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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ase | |||||||||||||||
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タイトル | 43S preinitiation complex from Trypanosoma cruzi with the kDDX60 helicase | |||||||||||||||
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![]() | TRANSLATION / preinitiation / factors / kinetoplastid / helicase | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() : / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / regulation of translational initiation / translation regulator activity / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity ...: / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / regulation of translational initiation / translation regulator activity / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / metallopeptidase activity / ribosome binding / kinase activity / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / nucleic acid binding / membrane => GO:0016020 / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / phosphorylation / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å | |||||||||||||||
![]() | Bochler, A. / Brito Querido, J. / Prilepskaja, T. / Soufari, H. / Del Cistia, M.L. / Kuhn, L. / Rimoldi Ribeiro, A. / Valasek, L.S. / Hashem, Y. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Differences in Translation Initiation between Pathogenic Trypanosomatids and Their Mammalian Hosts. 著者: Anthony Bochler / Jailson Brito Querido / Terezie Prilepskaja / Heddy Soufari / Angelita Simonetti / Mayara Lucia Del Cistia / Lauriane Kuhn / Aline Rimoldi Ribeiro / Leoš Shivaya Valášek / Yaser Hashem / ![]() ![]() 要旨: Canonical mRNA translation in eukaryotes begins with the formation of the 43S pre-initiation complex (PIC). Its assembly requires binding of initiator Met-tRNA and several eukaryotic initiation ...Canonical mRNA translation in eukaryotes begins with the formation of the 43S pre-initiation complex (PIC). Its assembly requires binding of initiator Met-tRNA and several eukaryotic initiation factors (eIFs) to the small ribosomal subunit (40S). Compared to their mammalian hosts, trypanosomatids present significant structural differences in their 40S, suggesting substantial variability in translation initiation. Here, we determine the structure of the 43S PIC from Trypanosoma cruzi, the parasite causing Chagas disease. Our structure shows numerous specific features, such as the variant eIF3 structure and its unique interactions with the large rRNA expansion segments (ESs) 9, 7, and 6, and the association of a kinetoplastid-specific DDX60-like helicase. It also reveals the 40S-binding site of the eIF5 C-terminal domain and structures of key terminal tails of several conserved eIFs underlying their activities within the PIC. Our results are corroborated by glutathione S-transferase (GST) pull-down assays in both human and T. cruzi and mass spectrometry data. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 341.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 557.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 12種, 12分子 fsjnpJVwGK8H
#1: タンパク質 | 分子量: 246749.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#5: タンパク質 | 分子量: 47700.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 16624.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 38227.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 35070.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#26: タンパク質 | 分子量: 27676.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#37: タンパク質 | 分子量: 12577.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#38: タンパク質 | 分子量: 18418.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#43: タンパク質 | 分子量: 38589.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#44: タンパク質 | 分子量: 22458.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#47: タンパク質 | 分子量: 87439.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#50: タンパク質 | 分子量: 38408.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-RNA鎖 , 2種, 2分子 10
#2: RNA鎖 | 分子量: 24255.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#3: RNA鎖 | 分子量: 746696.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
+40S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 yrumZoqRStUvXFdahPiMNbcTWl
-Putative 40S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 Bg
#21: タンパク質 | 分子量: 22180.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#24: タンパク質 | 分子量: 27634.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Eukaryotic translation initiation factor ... , 6種, 6分子 5EYCIA
#28: タンパク質 | 分子量: 52642.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#39: タンパク質 | 分子量: 46320.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#40: タンパク質 | 分子量: 42887.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#46: タンパク質 | 分子量: 82331.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#49: タンパク質 | 分子量: 56331.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#51: タンパク質 | 分子量: 57492.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Ribosomal protein ... , 3種, 3分子 LOQ
#31: タンパク質 | 分子量: 13248.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#34: タンパク質 | 分子量: 18861.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#41: タンパク質 | 分子量: 6651.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D
#42: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4348.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 3分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GNP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GNP.gif)
#53: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#54: 化合物 | ChemComp-MG / |
#55: 化合物 | ChemComp-GNP / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: 43S preinitiation complex from Trypanosoma cruzi with the helicase kDDX60 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#52 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 33775 / 対称性のタイプ: POINT |