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- PDB-6z1p: Structure of the mitochondrial ribosome from Tetrahymena thermophila -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z1p
タイトルStructure of the mitochondrial ribosome from Tetrahymena thermophila
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 4
  • (50S ribosomal protein ...) x 9
  • (Ribosomal protein ...) x 20
  • (bL7/12m) x 2
  • 39-S ribosomal protein L47
  • Enoyl-CoA hydratase/isomerase
  • IGR motif protein
  • Iron donor protein CyaY
  • Iron-binding zinc finger CDGSH type protein
  • LSU rRNA_1
  • LSU rRNA_2
  • Large subunit ribosomal protein
  • PARP alpha-helical domain-containing protein,mS83
  • Ribosomal death-associated protein
  • Ribosomal protein
  • Ribosomal subunit protein
  • SSU rRNA_1
  • SSU rRNA_2
  • SelR domain protein
  • Signal peptide-binding domain protein
  • Ymf59
  • Ymf60
  • Ymf61
  • Ymf63
  • Ymf64
  • Ymf69
  • Ymf73
  • Ymf74
  • Ymf76
  • bL19m
  • bL25m
  • bL32m
  • bL35m
  • bL7/L12m
  • bS21m
  • mL101
  • mL102
  • mL103
  • mL104
  • mL106
  • mL40
  • mL46
  • mL53
  • mL54
  • mL64
  • mS23
  • mS26
  • mS31
  • mS33
  • mS34
  • mS37
  • mS38
  • mS45
  • mS75
  • mS76
  • mS77
  • mS78
  • mS79
  • mS81
  • mS82
  • mS84,mS84
  • mS85
  • mS87
  • mS88
  • mS89
  • mS90
  • mS91
  • mS93
キーワードRIBOSOME / Mitochondrial ribosome / mitochondria / ciliate / tetrahymena
機能・相同性
機能・相同性情報


: / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase activity / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / protein repair / : / signal recognition particle / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 7S RNA binding / iron-sulfur cluster assembly / mitochondrial ribosome ...: / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase activity / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / protein repair / : / signal recognition particle / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 7S RNA binding / iron-sulfur cluster assembly / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / isomerase activity / ferric iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / double-stranded DNA binding / response to oxidative stress / nucleic acid binding / membrane => GO:0016020 / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Iron-binding zinc finger CDGSH type / Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB / IGR protein motif / Peptide methionine sulphoxide reductase MrsB domain / SelR domain / Methionine-R-sulfoxide reductase (MsrB) domain profile. / Iron-binding zinc finger, CDGSH type / MitoNEET, CDGSH iron-sulfur domain / CDGSH-type zinc finger. Function unknown. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, HIBYL-CoA-H type ...Iron-binding zinc finger CDGSH type / Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB / IGR protein motif / Peptide methionine sulphoxide reductase MrsB domain / SelR domain / Methionine-R-sulfoxide reductase (MsrB) domain profile. / Iron-binding zinc finger, CDGSH type / MitoNEET, CDGSH iron-sulfur domain / CDGSH-type zinc finger. Function unknown. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, HIBYL-CoA-H type / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Frataxin/CyaY / Frataxin conserved site / Protein Fyv4 / Frataxin-like domain / Frataxin family signature. / Frataxin family profile. / Frataxin-like domain / Transcription termination factor, mitochondrial/chloroplastic / MTERF superfamily, mitochondrial/chloroplastic / mTERF / IGR protein motif / IGR / Mss4-like superfamily / Frataxin/CyaY superfamily / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / PARP alpha-helical domain profile. / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L27 / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / RNA-binding domain superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / L28p-like / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L21-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Uncharacterized protein / 50S ribosomal protein L17 / Uncharacterized protein ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Uncharacterized protein / 50S ribosomal protein L17 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein L28 / mTERF protein / 50S ribosomal protein L21 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / 50S ribosomal protein L27 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / 30S ribosomal protein S16 / Uncharacterized protein / Ribosomal protein S9 / 30S ribosomal protein S5 / 30S ribosomal protein S17 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Large subunit ribosomal protein / Ribosomal protein L15, putative / Ribosomal protein L27 / 50S ribosomal protein L4 / Ribosomal protein S6 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein L23, putative / Protein FYV4, mitochondrial / Uncharacterized protein / Iron-binding zinc finger CDGSH type protein / 50S ribosomal protein L3 / Uncharacterized protein / 50S ribosomal protein L33 / PARP alpha-helical domain-containing protein / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Ribosomal protein L51/S25/CI-B8 domain protein / Ribosomal death-associated protein / Uncharacterized protein / 39-S ribosomal protein L47 / SelR domain protein / 30S ribosomal protein S15 / 50S ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L22/L17e / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ribosomal subunit protein / Ribosomal protein S18 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Iron donor protein CyaY / Ribosomal protein L9, amine-terminal domain protein / 50S ribosomal protein L24 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein L7/L12 carboxy-terminal domain protein / Ymf73 / Ribosomal protein L14 / Ymf61 / Ribosomal protein L16 / Ymf59 / Ymf69 / Ymf63 / Ymf64 / Ymf60 / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S12 / Ymf74 / Ribosomal protein L2 / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S3 / Ribosomal protein S13 / Ymf76 / Uncharacterized protein / 50S ribosomal protein L13 / Signal peptide-binding domain protein / Ribosomal protein / Ribosomal protein L11, amine-terminal domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Tobiasson, V. / Amunts, A.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research CouncilNT_2015-04107 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Ciliate mitoribosome illuminates evolutionary steps of mitochondrial translation.
著者: Victor Tobiasson / Alexey Amunts /
要旨: To understand the steps involved in the evolution of translation, we used , a ciliate with high coding capacity of the mitochondrial genome, as the model organism and characterized its mitochondrial ...To understand the steps involved in the evolution of translation, we used , a ciliate with high coding capacity of the mitochondrial genome, as the model organism and characterized its mitochondrial ribosome (mitoribosome) using cryo-EM. The structure of the mitoribosome reveals an assembly of 94-ribosomal proteins and four-rRNAs with an additional protein mass of ~700 kDa on the small subunit, while the large subunit lacks 5S rRNA. The structure also shows that the small subunit head is constrained, tRNA binding sites are formed by mitochondria-specific protein elements, conserved protein bS1 is excluded, and bacterial RNA polymerase binding site is blocked. We provide evidence for anintrinsic protein targeting system through visualization of mitochondria-specific mL105 by the exit tunnel that would facilitate the recruitment of a nascent polypeptide. Functional protein uS3m is encoded by three complementary genes from the nucleus and mitochondrion, establishing a link between genetic drift and mitochondrial translation. Finally, we reannotated nine open reading frames in the mitochondrial genome that code for mitoribosomal proteins.
履歴
登録2020年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11032
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Aa: LSU rRNA_1
Ab: LSU rRNA_2
Ac: Ribosomal protein L2
Ad: 50S ribosomal protein L3
Ae: 50S ribosomal protein L4
Af: Ymf69
Ag: Ymf60
Ah: bL7/L12m
Ai: bL7/12m
Aj: bL7/12m
Ak: Ribosomal protein L7/L12 carboxy-terminal domain protein
Al: Ribosomal protein L9, amine-terminal domain protein
Am: Ymf74
An: Ribosomal protein L11, amine-terminal domain protein
Ao: 50S ribosomal protein L13
Ap: Ribosomal protein L14
Aq: Ribosomal protein L15, putative
Ar: Ribosomal protein L16
As: 50S ribosomal protein L17
At: bL19m
Au: 50S ribosomal protein L20
Av: 50S ribosomal protein L21
Aw: Ribosomal protein L22/L17e
Ax: Ribosomal protein L23, putative
Ay: 50S ribosomal protein L24
Az: bL25m
AA: 50S ribosomal protein L27
AB: Ribosomal protein L28
AC: 39-S ribosomal protein L47
AD: bL32m
AE: 50S ribosomal protein L33
AF: bL35m
AG: Ribosomal protein
AH: mL40
AI: Ribosomal protein L27
AJ: Ribosomal protein L51/S25/CI-B8 domain protein
AK: mL46
AL: Large subunit ribosomal protein
AM: mL53
AN: mL54
AO: mL64
AP: mL101
AQ: mL102
AR: mL103
AS: mL104
AT: Signal peptide-binding domain protein
AU: mL106
AV: Iron-binding zinc finger CDGSH type protein
Ba: SSU rRNA_1
Bb: SSU rRNA_2
Bc: Ymf73
Bd: Ymf64
Be: Ymf76
Bf: 30S ribosomal protein S5
Bg: Ribosomal protein S6
Bh: Ymf63
Bi: Ribosomal protein S9
Bj: Ymf59
Bk: Ymf61
Bl: Ribosomal protein S12
Bm: Ribosomal protein S13
Bn: Ribosomal protein S14
Bo: 30S ribosomal protein S15
Bp: 30S ribosomal protein S16
Bq: 30S ribosomal protein S17
Br: Ribosomal protein S18
Bs: Ribosomal protein S19
Bt: bS21m
Bu: mS23
Bv: mS26
Bw: Ribosomal death-associated protein
Bx: mS31
By: mS33
Bz: mS34
BA: Ribosomal subunit protein
BB: mS37
BC: mS38
BD: IGR motif protein
BE: mS45
BF: mS75
BG: mS76
BH: mS77
BI: Enoyl-CoA hydratase/isomerase
BJ: mS78
BK: mS79
BL: SelR domain protein
BM: mS81
BN: mS82
BO: PARP alpha-helical domain-containing protein,mS83
BP: mS84,mS84
BQ: mS85
BR: Iron donor protein CyaY
BS: mS87
BT: mS88
BU: mS89
BV: mS90
BW: mS91
BX: Ribosomal protein S3
BY: mS93
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,578,607497
ポリマ－4,568,06699
非ポリマー10,542398
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 AaAbBaBb

#1: RNA鎖 LSU rRNA_1


分子量: 89365.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: GenBank: 15011465
#2: RNA鎖 LSU rRNA_2


分子量: 743593.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: GenBank: 15011465
#49: RNA鎖 SSU rRNA_1


分子量: 62976.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: GenBank: 15011465
#50: RNA鎖 SSU rRNA_2


分子量: 448294.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: GenBank: 15011465

-
Ribosomal protein ... , 20種, 20分子 AcAkAlAnApAqArAwAxABAIAJBgBiBlBmBnBrBsBX

#3: タンパク質 Ribosomal protein L2


分子量: 29974.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q951B6
#11: タンパク質 Ribosomal protein L7/L12 carboxy-terminal domain protein


分子量: 12385.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q24IM4
#12: タンパク質 Ribosomal protein L9, amine-terminal domain protein


分子量: 26227.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q24C33
#14: タンパク質 Ribosomal protein L11, amine-terminal domain protein


分子量: 17816.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: W7XH77
#16: タンパク質 Ribosomal protein L14


分子量: 13612.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q950Y1
#17: タンパク質 Ribosomal protein L15, putative


分子量: 34669.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7MF78
#18: タンパク質 Ribosomal protein L16


分子量: 17462.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q951A0
#23: タンパク質 Ribosomal protein L22/L17e


分子量: 42829.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q23CT9
#24: タンパク質 Ribosomal protein L23, putative


分子量: 16210.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q22EY1
#28: タンパク質 Ribosomal protein L28


分子量: 35041.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7LU83
#35: タンパク質 Ribosomal protein L27


分子量: 18506.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7MG40
#36: タンパク質 Ribosomal protein L51/S25/CI-B8 domain protein


分子量: 21158.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q22RG0
#55: タンパク質 Ribosomal protein S6


分子量: 15971.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7MHS2
#57: タンパク質 Ribosomal protein S9


分子量: 87307.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7M4A2
#60: タンパク質 Ribosomal protein S12


分子量: 15296.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q951B3
#61: タンパク質 Ribosomal protein S13


分子量: 33437.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q951B9
#62: タンパク質 Ribosomal protein S14


分子量: 12311.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q951B0
#66: タンパク質 Ribosomal protein S18


分子量: 63883.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q23K82
#67: タンパク質 Ribosomal protein S19


分子量: 11624.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q951B7
#98: タンパク質 Ribosomal protein S3


分子量: 18509.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q951B8

-
50S ribosomal protein ... , 9種, 9分子 AdAeAoAsAuAvAyAAAE

#4: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 49883.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q22HG3
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 41992.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7MGP2
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 45100.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: W7X626
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 27705.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: A4VE95
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 20232.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q235I3
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 27633.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7LVD3
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 26654.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q24C34
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 27380.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7M068
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 7237.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q22L35

+
タンパク質 , 59種, 59分子 AfAgAhAiAjAmAtAzACAFAGAHAKALAMANAOAPAQARASATAUAVBcBdBeBhBjBk...

#6: タンパク質 Ymf69


分子量: 8389.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q951A2
#7: タンパク質 Ymf60


分子量: 21681.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q951A9
#8: タンパク質 bL7/L12m


分子量: 9039.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
#9: タンパク質 bL7/12m


分子量: 5209.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
#10: タンパク質 bL7/12m


分子量: 5890.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
#13: タンパク質 Ymf74


分子量: 19964.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q951B5
#20: タンパク質 bL19m


分子量: 28828.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7M2I9
#26: タンパク質 bL25m


分子量: 37212.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7LVZ3
#29: タンパク質 39-S ribosomal protein L47


分子量: 36608.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q22W36
#32: タンパク質 bL35m


分子量: 19551.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7M803
#33: タンパク質 Ribosomal protein


分子量: 11117.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: W7XH61
#34: タンパク質 mL40


分子量: 23724.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7LT48
#37: タンパク質 mL46


分子量: 36856.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7LWM6
#38: タンパク質 Large subunit ribosomal protein


分子量: 16831.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7MAF1
#39: タンパク質 mL53


分子量: 21995.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q22KC0
#40: タンパク質 mL54


分子量: 18240.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7MI39
#41: タンパク質 mL64


分子量: 18191.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q23ZH7
#42: タンパク質 mL101


分子量: 45713.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7M3V9
#43: タンパク質 mL102


分子量: 12872.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: W7WYR3
#44: タンパク質 mL103


分子量: 41557.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7MKV5
#45: タンパク質 mL104


分子量: 90008.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7LTP6
#46: タンパク質 Signal peptide-binding domain protein


分子量: 35486.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: W7XFS0
#47: タンパク質 mL106


分子量: 57790.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q23Q81
#48: タンパク質 Iron-binding zinc finger CDGSH type protein


分子量: 18456.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q22HE3
#51: タンパク質 Ymf73


分子量: 19461.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q950X8
#52: タンパク質 Ymf64


分子量: 40101.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q951A8
#53: タンパク質 Ymf76


分子量: 50832.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q951C0
#56: タンパク質 Ymf63


分子量: 33564.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q951A4
#58: タンパク質 Ymf59


分子量: 18389.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q951A1
#59: タンパク質 Ymf61


分子量: 29047.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q950Z8
#68: タンパク質 bS21m


分子量: 12342.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q22BA0
#69: タンパク質 mS23


分子量: 63642.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q23YQ0
#70: タンパク質 mS26


分子量: 69412.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7M0P0
#71: タンパク質 Ribosomal death-associated protein


分子量: 83462.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q22RT0
#72: タンパク質 mS31


分子量: 83818.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q23UD3
#73: タンパク質 mS33


分子量: 15143.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7LW04
#74: タンパク質 mS34


分子量: 16757.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7LWU8
#75: タンパク質 Ribosomal subunit protein


分子量: 17981.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q23K64
#76: タンパク質 mS37


分子量: 13504.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7MMM6
#78: タンパク質 IGR motif protein


分子量: 15207.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q22FZ4
#79: タンパク質 mS45


分子量: 54964.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q23DN6
#81: タンパク質 mS76


分子量: 21735.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q24G80
#82: タンパク質 mS77


分子量: 5379.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
#83: タンパク質 Enoyl-CoA hydratase/isomerase


分子量: 171474.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q22P47
#84: タンパク質 mS78


分子量: 179260.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7M7B1
#85: タンパク質 mS79


分子量: 30229.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q23DG3
#86: タンパク質 SelR domain protein


分子量: 36654.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q22W57
#87: タンパク質 mS81


分子量: 42317.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q24E31
#88: タンパク質 mS82


分子量: 33603.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q22GF7
#89: タンパク質 PARP alpha-helical domain-containing protein,mS83


分子量: 13272.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q22N51
#90: タンパク質 mS84,mS84


分子量: 10453.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: PDB-Q22N51
#91: タンパク質 mS85


分子量: 120913.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q22UP3
#92: タンパク質 Iron donor protein CyaY


分子量: 16787.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q240K3
#93: タンパク質 mS87


分子量: 127224.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: A4VCP7
#94: タンパク質 mS88


分子量: 25237.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
#95: タンパク質 mS89


分子量: 51871.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q22EB6
#96: タンパク質 mS90


分子量: 33264.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q24HL0
#97: タンパク質 mS91


分子量: 24272.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
#99: タンパク質 mS93


分子量: 37252.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7LUK3

-
タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 ADBCBF

#30: タンパク質・ペプチド bL32m


分子量: 3081.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
#77: タンパク質・ペプチド mS38


分子量: 3166.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
#80: タンパク質・ペプチド mS75


分子量: 1975.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)

-
30S ribosomal protein ... , 4種, 4分子 BfBoBpBq

#54: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 40865.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7M4M7
#63: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 23138.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: Q22WF3
#64: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 52066.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7M3F6
#65: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 21427.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
参照: UniProt: I7M6C7

-
非ポリマー , 4種, 398分子

#100: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#101: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#102: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#103: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The mitochondrial ribosome from tetrahymena thermophila
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#99 / 由来: NATURAL
分子量値: 4.0 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
緩衝液pH: 7.45
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 92000 X / Calibrated defocus min: 200 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 2-20

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.0.7粒子像選択
4Gctf1.06CTF補正
10RELION3.0.7初期オイラー角割当
11RELION3.0.7最終オイラー角割当
13RELION3.0.7３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 99300 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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