complex and uses a wedge motif to aid the stability and function of the complex. The Nse6 subunit features a flexible hook region for attachment to the Smc5 and Smc6 arm regions, contributing to the DNA repair roles of the complex. Our results also suggest a structural basis for the opposite effects of the Nse1-3-4 and Nse5-6 subcomplexes in regulating Smc5/6 ATPase activity. Collectively, our integrated structural and functional data provide a framework for understanding Smc5/6 assembly and function.
履歴
登録2022年7月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月31日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月31日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月31日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月31日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年1月31日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年1月31日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月31日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月31日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / em_admin
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.22024年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.32025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural maintenance of chromosome element 4
B: Non-structural maintenance of chromosomes element 1
C: Non-structural maintenance of chromosome element 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,5753
ポリマ－118,5753
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Non-structural maintenance of chromosome element 4 / Non-SMC element 4 / Protein QRI2


分子量: 46195.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: NSE4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43124
#2: タンパク質 Non-structural maintenance of chromosomes element 1 / Non-SMC element 1


分子量: 38373.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: NSE1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07913, RING-type E3 ubiquitin transferase
#3: タンパク質 Non-structural maintenance of chromosome element 3 / Non-SMC element 3


分子量: 34005.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: NSE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05541
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of Nse1/3/4 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.176 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 610732 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0015746
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.3587753
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.4962146
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.037885
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003993

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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