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- PDB-5wie: Crystal structure of a Kv1.2-2.1 chimera K+ channel V406W mutant ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wie
タイトルCrystal structure of a Kv1.2-2.1 chimera K+ channel V406W mutant in an inactivated state
要素
  • Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2,Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
  • Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / METAL TRANSPORT / Ion Channel / Inactivation / Voltage-gated
機能・相同性
機能・相同性情報


Voltage gated Potassium channels / optic nerve structural organization / pinceau fiber / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / paranodal junction / potassium ion export across plasma membrane ...Voltage gated Potassium channels / optic nerve structural organization / pinceau fiber / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / paranodal junction / potassium ion export across plasma membrane / regulation of protein localization to cell surface / corpus callosum development / : / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / delayed rectifier potassium channel activity / axon initial segment / optic nerve development / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / juxtaparanode region of axon / outward rectifier potassium channel activity / myoblast differentiation / regulation of potassium ion transmembrane transport / Neutrophil degranulation / neuronal cell body membrane / neuromuscular process / regulation of dopamine secretion / lamellipodium membrane / action potential / voltage-gated potassium channel activity / kinesin binding / potassium channel regulator activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / neuronal action potential / voltage-gated potassium channel complex / axon terminus / potassium ion transmembrane transport / sensory perception of pain / calyx of Held / postsynaptic density membrane / protein homooligomerization / cerebral cortex development / cytoplasmic side of plasma membrane / lamellipodium / presynaptic membrane / perikaryon / transmembrane transporter binding / postsynaptic membrane / cytoskeleton / endosome / neuron projection / postsynaptic density / axon / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage dependent, Kv1.2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Voltage-gated potassium channels. Chain C / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Voltage-gated potassium channel ...Potassium channel, voltage dependent, Kv1.2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Voltage-gated potassium channels. Chain C / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Voltage-gated potassium channel / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / NADP-dependent oxidoreductase domain / Helix Hairpins - #70 / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Chem-PGW / Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 / Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2 / Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Pau, V. / Zhou, Y. / Ramu, Y. / Xu, Y. / Lu, Z.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM055560 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)RO1DK109919 米国
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of an inactivated mutant mammalian voltage-gated K(+) channel.
著者: Pau, V. / Zhou, Y. / Ramu, Y. / Xu, Y. / Lu, Z.
履歴
登録2017年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2,Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
H: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2,Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,91020
ポリマ－195,6174
非ポリマー6,29416
水00
1
A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2,Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2,Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2,Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2,Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)409,81348
ポリマ－391,2348
非ポリマー18,57940
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area44340 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area114700 Å2
手法PISA
2
G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
H: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2,Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
ヘテロ分子

G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
H: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2,Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
ヘテロ分子

G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
H: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2,Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
ヘテロ分子

G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
H: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2,Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)397,82932
ポリマ－391,2348
非ポリマー6,59524
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area37310 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area106050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.124, 143.124, 284.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-506-

K

21B-507-

K

31B-508-

K

41B-509-

K

51H-502-

K

61H-503-

K

71H-504-

K

81H-505-

K

-
要素

#1: タンパク質 Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 / K(+) channel subunit beta-2 / Kv-beta-2


分子量: 37353.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kcnab2, Ckbeta2, Kcnb3 / プラスミド: pPICZ-C / 発現宿主: Pichia (菌類)
参照: UniProt: P62483, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: タンパク質 Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2,Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2 / RAK / RBK2 / RCK5 / Voltage-gated potassium channel subunit Kv1.2 / MK2 / Voltage-gated potassium ...RAK / RBK2 / RCK5 / Voltage-gated potassium channel subunit Kv1.2 / MK2 / Voltage-gated potassium channel subunit Kv1.2


分子量: 60455.312 Da / 分子数: 2 / Mutation: V406W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ), (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: Kcna2 / プラスミド: pPICZ-C / 発現宿主: Pichia (菌類) / 参照: UniProt: P63142, UniProt: P63141
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-PGW / (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-[Phospho-(1-glycerol)] / PHOSPHATIDYLGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris-Cl pH 8.3, 29-31% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 45103 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.7 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.33 / Rpim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.604 / Rpim(I) all: 0.413 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2R9R

2r9r


解像度: 3.3→40 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 -5 %
Rwork0.236 --
obs-45103 99.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10771 0 184 0 10955

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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