+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nht | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Akirin2 bound human proteasome | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / proteasome / nuclear import | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of endopeptidase activity / purine ribonucleoside triphosphate binding / positive regulation of innate immune response / regulation of endopeptidase activity / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / embryo development ending in birth or egg hatching / proteasome core complex / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Somitogenesis / immune system process ...positive regulation of endopeptidase activity / purine ribonucleoside triphosphate binding / positive regulation of innate immune response / regulation of endopeptidase activity / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / embryo development ending in birth or egg hatching / proteasome core complex / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Somitogenesis / immune system process / myofibril / NF-kappaB binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / : / transcription repressor complex / sarcomere / proteasome complex / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / ciliary basal body / proteolysis involved in protein catabolic process / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / Degradation of DVL / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Hh mutants are degraded by ERAD / lipopolysaccharide binding / Degradation of AXIN / Degradation of GLI1 by the proteasome / Activation of NF-kappaB in B cells / transcription coregulator activity / Hedgehog ligand biogenesis / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Negative regulation of NOTCH4 signaling / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / G2/M Checkpoints / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Hedgehog 'on' state / Regulation of RUNX3 expression and activity / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / P-body / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / MAPK6/MAPK4 signaling / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / response to virus / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / ABC-family proteins mediated transport / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / response to organic cyclic compound / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / FCERI mediated NF-kB activation / nuclear matrix / Regulation of PTEN stability and activity / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / Regulation of RAS by GAPs / Separation of Sister Chromatids / Regulation of RUNX2 expression and activity / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / UCH proteinases / positive regulation of interleukin-6 production / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / Neddylation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / peptidase activity / ER-Phagosome pathway / regulation of inflammatory response / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / postsynapse / secretory granule lumen / endopeptidase activity / response to oxidative stress / ficolin-1-rich granule lumen / response to lipopolysaccharide / nuclear body / ribosome / Ub-specific processing proteases / cadherin binding / negative regulation of gene expression 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Singh, K. / Brunner, H. / Grishkovskaya, I. / de Almeida, M. / Hinterndorfer, M. / Zuber, J. / Haselbach, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: AKIRIN2 controls the nuclear import of proteasomes in vertebrates. 著者: Melanie de Almeida / Matthias Hinterndorfer / Hanna Brunner / Irina Grishkovskaya / Kashish Singh / Alexander Schleiffer / Julian Jude / Sumit Deswal / Robert Kalis / Milica Vunjak / Thomas ...著者: Melanie de Almeida / Matthias Hinterndorfer / Hanna Brunner / Irina Grishkovskaya / Kashish Singh / Alexander Schleiffer / Julian Jude / Sumit Deswal / Robert Kalis / Milica Vunjak / Thomas Lendl / Richard Imre / Elisabeth Roitinger / Tobias Neumann / Susanne Kandolf / Michael Schutzbier / Karl Mechtler / Gijs A Versteeg / David Haselbach / Johannes Zuber / 要旨: Protein expression and turnover are controlled through a complex interplay of transcriptional, post-transcriptional and post-translational mechanisms to enable spatial and temporal regulation of ...Protein expression and turnover are controlled through a complex interplay of transcriptional, post-transcriptional and post-translational mechanisms to enable spatial and temporal regulation of cellular processes. To systematically elucidate such gene regulatory networks, we developed a CRISPR screening assay based on time-controlled Cas9 mutagenesis, intracellular immunostaining and fluorescence-activated cell sorting that enables the identification of regulatory factors independent of their effects on cellular fitness. We pioneered this approach by systematically probing the regulation of the transcription factor MYC, a master regulator of cell growth. Our screens uncover a highly conserved protein, AKIRIN2, that is essentially required for nuclear protein degradation. We found that AKIRIN2 forms homodimers that directly bind to fully assembled 20S proteasomes to mediate their nuclear import. During mitosis, proteasomes are excluded from condensing chromatin and re-imported into newly formed daughter nuclei in a highly dynamic, AKIRIN2-dependent process. Cells undergoing mitosis in the absence of AKIRIN2 become devoid of nuclear proteasomes, rapidly causing accumulation of MYC and other nuclear proteins. Collectively, our study reveals a dedicated pathway controlling the nuclear import of proteasomes in vertebrates and establishes a scalable approach to decipher regulators in essential cellular processes. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7nht.cif.gz | 570.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7nht.ent.gz | 450.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7nht.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7nht_validation.pdf.gz | 784 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7nht_full_validation.pdf.gz | 819.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7nht_validation.xml.gz | 80.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7nht_validation.cif.gz | 127.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/7nht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/7nht | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 12341MC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10752 (タイトル: Single particle cryo EM Data of a human Akirin2 proteasome complex Data size: 2.0 TB Data #1: Unaligned Multiframe micrographs of Akirin2 bound to the human proteasome [micrographs - multiframe] Data #2: Motion corrected files dose weighted and summed as well as without dose weigthening [micrographs - single frame] Data #3: Extracted particles of an Akirin2 bound proteasome [picked particles - single frame - processed]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-Proteasome subunit alpha type- ... , 7種, 7分子 ABCDEFG
#1: タンパク質 | 分子量: 25927.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa / 参照: UniProt: P25787 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 29525.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Hela / 参照: UniProt: P25789 |
#3: タンパク質 | 分子量: 27929.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Hela / 参照: UniProt: O14818 |
#4: タンパク質 | 分子量: 26435.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa / 参照: UniProt: P28066 |
#5: タンパク質 | 分子量: 29595.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa / 参照: UniProt: P25786 |
#6: タンパク質 | 分子量: 28469.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa / 参照: UniProt: P25788 |
#7: タンパク質 | 分子量: 27432.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa / 参照: UniProt: P60900 |
-Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 7分子 HIJKLMN
#8: タンパク質 | 分子量: 30000.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa / 参照: UniProt: Q99436, proteasome endopeptidase complex |
---|---|
#9: タンパク質 | 分子量: 22972.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa / 参照: UniProt: P49720, proteasome endopeptidase complex |
#10: タンパク質 | 分子量: 22864.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa / 参照: UniProt: P49721, proteasome endopeptidase complex |
#11: タンパク質 | 分子量: 28510.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa / 参照: UniProt: P28074, proteasome endopeptidase complex |
#12: タンパク質 | 分子量: 26522.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa / 参照: UniProt: P20618, proteasome endopeptidase complex |
#13: タンパク質 | 分子量: 29231.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa / 参照: UniProt: P28070, proteasome endopeptidase complex |
#14: タンパク質 | 分子量: 25377.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa / 参照: UniProt: P28072, proteasome endopeptidase complex |
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 5分子 cd
#15: タンパク質 | 分子量: 22525.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKIRIN2, C6orf166 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53H80 #16: 化合物 | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.78 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 33 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4595 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1427356 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37447 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5LE5 Accession code: 5LE5 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.2→3.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / SU B: 8.555 / SU ML: 0.153 / ESU R: 0.284 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 89.953 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 24956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
|