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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lx0 | ||||||
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タイトル | Quantitative assessment of chlorophyll types in cryo-EM maps of photosystem I acclimated to far-red light | ||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / Far-red light / Chlorophyll f | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 ...: / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / magnesium ion binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å | ||||||
データ登録者 | Gisriel, C.J. / Wang, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: BBA Adv / 年: 2021 タイトル: Quantitative assessment of chlorophyll types in cryo-EM maps of photosystem I acclimated to far-red light 著者: Gisriel, C.J. / Huang, H.L. / Reiss, K.M. / Flesher, D.A. / Batista, V.S. / Bryant, D.A. / Brudvig, G.W. / Wang, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lx0.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lx0.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lx0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7lx0_validation.pdf.gz | 16.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7lx0_full_validation.pdf.gz | 18.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7lx0_validation.xml.gz | 409.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7lx0_validation.cif.gz | 512 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/7lx0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/7lx0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Photosystem I ... , 10種, 30分子 GaAHbBNcCOdDPeEQfFRiISjJTkKVmM
#1: タンパク質 | 分子量: 87627.914 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) 参照: UniProt: G6FME9, photosystem I #2: タンパク質 | 分子量: 83450.969 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) 参照: UniProt: A0A2N6KXB6, photosystem I #3: タンパク質 | 分子量: 8853.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) 参照: UniProt: G6FW50, photosystem I #4: タンパク質 | 分子量: 17776.348 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) 参照: UniProt: G6FW99 #5: タンパク質 | 分子量: 8070.138 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) 参照: UniProt: G6FQU3 #6: タンパク質 | 分子量: 17788.021 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) 参照: UniProt: G6FMD3 #7: タンパク質 | 分子量: 7735.956 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) 参照: UniProt: A0A2N6MR25 #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5435.492 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) 参照: UniProt: G6FMD2 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4494.526 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3471.115 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) 参照: UniProt: G6FWT6 |
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-タンパク質 , 2種, 6分子 UlLWxX
#10: タンパク質 | 分子量: 18543.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) 参照: UniProt: A0A2N6L446 #12: タンパク質 | 分子量: 11132.814 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) 参照: UniProt: G6FSH2 |
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-糖 , 1種, 6分子
#21: 糖 | ChemComp-LMT / |
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-非ポリマー , 9種, 366分子
#13: 化合物 | #14: 化合物 | ChemComp-CLA / #15: 化合物 | ChemComp-F6C / 分子量: 905.457 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H68MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #16: 化合物 | ChemComp-PQN / #17: 化合物 | ChemComp-SF4 / #18: 化合物 | ChemComp-BCR / #19: 化合物 | ChemComp-LHG / #20: 化合物 | ChemComp-LMG / #22: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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配列の詳細 | The full sequence of PsaK is MSSILLAAAATVPPTAEWSPKVALIISISCLVAVLLSFRIEKPKVGPKMPGLPLSIPTFV ...The full sequence of PsaK is MSSILLAAAA |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Photosystem I adapted to far-red light / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 57.328 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 201104 / 対称性のタイプ: POINT |