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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jmn | ||||||
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タイトル | Tail module of Mediator complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / Activation / PolII | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 core mediator complex / mediator complex / transcription coregulator activity / regulation of transcription by RNA polymerase II 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, H.Q. / Chen, D.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021 タイトル: Mediator structure and conformation change. 著者: Heqiao Zhang / Dong-Hua Chen / Rayees U H Mattoo / David A Bushnell / Yannan Wang / Chao Yuan / Lin Wang / Chunnian Wang / Ralph E Davis / Yan Nie / Roger D Kornberg / 要旨: Mediator is a universal adaptor for transcription control. It serves as an interface between gene-specific activator or repressor proteins and the general RNA polymerase II (pol II) transcription ...Mediator is a universal adaptor for transcription control. It serves as an interface between gene-specific activator or repressor proteins and the general RNA polymerase II (pol II) transcription machinery. Previous structural studies revealed a relatively small part of Mediator and none of the gene activator-binding regions. We have determined the cryo-EM structure of the Mediator at near-atomic resolution. The structure reveals almost all amino acid residues in ordered regions, including the major targets of activator proteins, the Tail module, and the Med1 subunit of the Middle module. Comparison of Mediator structures with and without pol II reveals conformational changes that propagate across the entire Mediator, from Head to Tail, coupling activator- and pol II-interacting regions. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jmn.cif.gz | 379.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jmn.ent.gz | 263.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jmn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7jmn_validation.pdf.gz | 887.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7jmn_full_validation.pdf.gz | 911.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7jmn_validation.xml.gz | 59.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7jmn_validation.cif.gz | 90.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/7jmn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/7jmn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 118784.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: MED5, CTHT_0065900 発現宿主: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 参照: UniProt: G0SGD2 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 133223.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0057660 発現宿主: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 参照: UniProt: G0SCL5 |
#3: タンパク質 | 分子量: 123395.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: MED16, CTHT_0059860 発現宿主: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 参照: UniProt: G0SEV7 |
#4: タンパク質 | 分子量: 175252.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0070460 発現宿主: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 参照: UniProt: G0SHL5 |
#5: タンパク質 | 分子量: 4443.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 発現宿主: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: T module complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 281144 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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