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- PDB-6zcl: Coxsackievirus B3 in complex with capsid binder compound 17 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zcl
タイトルCoxsackievirus B3 in complex with capsid binder compound 17
要素(capsid protein ...) x 4
キーワードVIRUS / Enterovirus / coxackievirus B4 / capsid binder / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host transcription / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host transcription / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FHK / MYRISTIC ACID / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Domanska, A. / Flatt, J.W. / Butcher, S.J.
資金援助 フィンランド, 2件
組織認可番号国
Academy of Finland315950 フィンランド
Sigrid Juselius FoundationNA フィンランド
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Identification of a conserved virion-stabilizing network inside the interprotomer pocket of enteroviruses.
著者: Justin W Flatt / Aušra Domanska / Alma L Seppälä / Sarah J Butcher /
要旨: Enteroviruses pose a persistent and widespread threat to human physical health, with no specific treatments available. Small molecule capsid binders have the potential to be developed as antivirals ...Enteroviruses pose a persistent and widespread threat to human physical health, with no specific treatments available. Small molecule capsid binders have the potential to be developed as antivirals that prevent virus attachment and entry into host cells. To aid with broad-range drug development, we report here structures of coxsackieviruses B3 and B4 bound to different interprotomer-targeting capsid binders using single-particle cryo-EM. The EM density maps are beyond 3 Å resolution, providing detailed information about interactions in the ligand-binding pocket. Comparative analysis revealed the residues that form a conserved virion-stabilizing network at the interprotomer site, and showed the small molecule properties that allow anchoring in the pocket to inhibit virus disassembly.
履歴
登録2020年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11166
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: capsid protein VP1
B: capsid protein VP2
C: capsid protein VP3
D: capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,0416
ポリマ－91,3904
非ポリマー6512
水00
1
A: capsid protein VP1
B: capsid protein VP2
C: capsid protein VP3
D: capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,522,442360
ポリマ－5,483,395240
非ポリマー39,047120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: capsid protein VP1
B: capsid protein VP2
C: capsid protein VP3
D: capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 460 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)460,20330
ポリマ－456,95020
非ポリマー3,25410
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: capsid protein VP1
B: capsid protein VP2
C: capsid protein VP3
D: capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 552 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)552,24436
ポリマ－548,33924
非ポリマー3,90512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1

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要素

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Capsid protein ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 capsid protein VP1 / capsid protein VP1


分子量: 30268.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: capsid protein VP1
由来: (天然) Coxsackievirus B3 (strain Nancy) (コクサッキーウイルス)
細胞株: Vero A
参照: UniProt: P03313, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 capsid protein VP2 / capsid protein VP2


分子量: 27604.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: capsid protein VP2
由来: (天然) Coxsackievirus B3 (strain Nancy) (コクサッキーウイルス)
細胞株: Vero A
参照: UniProt: P03313, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 capsid protein VP3 / capsid protein VP3


分子量: 26067.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: capsid protein VP3
由来: (天然) Coxsackievirus B3 (strain Nancy) (コクサッキーウイルス)
細胞株: Vero A
参照: UniProt: P03313, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 capsid protein VP4 / capsid protein VP4


分子量: 7449.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: myristoylated peptide, capsid protein VP4
由来: (天然) Coxsackievirus B3 (strain Nancy) (コクサッキーウイルス)
細胞株: Vero A
参照: UniProt: P03313, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase

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非ポリマー , 2種, 2分子

#5: 化合物 ChemComp-FHK / 4-[[4-[1,3-bis(oxidanylidene)isoindol-2-yl]phenyl]sulfonylamino]benzoic acid


分子量: 422.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H14N2O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Coxsackievirus B3 (strain Nancy) / タイプ: VIRUS
詳細: Virus was grown in Vero A cells and purified in CsCl gradient
Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus B3 (strain Nancy) (コクサッキーウイルス)
株: Nancy
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: human
ウイルス殻名称: icasaheadron / 直径: 300 nm / 三角数 (T数): 3
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Purified virus was mixed with compound 17 and incubated at room temperature for 30 min before plunging
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 47 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18626 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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