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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7eqd | |||||||||||||||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF PHOTOSYNTHETIC LH1-RC SUPER-COMPLEX OF RHODOSPIRILLUM RUBRUM | |||||||||||||||||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / LH1-RC COMPLEX / PURPLE BACTERIA | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() organelle inner membrane / : / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Tani, K. / Kanno, R. / Ji, X.-C. / Yu, L.-J. / Hall, M. / Kimura, Y. / Madigan, M.T. / Mizoguchi, A. / Humbel, B.M. / Wang-Otomo, Z.-Y. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM Structure of the Photosynthetic LH1-RC Complex from . 著者: Kazutoshi Tani / Ryo Kanno / Xuan-Cheng Ji / Malgorzata Hall / Long-Jiang Yu / Yukihiro Kimura / Michael T Madigan / Akira Mizoguchi / Bruno M Humbel / Zheng-Yu Wang-Otomo / ![]() ![]() ![]() 要旨: () is one of the most widely used model organisms in bacterial photosynthesis. This purple phototroph is characterized by the presence of both rhodoquinone (RQ) and ubiquinone as electron carriers ... () is one of the most widely used model organisms in bacterial photosynthesis. This purple phototroph is characterized by the presence of both rhodoquinone (RQ) and ubiquinone as electron carriers and bacteriochlorophyll (BChl) esterified at the propionic acid side chain by geranylgeraniol (BChl ) instead of phytol. Despite intensive efforts, the structure of the light-harvesting-reaction center (LH1-RC) core complex from remains at low resolutions. Using cryo-EM, here we present a robust new view of the LH1-RC at 2.76 Å resolution. The LH1 complex forms a closed, slightly elliptical ring structure with 16 αβ-polypeptides surrounding the RC. Our biochemical analysis detected RQ molecules in the purified LH1-RC, and the cryo-EM density map specifically positions RQ at the Q site in the RC. The geranylgeraniol side chains of BChl coordinated by LH1 β-polypeptides exhibit a highly homologous tail-up conformation that allows for interactions with the bacteriochlorin rings of nearby LH1 α-associated BChls . The structure also revealed key protein-protein interactions in both N- and C-terminal regions of the LH1 αβ-polypeptides, mainly within a face-to-face structural subunit. Our high-resolution LH1-RC structure provides new insight for evaluating past experimental and computational results obtained with this old organism over many decades and lays the foundation for more detailed exploration of light-energy conversion, quinone transport, and structure-function relationships in this pigment-protein complex. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 497 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 449.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 5.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 121.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 148.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Reaction center protein ... , 2種, 2分子 LM
#1: タンパク質 | 分子量: 30529.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 34103.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIB 8255 / S1 参照: UniProt: Q2RQ26 |
-Light-harvesting protein B-870 ... , 2種, 32分子 ADFIKOQSUWY13579BEGJNPRTVXZ24680
#4: タンパク質 | 分子量: 7140.414 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 6155.019 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIB 8255 / S1 参照: UniProt: Q2RQ23 |
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-タンパク質 / 糖 , 2種, 24分子 H![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/LMT.gif)
#10: 糖 | ChemComp-LMT / #3: タンパク質 | | 分子量: 27844.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 9種, 69分子 ![](data/chem/img/07D.gif)
![](data/chem/img/08I.gif)
![](data/chem/img/U10.gif)
![](data/chem/img/PGV.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/RQ0.gif)
![](data/chem/img/CRT.gif)
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![](data/chem/img/PEF.gif)
![](data/chem/img/08I.gif)
![](data/chem/img/U10.gif)
![](data/chem/img/PGV.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/RQ0.gif)
![](data/chem/img/CRT.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/PEF.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-07D / #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-FE / | #12: 化合物 | ChemComp-RQ0 / | #13: 化合物 | ChemComp-CRT / #14: 化合物 | ChemComp-CDL / #15: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacterium Rhodospirillum rubrum タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse. |
試料支持 | グリッドの材料: MOLYBDENUM / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 30.6 sec. / 電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 262517 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 145033 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 60 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5Y5S | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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