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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ewk | ||||||
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タイトル | Barley photosystem I-LHCI-Lhca6 supercomplex | ||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / Light-harvesting complex / Lhca6 / cyclic electron transport | ||||||
機能・相同性 | ![]() photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity ...photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.88 Å | ||||||
![]() | Wang, W.D. / Shen, L. / Tang, K. / Han, G.Y. / Zhang, X. / Shen, J.R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Architecture of the chloroplast PSI-NDH supercomplex in Hordeum vulgare. 著者: Liangliang Shen / Kailu Tang / Wenda Wang / Chen Wang / Hangjun Wu / Zhiyuan Mao / Shaoya An / Shenghai Chang / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Guangye Han / Xing Zhang / ![]() ![]() 要旨: The chloroplast NADH dehydrogenase-like (NDH) complex is composed of at least 29 subunits and has an important role in mediating photosystem I (PSI) cyclic electron transport (CET). The NDH complex ...The chloroplast NADH dehydrogenase-like (NDH) complex is composed of at least 29 subunits and has an important role in mediating photosystem I (PSI) cyclic electron transport (CET). The NDH complex associates with PSI to form the PSI-NDH supercomplex and fulfil its function. Here, we report cryo-electron microscopy structures of a PSI-NDH supercomplex from barley (Hordeum vulgare). The structures reveal that PSI-NDH is composed of two copies of the PSI-light-harvesting complex I (LHCI) subcomplex and one NDH complex. Two monomeric LHCI proteins, Lhca5 and Lhca6, mediate the binding of two PSI complexes to NDH. Ten plant chloroplast-specific NDH subunits are presented and their exact positions as well as their interactions with other subunits in NDH are elucidated. In all, this study provides a structural basis for further investigations on the functions and regulation of PSI-NDH-dependent CET. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 804.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 680.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 11.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 11.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 160.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 202.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 82292.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: S4Z1K7, photosystem I |
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#2: タンパク質 | 分子量: 82562.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: S4Z289, photosystem I |
-タンパク質 , 2種, 2分子 C4
#3: タンパク質 | 分子量: 8909.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#14: タンパク質 | 分子量: 21976.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 8分子 DEFHIJKL
#4: タンパク質 | 分子量: 15801.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#5: タンパク質 | 分子量: 7679.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 17488.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 6431.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3338.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: S4Z1D9 |
#9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4747.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: S4Z1E9 |
#10: タンパク質 | 分子量: 8502.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 15512.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Chlorophyll a-b binding protein ... , 3種, 3分子 136
#12: タンパク質 | 分子量: 21278.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#13: タンパク質 | 分子量: 24395.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 23904.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
-糖 , 1種, 2分子 ![](data/chem/img/DGD.gif)
#22: 糖 |
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-非ポリマー , 10種, 194分子 ![](data/chem/img/CL0.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/PQN.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/LUT.gif)
![](data/chem/img/CHL.gif)
![](data/chem/img/XAT.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/PQN.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/LUT.gif)
![](data/chem/img/CHL.gif)
![](data/chem/img/XAT.gif)
#16: 化合物 | ChemComp-CL0 / | ||||||||||||||||
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#17: 化合物 | ChemComp-CLA / #18: 化合物 | #19: 化合物 | ChemComp-LHG / #20: 化合物 | ChemComp-BCR / #21: 化合物 | #23: 化合物 | #24: 化合物 | ChemComp-LUT / ( #25: 化合物 | ChemComp-CHL / #26: 化合物 | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: PSI-LHCI-Lhca6 supercomplex of Barley / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#15 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103844 / 対称性のタイプ: POINT |