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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p34 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the proton-dependent antibacterial peptide transporter SbmA-FabS11-1 in nanodiscs | ||||||||||||||||||
要素 | Peptide antibiotic transporter SbmA | ||||||||||||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / SLiPT / proton transport / peptide transport / antibiotics | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 secondary active transmembrane transporter activity / microcin transmembrane transporter activity / microcin B17 transport / microcin transport / : / toxin transmembrane transporter activity / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / plasma membrane => GO:0005886 / ATPase-coupled transmembrane transporter activity ...secondary active transmembrane transporter activity / microcin transmembrane transporter activity / microcin B17 transport / microcin transport / : / toxin transmembrane transporter activity / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / plasma membrane => GO:0005886 / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / protein transport / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.59 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Ghilarov, D. / Beis, K. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 日本, ポーランド, 5件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Molecular mechanism of SbmA, a promiscuous transporter exploited by antimicrobial peptides. 著者: Dmitry Ghilarov / Satomi Inaba-Inoue / Piotr Stepien / Feng Qu / Elizabeth Michalczyk / Zuzanna Pakosz / Norimichi Nomura / Satoshi Ogasawara / Graham Charles Walker / Sylvie Rebuffat / So ...著者: Dmitry Ghilarov / Satomi Inaba-Inoue / Piotr Stepien / Feng Qu / Elizabeth Michalczyk / Zuzanna Pakosz / Norimichi Nomura / Satoshi Ogasawara / Graham Charles Walker / Sylvie Rebuffat / So Iwata / Jonathan Gardiner Heddle / Konstantinos Beis / 要旨: Antibiotic metabolites and antimicrobial peptides mediate competition between bacterial species. Many of them hijack inner and outer membrane proteins to enter cells. Sensitivity of enteric bacteria ...Antibiotic metabolites and antimicrobial peptides mediate competition between bacterial species. Many of them hijack inner and outer membrane proteins to enter cells. Sensitivity of enteric bacteria to multiple peptide antibiotics is controlled by the single inner membrane protein SbmA. To establish the molecular mechanism of peptide transport by SbmA and related BacA, we determined their cryo–electron microscopy structures at 3.2 and 6 Å local resolution, respectively. The structures show a previously unknown fold, defining a new class of secondary transporters named SbmA-like peptide transporters. The core domain includes conserved glutamates, which provide a pathway for proton translocation, powering transport. The structures show an outward-open conformation with a large cavity that can accommodate diverse substrates. We propose a molecular mechanism for antibacterial peptide uptake paving the way for creation of narrow-targeted therapeutics. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p34.cif.gz | 144 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7p34.ent.gz | 119.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p34.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7p34_validation.pdf.gz | 747.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7p34_full_validation.pdf.gz | 753.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7p34_validation.xml.gz | 37.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7p34_validation.cif.gz | 50.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/7p34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/7p34 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 13168MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10777 (タイトル: Proton-powered peptide transporter SbmA in lipid nanodisc complexed with Fab S11-1 (SbmA-FabS11-1-MccB17) Data size: 2.5 TB Data #1: SbmA-FabS11-1 complex in lipid nanodisc [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46496.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AFY6 #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of proton-driven peptide transporter SbmA with Fab S11-1 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: C43 |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 407426 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 116545 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: The local resolution for the transporter is 3.2A / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 詳細: Initial model generated by Buccaneer and refined by PHENIX | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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