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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jrg | ||||||
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タイトル | Plant Mitochondrial complex III2 from Vigna radiata | ||||||
要素 |
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キーワード | ELECTRON TRANSPORT / mitochondria / respiration / bioenergetics / plants | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion ...protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vigna radiata var. radiata (リョクトウ) Vigna radiata (リョクトウ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Maldonado, M. / Letts, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2021 タイトル: Atomic structures of respiratory complex III, complex IV, and supercomplex III-IV from vascular plants. 著者: Maria Maldonado / Fei Guo / James A Letts / 要旨: Mitochondrial complex III (CIII) and complex IV (CIV), which can associate into a higher-order supercomplex (SC III+IV), play key roles in respiration. However, structures of these plant complexes ...Mitochondrial complex III (CIII) and complex IV (CIV), which can associate into a higher-order supercomplex (SC III+IV), play key roles in respiration. However, structures of these plant complexes remain unknown. We present atomic models of CIII, CIV, and SC III+IV from determined by single-particle cryoEM. The structures reveal plant-specific differences in the MPP domain of CIII and define the subunit composition of CIV. Conformational heterogeneity analysis of CIII revealed long-range, coordinated movements across the complex, as well as the motion of CIII's iron-sulfur head domain. The CIV structure suggests that, in plants, proton translocation does not occur via the H channel. The supercomplex interface differs significantly from that in yeast and bacteria in its interacting subunits, angle of approach and limited interactions in the mitochondrial matrix. These structures challenge long-standing assumptions about the plant complexes and generate new mechanistic hypotheses. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jrg.cif.gz | 742.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jrg.ent.gz | 625.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jrg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7jrg_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7jrg_full_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7jrg_validation.xml.gz | 137.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7jrg_validation.cif.gz | 196.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/7jrg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/7jrg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 22445MC 7jroC 7jrpC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10586 (タイトル: Cryo electron micrographs of digitonin-solubilized, amphipol-stabilized, sucrose-gradient-purified V. radiata mitochondrial membranes - mixed fraction containing CI*, CIII2 and SC III2+IV Data size: 6.7 TB Data #1: Raw movies of mixed sample used for determination of mung bean respiratory CI*, CIII2, CIV and SC III2+IV [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 5種, 10分子 AMBNCODPKW
#1: タンパク質 | 分子量: 58711.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Vigna radiata var. radiata (リョクトウ) 参照: UniProt: A0A1S3TWG4 #2: タンパク質 | 分子量: 54537.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Vigna radiata var. radiata (リョクトウ) 参照: UniProt: A0A1S3VF71 #3: タンパク質 | 分子量: 44353.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) #4: タンパク質 | 分子量: 33556.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Vigna radiata var. radiata (リョクトウ) 参照: UniProt: A0A1S3W199 #10: タンパク質 | 分子量: 8948.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) |
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-Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 5種, 10分子 EQFRGSHTJV
#5: タンパク質 | 分子量: 30051.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Vigna radiata var. radiata (リョクトウ) 参照: UniProt: A0A1S3TB49, quinol-cytochrome-c reductase #6: タンパク質 | 分子量: 14392.698 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Vigna radiata var. radiata (リョクトウ) 参照: UniProt: A0A1S3U9J1 #7: タンパク質 | 分子量: 8349.831 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Vigna radiata var. radiata (リョクトウ) 参照: UniProt: A0A1S3U9S5 #8: タンパク質 | 分子量: 8117.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Vigna radiata var. radiata (リョクトウ) 参照: UniProt: A0A1S3VHC0 #9: タンパク質 | 分子量: 8203.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Vigna radiata var. radiata (リョクトウ) 参照: UniProt: A0A1S3TQD2 |
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-非ポリマー , 6種, 37分子
#11: 化合物 | #12: 化合物 | #13: 化合物 | ChemComp-CDL / #14: 化合物 | ChemComp-HEM / #15: 化合物 | ChemComp-3PE / #16: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mitochondrial Respiratory Complex III2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.485 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Vigna radiata (リョクトウ) / Organelle: mitochondria / 組織: hypocotyl | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: This sample was monodisperse on size exclusion chromatography but was a mixture of different mitochondrial respiratory complexes | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 60010 X / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 86.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9816 |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 150000000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 48111 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 67 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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