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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6znl | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the dynactin complex | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() positive regulation of neuromuscular junction development / retrograde axonal transport of mitochondrion / centriolar subdistal appendage / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / EPHB-mediated forward signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Cell-extracellular matrix interactions / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs ...positive regulation of neuromuscular junction development / retrograde axonal transport of mitochondrion / centriolar subdistal appendage / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / EPHB-mediated forward signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Cell-extracellular matrix interactions / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / MAP2K and MAPK activation / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lau, C.K. / Lacey, S.E. / Carter, A.P. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM reveals the complex architecture of dynactin's shoulder region and pointed end. 著者: Clinton K Lau / Francis J O'Reilly / Balaji Santhanam / Samuel E Lacey / Juri Rappsilber / Andrew P Carter / ![]() ![]() 要旨: Dynactin is a 1.1 MDa complex that activates the molecular motor dynein for ultra-processive transport along microtubules. In order to do this, it forms a tripartite complex with dynein and a coiled- ...Dynactin is a 1.1 MDa complex that activates the molecular motor dynein for ultra-processive transport along microtubules. In order to do this, it forms a tripartite complex with dynein and a coiled-coil adaptor. Dynactin consists of an actin-related filament whose length is defined by its flexible shoulder domain. Despite previous cryo-EM structures, the molecular architecture of the shoulder and pointed end of the filament is still poorly understood due to the lack of high-resolution information in these regions. Here we combine multiple cryo-EM datasets and define precise masking strategies for particle signal subtraction and 3D classification. This overcomes domain flexibility and results in high-resolution maps into which we can build the shoulder and pointed end. The unique architecture of the shoulder securely houses the p150 subunit and positions the four identical p50 subunits in different conformations to bind dynactin's filament. The pointed end map allows us to build the first structure of p62 and reveals the molecular basis for cargo adaptor binding to different sites at the pointed end. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 974.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 6種, 13分子 ABCDEFGIHJKLU
#1: タンパク質 | 分子量: 42670.688 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | | ![]() 分子量: 41782.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 46250.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 33059.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #5: タンパク質 | | 分子量: 30669.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #8: タンパク質 | | ![]() 分子量: 20703.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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-Dynactin subunit ... , 5種, 10分子 MNmnOoVYZz
#6: タンパク質 | ![]() 分子量: 44704.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #7: タンパク質 | ![]() 分子量: 21192.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #9: タンパク質 | | ![]() 分子量: 20150.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #10: タンパク質 | | ![]() 分子量: 52920.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #11: タンパク質 | ![]() 分子量: 142547.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 13分子 ![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#12: 化合物 | ChemComp-ADP / ![]() #13: 化合物 | ChemComp-ATP / | ![]() #14: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Dynactin complex![]() |
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分子量 | 値: 1 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: All 4 image detectors used for reconstruction | |||||||||
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 336972 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL |