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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kft | ||||||
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タイトル | Partial Cas6-RT-Cas1--Cas2 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / Complex / CRISPR Cas Protein / Reverse Transcriptase | ||||||
生物種 | Thiomicrospira sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Hoel, C.M. / Wang, J.Y. / Doudna, J.A. / Brohawn, S.G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural coordination between active sites of a CRISPR reverse transcriptase-integrase complex. 著者: Joy Y Wang / Christopher M Hoel / Basem Al-Shayeb / Jillian F Banfield / Stephen G Brohawn / Jennifer A Doudna / 要旨: CRISPR-Cas systems provide adaptive immunity in bacteria and archaea, beginning with integration of foreign sequences into the host CRISPR genomic locus and followed by transcription and maturation ...CRISPR-Cas systems provide adaptive immunity in bacteria and archaea, beginning with integration of foreign sequences into the host CRISPR genomic locus and followed by transcription and maturation of CRISPR RNAs (crRNAs). In some CRISPR systems, a reverse transcriptase (RT) fusion to the Cas1 integrase and Cas6 maturase creates a single protein that enables concerted sequence integration and crRNA production. To elucidate how the RT-integrase organizes distinct enzymatic activities, we present the cryo-EM structure of a Cas6-RT-Cas1-Cas2 CRISPR integrase complex. The structure reveals a heterohexamer in which the RT directly contacts the integrase and maturase domains, suggesting functional coordination between all three active sites. Together with biochemical experiments, our data support a model of sequential enzymatic activities that enable CRISPR sequence acquisition from RNA and DNA substrates. These findings highlight an expanded capacity of some CRISPR systems to acquire diverse sequences that direct CRISPR-mediated interference. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kft.cif.gz | 297.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kft.ent.gz | 218 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kft.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kft_validation.pdf.gz | 915.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kft_full_validation.pdf.gz | 926 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7kft_validation.xml.gz | 42.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kft_validation.cif.gz | 64.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/7kft ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/7kft | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 22855MC 7kfuC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10642 (タイトル: Cas6-reverse transcriptase-Cas1—Cas2 CRISPR integrase complex Data size: 2.2 TB Data #1: Unaligned multi-frame movies of a Cas6-reverse transcriptase-Cas1—Cas2 CRISPR integrase complex [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11583.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thiomicrospira sp. (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta #2: タンパク質 | 分子量: 112869.414 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thiomicrospira sp. (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cas6-RT-Cas1--Cas2 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.47 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Thiomicrospira sp. (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: Rosetta |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: Blot force 1, 3 second blot |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 49.9 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 129175 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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