PDB-3fbv: Crystal structure of the oligomer formed by the kinase-ribonuclea...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fbv

タイトル

Crystal structure of the oligomer formed by the kinase-ribonuclease domain of Ire1

要素

Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

キーワード

TRANSFERASE / HYDROLASE / IRE1 / RNase / ribonuclease / complex / kinase / inhibitor / oligomer / cytoplasmic / APY29 / aminopyrazole / ATP-binding / Endoplasmic reticulum / Glycoprotein / Magnesium / Membrane / Metal-binding / Multifunctional enzyme / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase / Transcription / Transcription regulation / Transmembrane / Unfolded protein response

機能・相同性

機能・相同性情報

IRE1alpha activates chaperones / Ire1 complex / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / fungal-type cell wall organization / inositol metabolic process / protein localization to Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / IRE1-mediated unfolded protein response / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / endoplasmic reticulum unfolded protein response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Korennykh, A.V. / Egea, P.F. / Korostelev, A.A. / Finer-Moore, J. / Zhang, C. / Shokat, K.M. / Stroud, R.M. / Walter, P.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: The unfolded protein response signals through high-order assembly of Ire1.
著者: Korennykh, A.V. / Egea, P.F. / Korostelev, A.A. / Finer-Moore, J. / Zhang, C. / Shokat, K.M. / Stroud, R.M. / Walter, P.

履歴

登録	2008年11月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	3fbv_validation.pdf.gz	4.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fbv_full_validation.pdf.gz	5.1 MB	表示
XML形式データ	3fbv_validation.xml.gz	234 KB	表示
CIF形式データ	3fbv_validation.cif.gz	290.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/3fbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/3fbv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2rioS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3sdj-d 3sdm-1 6s6n-1 6s6m-1 8405 4n3e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

B: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

C: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

D: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

E: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

F: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

G: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

H: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

I: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

J: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

K: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

L: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

M: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

N: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

ヘテロ分子

731 kDa, 14 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

B: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

D: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
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4

E: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

F: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
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5

G: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

H: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
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6

I: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

J: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
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7

K: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

L: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
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8

M: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

N: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	156.820, 163.470, 292.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1 分子量: 51883.391 Da / 分子数: 14 / 断片: Ire1 Kinase-RNase domain: UNP residues 641-1115 / 変異: Amino acids 865-892 deleted / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: S288c / 遺伝子: IRE1, ERN1 / プラスミド: pGEX-6P-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL 参照: UniProt: P32361, non-specific serine/threonine protein kinase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-APJ / N~2~-1H-benzimidazol-5-yl-N~4~-(3-cyclopropyl-1H-pyrazol-5-yl)pyrimidine-2,4-diamine 分子量: 332.363 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₆N₈
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.39 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 詳細: Sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月30日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: KOHZU: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→20 Å / Num. obs: 123887 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.2 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 23 % / R_merge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
ELVES	精密化
PHASER	位相決定
PHENIX	精密化
XDS	データ削減
SCALA	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2RIO

2rio

解像度: 3.2→19.983 Å / SU ML: 0.6 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2835	6727	5.43 %
R_work	0.2352	-	-
obs	0.2374	123887	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.707 Å² / k_sol: 0.24 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→19.983 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	47668	0	350	0	48018

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3249	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	3249	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.026
1	3	C	3249	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.027
1	4	D	3249	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.026
1	5	E	3249	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
1	6	F	3249	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.026
1	7	G	3249	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
1	8	H	3249	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
1	9	I	3249	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
1	10	J	3249	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.021
1	11	K	3249	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
1	12	L	3249	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
1	13	M	3249	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
1	14	N	3249	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.026
2	1	B	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	C	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.033
2	3	E	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.016
2	4	M	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035
2	5	I	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.017
2	6	N	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.027
2	7	D	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.019
2	8	F	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.018
2	9	H	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.018
2	10	J	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04
2	11	L	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.016
2	12	K	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.013
2	13	G	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.031

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
3.2-3.2362		0	0.4002	4045
3.2362-3.2741	0.3925	1063	0.4057	3065
3.2741-3.3139	0.4002	139	0.398	3873
3.3139-3.3556		0	0.3844	4124
3.3556-3.3996		0	0.3701	4105
3.3996-3.4459	0.3528	789	0.3609	3273
3.4459-3.4949	0.3856	279	0.3507	3843
3.4949-3.5468		0	0.3415	4089
3.5468-3.6019		0	0.3186	4075
3.6019-3.6606	0.3177	906	0.3222	3222
3.6606-3.7233	0.3606	97	0.3044	3992
3.7233-3.7906		0	0.2928	4078
3.7906-3.863		0	0.2863	4103
3.863-3.9412	0.3103	866	0.2721	3230
3.9412-4.0262		0	0.2679	4150
4.0262-4.1191		0	0.256	4114
4.1191-4.2212	0.2589	606	0.2405	3477
4.2212-4.3342	0.2661	113	0.2282	4003
4.3342-4.4604		0	0.2174	4117
4.4604-4.6026	0.226	256	0.2125	3878
4.6026-4.765	0.2342	377	0.1962	3750
4.765-4.953		0	0.1849	4140
4.953-5.1747	0.2266	464	0.1871	3668
5.1747-5.4423	0.2434	26	0.1997	4138
5.4423-5.7755		0	0.2041	4163
5.7755-6.209	0.2445	365	0.1961	3807
6.209-6.8113		0	0.1836	4197
6.8113-7.7462	0.2207	256	0.1725	3941
7.7462-9.5771		0	0.142	4248
9.5771-19.983	0.1737	125	0.1679	4252

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7793	-0.658	-0.3308	-0.6891	0.607	2.3037	-0.3203	-0.1198	-1.2026	-0.0075	0.321	0.5342	0.6376	0.1058	0.0574	0.8989	0.1945	0.1597	0.3015	0.0975	1.1506	19.9409	30.5055	121.1772
2	2.145	-1.2527	-0.3751	6.1796	-0.2854	2.4165	-0.1617	-0.1369	-0.0434	-0.5961	0.0557	-0.4351	0.1424	0.7287	0.1153	0.6136	0.3493	0.2111	0.8756	0.1067	0.7338	49.9777	47.3744	114.0723
3	6.2339	1.2029	-1.2403	2.8196	-0.5965	3.7609	0.2727	-0.3432	-1.015	0.157	-0.0911	-0.4858	0.4799	0.3918	-0.1641	0.459	0.0849	-0.156	0.2011	0.199	0.7241	40.7851	27.7862	161.7662
4	3.7498	2.0737	-0.4903	5.4596	-0.8627	2.3182	-0.1686	-0.2608	-0.2849	0.3995	0.0517	-0.4051	-0.2648	-0.0073	0.1036	0.9988	0.0175	-0.0176	0.5677	-0.121	0.687	53.0136	40.5813	206.081
5	6.3386	0.3319	0.0595	0.5524	0.0028	1.9071	0.0022	0.1272	0.5602	0.3039	0.0947	-0.0926	-0.6301	-0.1522	-0.1509	1.2233	0.1795	0.1436	0.5824	-0.1439	0.7458	30.3193	66.6357	199.0838
6	4.851	-1.6892	0.753	4.27	-0.5511	2.5415	0.1808	0.3088	0.4623	-0.0414	-0.0823	-0.6454	-0.4742	0.441	-0.0648	0.5699	-0.1236	0.1	0.4267	0.1093	0.6611	47.2427	62.1432	157.0477
7	1.5096	1.2478	-0.5036	3.1607	0.1783	-1.4654	-0.0981	0.0159	0.1791	0.015	0.1468	0.1616	0.0162	-0.0498	0.0072	1.596	0.5034	0.0677	1.57	-0.2804	0.9463	14.1313	58.6196	239.7544
8	1.8662	-0.9134	-0.8786	2.5595	-0.7645	-1.8836	-0.267	-0.6544	0.197	0.5638	0.2241	-0.2133	0.1465	-0.0339	0.0229	1.7037	0.019	-0.1261	1.6782	-0.4123	0.9025	48.5521	59.8916	247.1684
9	1.3402	-0.9821	0.9219	2.7352	-1.6793	-2.016	0.3825	-0.4646	0.0474	-0.2876	-0.3633	0.0755	0.0924	0.1777	-0.0129	1.7681	-0.0226	0.1789	2.451	-0.4275	0.9682	10.8446	43.6479	282.0171
10	2.1015	-0.0833	-0.0199	0.3744	-0.8428	-1.6721	-0.1204	-1.2311	0.3259	-0.0198	-0.1312	0.0367	0.0999	0.4649	0.0058	2.2119	-0.2163	0.1124	2.25	-0.7962	1.3029	31.3709	72.3381	286.8238
11	4.5328	-0.4031	0.4118	1.1945	0.2204	-2.8026	-0.0118	1.0054	-0.1659	-0.0768	-0.0988	0.0443	-0.0554	-0.0576	0.1186	1.5543	-0.4098	0.1226	1.9493	-0.3303	0.756	20.8052	33.0005	31.1
12	3.3603	2.4405	-0.3055	3.7472	0.113	0.0565	-0.0407	0.243	0.6643	0.2517	-0.14	0.9022	0.0491	0.2988	0.1537	1.3441	-0.43	0.0933	1.8779	-0.1644	1.3888	13.0585	66.9945	37.0922
13	4.9326	1.8205	-0.3045	2.1016	-0.1176	1.3857	-0.2726	0.2647	-0.5414	-0.2786	0.2531	-0.173	0.5329	0.112	0.0612	1.2856	0.2234	0.2728	0.7923	-0.1362	0.8469	38.6391	33.7561	72.6915
14	1.9125	0.0292	0.3184	5.0796	1.0632	2.0098	-0.218	0.1315	-0.1017	-0.0076	0.1915	0.1265	0.1943	0.0153	0.0515	1.1919	0.1278	0.2133	0.5807	0.0064	0.7575	7.3146	48.1389	79.9111
15	3.2454	0.2556	0.3695	2.3432	0.3239	2.6872	-0.0805	-0.0519	0.3158	-0.1339	0.2506	0.3454	-0.201	-0.2603	-0.1249	0.5814	0.0849	-0.0019	0.3836	0.1119	0.9316	7.5717	64.9776	124.1199
16	4.0935	-1.7042	-0.5191	1.8282	0.8715	3.1463	-0.0692	-0.3287	0.6477	-0.4153	0.137	-0.24	-0.5046	0.1095	-0.0497	0.6539	-0.0213	0.0349	0.3808	-0.0015	0.7668	28.4496	77.0842	116.5238
17	1.947	0.3648	1.071	2.9338	1.0369	3.4947	0.1341	-0.1898	0.3143	0.0335	-0.0136	0.7295	0.1542	-1.0355	-0.0774	0.466	-0.085	-0.0555	0.6209	0.2345	1.0715	5.8657	38.8605	164.2838
18	2.551	-0.3449	-1.6317	1.9367	0.5248	1.3777	-0.2826	-0.0983	-0.4075	0.1628	0.0571	0.2035	0.0346	-0.0293	0.2005	0.9341	0.0382	0.2498	0.7586	-0.0147	1.0676	22.2367	20.4561	206.8227
19	1.376	0.1883	-0.3576	2.6318	0.9895	2.6518	-0.0097	-0.3184	-0.0573	0.0828	0.4294	0.4599	0.0443	-0.5245	-0.2428	1.0414	0.0796	0.2377	1.1306	0.1422	1.0904	6.3487	38.7371	199.4405
20	2.0989	-1.0224	0.3668	2.4429	0.522	2.5471	0.0411	-0.3841	-0.1989	0.2642	0.0275	0.6249	-0.1888	-0.6793	-0.072	0.5566	0.1624	0.1945	0.3955	0.1147	0.8886	9.8669	63.5065	159.1052
21	1.9083	-0.1952	-0.5791	2.2554	-0.5075	0.4168	0.3765	-0.3509	-0.3591	0.3246	-0.0703	-0.1025	-0.5393	-0.2997	-0.2927	1.2438	0.2508	0.0679	1.4258	-0.1182	0.9737	20.4275	22.4672	242.0038
22	1.9708	1.2106	0.4653	3.3289	0.5958	-1.0633	0.1597	-0.2831	-0.224	0.346	0.2511	-0.1368	-0.2627	-0.0862	-0.3035	1.4889	0.3244	0.037	1.8774	-0.1827	1.1207	44.418	23.4196	249.6015
23	2.694	-0.1431	1.7499	1.0147	0.1378	-1.1706	0.5912	-0.3768	-0.0498	0.5659	-0.2357	-0.3334	-0.4053	-0.959	-0.1539	1.6057	-0.1199	-0.1295	2.0487	-0.0541	1.0119	42.5823	25.6276	284.5428
24	1.7026	-0.5766	-0.3924	2.5367	1.2762	-1.8705	0.0704	-0.4212	-0.2548	-0.2704	0.1757	-0.1325	-0.7363	-0.3608	-0.2304	1.7779	-0.3405	0.3825	2.6231	-0.3795	1.243	56.6904	46.1791	290.1072
25	1.1592	1.6081	0.6238	3.0326	1.4521	1.2038	-0.5424	0.6801	-0.0412	0.1646	0.7593	-0.4826	0.2523	-0.5568	-0.2321	1.271	-0.2599	-0.0126	1.8082	-0.3288	0.9832	55.6519	46.7064	32.5066
26	2.5942	-0.5295	0.2813	1.3221	1.0386	-1.6743	-0.425	1.0667	0.0937	0.0976	0.2757	-0.1263	0.2917	-0.2601	0.1279	1.6087	-0.3032	0.1539	1.9999	0.2312	1.2573	49.5896	70.7223	38.9556
27	2.0938	0.0882	0.1396	2.1704	0.6332	1.0596	-0.1226	-0.0117	0.5642	-0.0999	0.1526	-0.0771	0.2197	0.2785	-0.0269	1.0357	0.0491	0.2346	0.8051	-0.064	0.8883	49.264	68.9365	74.1421
28	2.3578	1.0268	0.5545	1.5825	-0.467	1.9067	-0.1596	0.2014	0.2938	-0.3112	0.206	0.145	-0.6322	0.2201	0.0197	1.0961	0.1379	0.1843	0.5172	0.0948	0.9149	27.2281	79.0237	81.531

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	resid 1:965 and chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	resid 1:965 and chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	resid 1:965 and chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	resid 1:965 and chain F
5	X-RAY DIFFRACTION	5	resid 1:965 and chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	resid 1:965 and chain D
7	X-RAY DIFFRACTION	7	resid 1:965 and chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	resid 1:965 and chain H
9	X-RAY DIFFRACTION	9	resid 1:965 and chain I
10	X-RAY DIFFRACTION	10	resid 1:965 and chain J
11	X-RAY DIFFRACTION	11	resid 1:965 and chain K
12	X-RAY DIFFRACTION	12	resid 1:965 and chain L
13	X-RAY DIFFRACTION	13	resid 1:965 and chain M
14	X-RAY DIFFRACTION	14	resid 1:965 and chain N
15	X-RAY DIFFRACTION	15	resid 966:2000 and chain A
16	X-RAY DIFFRACTION	16	resid 966:2000 and chain B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	resid 966:2000 and chain C
18	X-RAY DIFFRACTION	18	resid 966:2000 and chain F
19	X-RAY DIFFRACTION	19	resid 966:2000 and chain E
20	X-RAY DIFFRACTION	20	resid 966:2000 and chain D
21	X-RAY DIFFRACTION	21	resid 966:2000 and chain G
22	X-RAY DIFFRACTION	22	resid 966:2000 and chain H
23	X-RAY DIFFRACTION	23	resid 966:2000 and chain I
24	X-RAY DIFFRACTION	24	resid 966:2000 and chain J
25	X-RAY DIFFRACTION	25	resid 966:2000 and chain K
26	X-RAY DIFFRACTION	26	resid 966:2000 and chain L
27	X-RAY DIFFRACTION	27	resid 966:2000 and chain M
28	X-RAY DIFFRACTION	28	resid 966:2000 and chain N

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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