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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wf4 | |||||||||
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タイトル | Composite map of human Kv1.3 channel in dalazatide-bound state with beta subunits | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Ion channel / Kv channel / Potassium channel / Peptide toxin / ShK / Dalazatide / Selectivity filter / Molecular dynamics simulation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pinceau fiber / regulation of action potential / NADPH oxidation / regulation of protein localization to cell surface / corpus callosum development / voltage-gated monoatomic ion channel activity / aldo-keto reductase (NADPH) activity / Voltage gated Potassium channels / juxtaparanode region of axon / regulation of potassium ion transmembrane transport ...pinceau fiber / regulation of action potential / NADPH oxidation / regulation of protein localization to cell surface / corpus callosum development / voltage-gated monoatomic ion channel activity / aldo-keto reductase (NADPH) activity / Voltage gated Potassium channels / juxtaparanode region of axon / regulation of potassium ion transmembrane transport / delayed rectifier potassium channel activity / outward rectifier potassium channel activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / optic nerve development / voltage-gated potassium channel activity / calyx of Held / tertiary granule membrane / potassium channel regulator activity / specific granule membrane / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / potassium ion transmembrane transport / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transport / protein homooligomerization / cytoplasmic side of plasma membrane / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / transmembrane transporter binding / cytoskeleton / membrane raft / axon / glutamatergic synapse / synapse / Neutrophil degranulation / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Tyagi, A. / Ahmed, T. / Jian, S. / Bajaj, S. / Ong, S.T. / Goay, S.S.M. / Zhao, Y. / Vorobyov, I. / Tian, C. / Chandy, K.G. / Bhushan, S. | |||||||||
資金援助 | シンガポール, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: Rearrangement of a unique Kv1.3 selectivity filter conformation upon binding of a drug. 著者: Anu Tyagi / Tofayel Ahmed / Shi Jian / Saumya Bajaj / Seow Theng Ong / Stephanie Shee Min Goay / Yue Zhao / Igor Vorobyov / Changlin Tian / K George Chandy / Shashi Bhushan / 要旨: We report two structures of the human voltage-gated potassium channel (Kv) Kv1.3 in immune cells alone (apo-Kv1.3) and bound to an immunomodulatory drug called dalazatide (dalazatide-Kv1.3). Both the ...We report two structures of the human voltage-gated potassium channel (Kv) Kv1.3 in immune cells alone (apo-Kv1.3) and bound to an immunomodulatory drug called dalazatide (dalazatide-Kv1.3). Both the apo-Kv1.3 and dalazatide-Kv1.3 structures are in an activated state based on their depolarized voltage sensor and open inner gate. In apo-Kv1.3, the aromatic residue in the signature sequence (Y447) adopts a position that diverges 11 Å from other K channels. The outer pore is significantly rearranged, causing widening of the selectivity filter and perturbation of ion binding within the filter. This conformation is stabilized by a network of intrasubunit hydrogen bonds. In dalazatide-Kv1.3, binding of dalazatide to the channel's outer vestibule narrows the selectivity filter, Y447 occupies a position seen in other K channels, and this conformation is stabilized by a network of intersubunit hydrogen bonds. These remarkable rearrangements in the selectivity filter underlie Kv1.3's transition into the drug-blocked state. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wf4.cif.gz | 481.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wf4.ent.gz | 406.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wf4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7wf4_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7wf4_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7wf4_validation.xml.gz | 74.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7wf4_validation.cif.gz | 109.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/7wf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/7wf4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Potassium voltage-gated channel subfamily A member ... , 2種, 8分子 DBFHJNOP
#1: タンパク質 | 分子量: 31460.467 Da / 分子数: 4 / 断片: TM domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNA3, HGK5 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P22001 #3: タンパク質 | 分子量: 12777.475 Da / 分子数: 4 / 断片: T1 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNA3, HGK5 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P22001 |
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-タンパク質 , 1種, 4分子 GIMo
#2: タンパク質 | 分子量: 36704.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNAB2, KCNA2B, KCNK2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q13303, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる |
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-非ポリマー , 3種, 107分子
#4: 化合物 | ChemComp-NAP / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 65 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 153218 / 対称性のタイプ: POINT |