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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zni | |||||||||
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タイトル | Structure of the Shigella MxiH needle filament attached to the basal body | |||||||||
要素 | Protein MxiH | |||||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Type 3 secretion system / Shigella / Helical reconstruction / Needle filament. | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / cell surface / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Shigella flexneri 5a str. M90T (フレクスナー赤痢菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Lunelli, M. / Kotov, V. / Marlovits, T.C. / Kolbe, M. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Biochem Biophys Rep / 年: 2021 タイトル: Helical reconstruction of and needle filaments attached to type 3 basal bodies. 著者: Vadim Kotov / Michele Lunelli / Jiri Wald / Michael Kolbe / Thomas C Marlovits / 要旨: Gram-negative pathogens evolved a syringe-like nanomachine, termed type 3 secretion system, to deliver protein effectors into the cytoplasm of host cells. An essential component of this system is a ...Gram-negative pathogens evolved a syringe-like nanomachine, termed type 3 secretion system, to deliver protein effectors into the cytoplasm of host cells. An essential component of this system is a long helical needle filament that protrudes from the bacterial surface and connects the cytoplasms of the bacterium and the eukaryotic cell. Previous structural research was predominantly focused on reconstituted type 3 needle filaments, which lacked the biological context. In this work we introduce a facile procedure to obtain high-resolution cryo-EM structure of needle filaments attached to the basal body of type 3 secretion systems. We validate our approach by solving the structure of PrgI filament and demonstrate its utility by obtaining the first high-resolution cryo-EM reconstruction of Shigella MxiH filament. Our work paves the way to systematic structural characterization of attached type 3 needle filaments in the context of mutagenesis studies, protein structural evolution and drug development. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zni.cif.gz | 320.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zni.ent.gz | 266.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zni.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6zni_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6zni_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6zni_validation.xml.gz | 51.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6zni_validation.cif.gz | 80.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/6zni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/6zni | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11060.279 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shigella flexneri 5a str. M90T (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: mxiH, CP0137 / プラスミド: pASK-IBA7plus 発現宿主: Shigella flexneri 5a str. M90T (フレクスナー赤痢菌) 参照: UniProt: P0A223 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Needle filament of the type III secretion system / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT 詳細: Structure obtained from needles attached to the basal body Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Shigella flexneri 5a str. M90T (フレクスナー赤痢菌) | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Shigella flexneri 5a str. M90T (フレクスナー赤痢菌) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 100000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5238 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 7 / 利用したフレーム数/画像: 1-6 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17_3644: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 64.3 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.322 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 101369 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19348 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 2MME Accession code: 2MME / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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