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- PDB-3sdm: Structure of oligomeric kinase/RNase Ire1 in complex with an olig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sdm
タイトルStructure of oligomeric kinase/RNase Ire1 in complex with an oligonucleotide
要素Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
キーワードTRANSFERASE / HYDROLASE / kinase / RNase / ribonuclease / Hac1 / XBP1 / splicing / RNA / UPR / unfolded protein response / oligomer / complex / oligonucleotide
機能・相同性
機能・相同性情報


IRE1alpha activates chaperones / Ire1 complex / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / fungal-type cell wall organization / inositol metabolic process / protein localization to Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / IRE1-mediated unfolded protein response / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / endoplasmic reticulum unfolded protein response ...IRE1alpha activates chaperones / Ire1 complex / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / fungal-type cell wall organization / inositol metabolic process / protein localization to Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / IRE1-mediated unfolded protein response / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / endoplasmic reticulum unfolded protein response / RNA endonuclease activity / response to endoplasmic reticulum stress / mRNA processing / unfolded protein binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1/2-like / KEN domain / KEN domain superfamily / Ribonuclease 2-5A / KEN domain profile. / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1/2-like / KEN domain / KEN domain superfamily / Ribonuclease 2-5A / KEN domain profile. / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.6 Å
データ登録者Korennykh, A. / Korostelev, A. / Egea, P. / Finer-Moore, J. / Zhang, C. / Stroud, R. / Shokat, K. / Walter, P.
引用
ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2011
タイトル: Cofactor-mediated conformational control in the bifunctional kinase/RNase Ire1.
著者: Korennykh, A.V. / Egea, P.F. / Korostelev, A.A. / Finer-Moore, J. / Stroud, R.M. / Zhang, C. / Shokat, K.M. / Walter, P.
#1: ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural and functional basis for RNA cleavage by Ire1.
著者: Korennykh, A.V. / Korostelev, A.A. / Egea, P.F. / Finer-Moore, J. / Stroud, R.M. / Zhang, C. / Shokat, K.M. / Walter, P.
履歴
登録2011年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
B: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
C: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
D: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
E: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
F: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
G: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)363,1847
ポリマ－363,1847
非ポリマー00
水00
1
A: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
B: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
C: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
D: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
E: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
F: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
G: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

A: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
B: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
C: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
D: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
E: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
F: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
G: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)726,36714
ポリマ－726,36714
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
2
A: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
B: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7672
ポリマ－103,7672
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area37570 Å2
手法PISA
3
C: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
D: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7672
ポリマ－103,7672
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area37490 Å2
手法PISA
4
E: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

E: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7672
ポリマ－103,7672
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area37680 Å2
手法PISA
5
F: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
G: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7672
ポリマ－103,7672
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area37470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.650, 580.670, 177.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1 / Endoplasmic reticulum-to-nucleus signaling 1 / Serine/threonine-protein kinase / Endoribonuclease


分子量: 51883.391 Da / 分子数: 7 / 断片: kinase/RNase domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: IRE1, ERN1, YHR079C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P32361, non-specific serine/threonine protein kinase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.26 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: SODIUM CITRATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115879 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月9日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115879 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6.6→96.778 Å / Num. all: 9403 / Num. obs: 9380 / % possible obs: 99.76 % / Observed criterion σ(F): 1.99 / Observed criterion σ(I): 1.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 6.6→96.778 Å / SU ML: 1.33 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 31.47 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Side chains are not resolved at the resolution of this data set. All side chains in this file are inherited from chain C of PDB entry 3fbv. They are an approximation and should be interpreted with caution.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 469 5 %
Rwork0.2863 --
obs0.2875 9380 99.76 %
all-9406 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80 Å2 / ksol: 0.288 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-406.0384 Å20 Å20 Å2
2--148.1242 Å2-0 Å2
3---313.6178 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.6→96.778 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23793 0 0 0 23793
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00624269
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92532725
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8129226
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0623598
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044158
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
6.6-7.55470.3611520.36652892X-RAY DIFFRACTION100
7.5547-9.51690.2471550.24522947X-RAY DIFFRACTION100
9.5169-96.78870.33351620.28563072X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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