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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6znl | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the dynactin complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Dynactin / Complex / Scaffold / Cytoskeleton | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RHOD GTPase cycle / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / retrograde axonal transport of mitochondrion / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / EPHB-mediated forward signaling / Adherens junctions interactions / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Cell-extracellular matrix interactions ...RHOD GTPase cycle / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / retrograde axonal transport of mitochondrion / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / EPHB-mediated forward signaling / Adherens junctions interactions / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Cell-extracellular matrix interactions / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / MAP2K and MAPK activation / UCH proteinases / Clathrin-mediated endocytosis / RHOF GTPase cycle / dynactin complex / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / WASH complex / F-actin capping protein complex / negative regulation of filopodium assembly / cytoskeleton-dependent cytokinesis / cell tip / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / microtubule plus-end / dense body / dynein complex / Neutrophil degranulation / barbed-end actin filament capping / microtubule plus-end binding / regulation of cell morphogenesis / RHO GTPases activate IQGAPs / regulation of lamellipodium assembly / RHO GTPases Activate Formins / nuclear migration / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / microtubule associated complex / COPI-mediated anterograde transport / dynein complex binding / NuA4 histone acetyltransferase complex / establishment of mitotic spindle orientation / cleavage furrow / stress fiber / cytoplasmic microtubule organization / axon cytoplasm / cytoskeleton organization / centriole / sarcomere / axonogenesis / mitotic spindle organization / cell motility / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cell morphogenesis / kinetochore / spindle pole / spindle / actin filament binding / actin cytoskeleton / nuclear envelope / actin binding / cell cortex / midbody / actin cytoskeleton organization / microtubule / cytoskeleton / hydrolase activity / cell division / axon / focal adhesion / centrosome / synapse / protein kinase binding / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Lau, C.K. / Lacey, S.E. / Carter, A.P. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM reveals the complex architecture of dynactin's shoulder region and pointed end. 著者: Clinton K Lau / Francis J O'Reilly / Balaji Santhanam / Samuel E Lacey / Juri Rappsilber / Andrew P Carter / 要旨: Dynactin is a 1.1 MDa complex that activates the molecular motor dynein for ultra-processive transport along microtubules. In order to do this, it forms a tripartite complex with dynein and a coiled- ...Dynactin is a 1.1 MDa complex that activates the molecular motor dynein for ultra-processive transport along microtubules. In order to do this, it forms a tripartite complex with dynein and a coiled-coil adaptor. Dynactin consists of an actin-related filament whose length is defined by its flexible shoulder domain. Despite previous cryo-EM structures, the molecular architecture of the shoulder and pointed end of the filament is still poorly understood due to the lack of high-resolution information in these regions. Here we combine multiple cryo-EM datasets and define precise masking strategies for particle signal subtraction and 3D classification. This overcomes domain flexibility and results in high-resolution maps into which we can build the shoulder and pointed end. The unique architecture of the shoulder securely houses the p150 subunit and positions the four identical p50 subunits in different conformations to bind dynactin's filament. The pointed end map allows us to build the first structure of p62 and reveals the molecular basis for cargo adaptor binding to different sites at the pointed end. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6znl.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6znl.ent.gz | 974.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6znl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6znl_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6znl_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6znl_validation.xml.gz | 171.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6znl_validation.cif.gz | 267.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/6znl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/6znl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 6種, 13分子 ABCDEFGIHJKLU
#1: タンパク質 | 分子量: 42670.688 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F2Z5G5 #2: タンパク質 | | 分子量: 41782.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q6QAQ1 #3: タンパク質 | | 分子量: 46250.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LHK5 #4: タンパク質 | | 分子量: 33059.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0PFK5 #5: タンパク質 | | 分子量: 30669.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A9XFX6 #8: タンパク質 | | 分子量: 20703.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: D0G6S1 |
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-Dynactin subunit ... , 5種, 10分子 MNmnOoVYZz
#6: タンパク質 | 分子量: 44704.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A5G2QD80 #7: タンパク質 | 分子量: 21192.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SEC0 #9: タンパク質 | | 分子量: 20150.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZK88 #10: タンパク質 | | 分子量: 52920.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TB62 #11: タンパク質 | 分子量: 142547.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287B8J2*PLUS |
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-非ポリマー , 3種, 13分子
#12: 化合物 | ChemComp-ADP / #13: 化合物 | ChemComp-ATP / | #14: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Dynactin complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: All 4 image detectors used for reconstruction | |||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 336972 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL |