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万見
- PDB-7lue: Prefusion RSV F glycoprotein bound by neutralizing site V-directe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lue
タイトルPrefusion RSV F glycoprotein bound by neutralizing site V-directed antibody ADI-14442
要素
  • Fusion glycoprotein F0
  • Heavy chain of human antibody Fab ADI-14442
  • Light chain of human antibody Fab ADI-14442
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / fusion / immunoglobulin / public clonotype / convergent recognition / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of syncytium formation by virus / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gilman, M.S.A. / McLellan, J.S.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2021
タイトル: Vaccination with prefusion-stabilized respiratory syncytial virus fusion protein induces genetically and antigenically diverse antibody responses.
著者: Maryam Mukhamedova / Daniel Wrapp / Chen-Hsiang Shen / Morgan S A Gilman / Tracy J Ruckwardt / Chaim A Schramm / Larissa Ault / Lauren Chang / Alexandrine Derrien-Colemyn / Sarah A M Lucas / ...著者: Maryam Mukhamedova / Daniel Wrapp / Chen-Hsiang Shen / Morgan S A Gilman / Tracy J Ruckwardt / Chaim A Schramm / Larissa Ault / Lauren Chang / Alexandrine Derrien-Colemyn / Sarah A M Lucas / Amy Ransier / Samuel Darko / Emily Phung / Lingshu Wang / Yi Zhang / Scott A Rush / Bharat Madan / Guillaume B E Stewart-Jones / Pamela J Costner / LaSonji A Holman / Somia P Hickman / Nina M Berkowitz / Nicole A Doria-Rose / Kaitlyn M Morabito / Brandon J DeKosky / Martin R Gaudinski / Grace L Chen / Michelle C Crank / John Misasi / Nancy J Sullivan / Daniel C Douek / Peter D Kwong / Barney S Graham / Jason S McLellan / John R Mascola /
要旨: An effective vaccine for respiratory syncytial virus (RSV) is an unrealized public health goal. A single dose of the prefusion-stabilized fusion (F) glycoprotein subunit vaccine (DS-Cav1) ...An effective vaccine for respiratory syncytial virus (RSV) is an unrealized public health goal. A single dose of the prefusion-stabilized fusion (F) glycoprotein subunit vaccine (DS-Cav1) substantially increases serum-neutralizing activity in healthy adults. We sought to determine whether DS-Cav1 vaccination induces a repertoire mirroring the pre-existing diversity from natural infection or whether antibody lineages targeting specific epitopes predominate. We evaluated RSV F-specific B cell responses before and after vaccination in six participants using complementary B cell sequencing methodologies and identified 555 clonal lineages. DS-Cav1-induced lineages recognized the prefusion conformation of F (pre-F) and were genetically diverse. Expressed antibodies recognized all six antigenic sites on the pre-F trimer. We identified 34 public clonotypes, and structural analysis of two antibodies from a predominant clonotype revealed a common mode of recognition. Thus, vaccination with DS-Cav1 generates a diverse polyclonal response targeting the antigenic sites on pre-F, supporting the development and advanced testing of pre-F-based vaccines against RSV.
履歴
登録2021年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-23521
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23521
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F0
C: Fusion glycoprotein F0
H: Heavy chain of human antibody Fab ADI-14442
I: Heavy chain of human antibody Fab ADI-14442
J: Heavy chain of human antibody Fab ADI-14442
L: Light chain of human antibody Fab ADI-14442
M: Light chain of human antibody Fab ADI-14442
N: Light chain of human antibody Fab ADI-14442


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)327,1179
ポリマ－327,1179
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0 / Fusion glycoprotein F1 / Fusion glycoprotein F2


分子量: 61132.672 Da / 分子数: 3 / 変異: N67I, S215P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): FreeStyle 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: W8RJF9
#2: 抗体 Heavy chain of human antibody Fab ADI-14442


分子量: 23805.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Light chain of human antibody Fab ADI-14442


分子量: 24100.822 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Trimeric prefusion RSV F glycoprotein bound by three molecules of Fab ADI-14442.COMPLEXSingle molecule of trimeric respiratory syncytial virus fusion protein ectodomain (RSV F) stabilized in the prefusion conformation and fused to the T4 fibritin (foldon) trimerization motif is bound by three molecules of Fab ADI-14442.all0RECOMBINANT
2Trimeric prefusion RSV F glycoproteinCOMPLEXSingle molecule of trimeric respiratory syncytial virus fusion protein ectodomain (RSV F) stabilized in the prefusion conformation and fused to the T4 fibritin (foldon) trimerization motif.#11RECOMBINANT
3Fab ADI-14442COMPLEXThree molecules of Fab ADI-14442, each composed of a heavy and a light chain, are bound to a single molecule of trimeric respiratory syncytial virus fusion protein ectodomain (RSV F) stabilized in the prefusion conformation and fused to the T4 fibritin (foldon) trimerization motif.#2-#31RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)1972429
32Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)1972429
43Homo sapiens (ヒト)9606
21Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
11Homo sapiens (ヒト)9606FreeStyle 293-F
22Homo sapiens (ヒト)9606FreeStyle 293-F
33Homo sapiens (ヒト)9606FreeStyle 293-F
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1200 mMSodium chlorideNaCl1
22 mMTRIS hydrochlorideNH2C(CH2OH)3HCl1
30.02 %Sodium azideNaN31
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm
撮影平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 30

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
4CTFFIND4.1.10CTF補正
5RELION3CTF補正beta
11RELION3初期オイラー角割当beta
12RELION3最終オイラー角割当beta
14RELION3３次元再構成beta
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 371323 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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