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- PDB-6yxy: State B of the Trypanosoma brucei mitoribosomal large subunit ass... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yxy
タイトルState B of the Trypanosoma brucei mitoribosomal large subunit assembly intermediate
要素
  • (UNK) x 6
  • 12S ribosomal RNA
  • L0R8F8
  • MALSU1
  • Mtg1
  • bL17m
  • bL19m
  • bL20m
  • bL21m
  • bL28m
  • bL32m
  • bL35m
  • bL9m
  • mL100
  • mL101
  • mL41
  • mL42
  • mL43
  • mL49
  • mL52
  • mL53
  • mL63
  • mL64
  • mL67
  • mL68
  • mL70
  • mL71
  • mL72
  • mL74
  • mL75
  • mL76
  • mL77
  • mL78
  • mL80
  • mL81
  • mL83
  • mL84
  • mL85
  • mL86
  • mL87
  • mL88
  • mL89
  • mL90
  • mL92
  • mL93
  • mL94
  • mL95
  • mL98
  • mL99
  • mt-ACP
  • mt-EngA
  • mt-EngB
  • mt-LAF12
  • mt-LAF14
  • mt-LAF15a
  • mt-LAF18
  • mt-LAF19
  • mt-LAF2
  • mt-LAF20
  • mt-LAF3
  • mt-LAF4
  • mt-LAF5
  • mt-LAF6
  • mt-LAF7
  • mt-LAF8
  • uL11m
  • uL13m
  • uL14m
  • uL15m
  • uL22m
  • uL23m
  • uL24m
  • uL29m
  • uL30m
  • uL3m
  • uL4m
キーワードRIBOSOME / mitoribosome / assembly / LSU
機能・相同性
機能・相同性情報


organellar large ribosomal subunit / pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / negative regulation of ribosome biogenesis / kinetoplast / RNA methyltransferase activity / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / nuclear lumen / mitochondrial ribosome ...organellar large ribosomal subunit / pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / negative regulation of ribosome biogenesis / kinetoplast / RNA methyltransferase activity / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / nuclear lumen / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / post-transcriptional regulation of gene expression / cyclosporin A binding / acyl binding / acyl carrier activity / ribosomal large subunit binding / RNA processing / translation initiation factor activity / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / lipid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / protein folding / large ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / methylation / hydrolase activity / RNA helicase activity / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / mitochondrial matrix / translation / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / EngB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Pseudouridine synthase, TruD / Pseudouridine synthase, TruD, catalytic domain / EngB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / GTPase Der, C-terminal KH-domain-like / KH-domain-like of EngA bacterial GTPase enzymes, C-terminal / Pseudouridine synthase, RsuA/RluA-like / : ...: / EngB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Pseudouridine synthase, TruD / Pseudouridine synthase, TruD, catalytic domain / EngB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / GTPase Der, C-terminal KH-domain-like / KH-domain-like of EngA bacterial GTPase enzymes, C-terminal / Pseudouridine synthase, RsuA/RluA-like / : / RNA pseudouridylate synthase / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Protein Iojap/ribosomal silencing factor RsfS / Ribosomal silencing factor during starvation / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / LIM domain / GTP-binding protein, orthogonal bundle domain superfamily / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / DnaJ domain / Pentatricopeptide repeat / Rhodanese-like domain superfamily / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / DnaJ domain / Alpha/beta knot methyltransferases / 50S ribosome-binding GTPase / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / GTP binding domain / Complex 1 protein (LYR family) / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Acyl carrier protein (ACP) / Nucleotidyltransferase superfamily / Phosphopantetheine attachment site / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Phosphopantetheine attachment site. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Phosphopantetheine attachment site / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / 50S ribosomal protein L30e-like / Helicase conserved C-terminal domain / Ribosomal protein L28/L24 / : / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Small GTP-binding protein domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / K homology domain-like, alpha/beta / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein L25/L23 / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain superfamily / Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-PM8 / SPERMIDINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-PM8 / SPERMIDINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Lipase (Class 3) / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Tetratricopeptide repeat / KOW domain-containing protein / T. brucei spp.-specific protein / T. brucei spp.-specific protein / Uncharacterized protein / Chaperone protein DNAj, putative / Ribosomal protein L22p/L17e / Large ribosomal subunit protein bL21m / T. brucei spp.-specific protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / tRNA/rRNA methyltransferase SpoU type domain-containing protein / Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit / Uncharacterized protein / T. brucei spp.-specific protein / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL4m / T. brucei spp.-specific protein / Uncharacterized protein / DEAD-box helicase, putative / EngB-type G domain-containing protein / Ribosomal protein S24/S35 mitochondrial conserved domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / TRUD domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL23m / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / tRNA/rRNA methyltransferase SpoU type domain-containing protein / GTP-binding protein, putative / Ribosomal protein L30 ferredoxin-like fold domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL29m / Rhodanese domain-containing protein / Uncharacterized protein / Pseudouridylate synthase RPUSD4, mitochondrial / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / GTP-binding protein, putative / Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein / Ribosomal protein L9 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Acyl carrier protein / 50S ribosomal protein L17, putative / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / 50S ribosomal protein L13, putative / Large ribosomal subunit protein uL3m / Large ribosomal subunit protein mL43 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / LIM zinc-binding domain-containing protein / 39S ribosomal protein L28, mitochondrial / Uncharacterized protein / Ribosomal protein L11, putative / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Jaskolowski, M. / Ramrath, D.J.F. / Bieri, P. / Niemann, M. / Mattei, S. / Calderaro, S. / Leibundgut, M.A. / Horn, E.K. / Boehringer, D. / Schneider, A. / Ban, N.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into the Mechanism of Mitoribosomal Large Subunit Biogenesis.
著者: Mateusz Jaskolowski / David J F Ramrath / Philipp Bieri / Moritz Niemann / Simone Mattei / Salvatore Calderaro / Marc Leibundgut / Elke K Horn / Daniel Boehringer / André Schneider / Nenad Ban /
要旨: In contrast to the bacterial translation machinery, mitoribosomes and mitochondrial translation factors are highly divergent in terms of composition and architecture. There is increasing evidence ...In contrast to the bacterial translation machinery, mitoribosomes and mitochondrial translation factors are highly divergent in terms of composition and architecture. There is increasing evidence that the biogenesis of mitoribosomes is an intricate pathway, involving many assembly factors. To better understand this process, we investigated native assembly intermediates of the mitoribosomal large subunit from the human parasite Trypanosoma brucei using cryo-electron microscopy. We identify 28 assembly factors, 6 of which are homologous to bacterial and eukaryotic ribosome assembly factors. They interact with the partially folded rRNA by specifically recognizing functionally important regions such as the peptidyltransferase center. The architectural and compositional comparison of the assembly intermediates indicates a stepwise modular assembly process, during which the rRNA folds toward its mature state. During the process, several conserved GTPases and a helicase form highly intertwined interaction networks that stabilize distinct assembly intermediates. The presented structures provide general insights into mitoribosomal maturation.
履歴
登録2020年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11000
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A1: bL28m
A2: uL29m
A3: uL30m
A5: bL32m
A8: bL35m
AA: 12S ribosomal RNA
BA: mL67
EA: mt-EngA
BB: mL68
EB: mt-LAF2
EC: mt-LAF3
BD: mL70
ED: mt-LAF4
AE: uL3m
BE: mL71
EE: mt-LAF5
UE: UNK
AF: uL4m
BF: mL72
EF: mt-LAF6
EG: mt-LAF7
BH: mL74
EH: mt-LAF8
AI: bL9m
BI: mL75
EI: MALSU1
UI: UNK
BJ: mL76
EJ: L0R8F8
AK: uL11m
BK: mL77
EK: mt-ACP
UK: UNK
BL: mL78
EL: mt-LAF12
UL: UNK
EM: Mtg1
UM: UNK
AN: uL13m
BN: mL80
EN: mt-LAF14
AO: uL14m
BO: mL81
EO: mt-LAF15a
AP: uL15m
EP: mt-LAF15a
BQ: mL83
EQ: mt-EngB
AR: bL17m
BR: mL84
ER: mt-ACP
BS: mL85
ES: mt-LAF18
AT: bL19m
BT: mL86
ET: mt-LAF19
AU: bL20m
BU: mL87
EU: mt-LAF20
AV: bL21m
BV: mL88
AW: uL22m
BW: mL89
AX: uL23m
BX: mL90
UX: UNK
AY: uL24m
BZ: mL92
Ba: mL93
Bb: mL94
Bc: mL95
Ae: mL41
Af: mL42
Bf: mL98
Ag: mL43
Bg: mL99
Bh: mL100
Bi: mL101
Al: mL49
Ao: mL52
Ap: mL53
At: mL63
Av: mL64
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,253,212131
ポリマ－3,248,15883
非ポリマー5,05448
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 76種, 78分子 A1A2A3A5A8BAEABBEBECBDEDAEBEEEAFBFEFEGBHEHAIBIEIBJEJAKBKEKER...

#1: タンパク質 bL28m


分子量: 28051.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q586A2
#2: タンパク質 uL29m


分子量: 54045.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38EM7
#3: タンパク質 uL30m


分子量: 25218.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38ED8
#4: タンパク質 bL32m


分子量: 9745.710 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q584F4
#5: タンパク質 bL35m


分子量: 21661.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: D0A1K1
#7: タンパク質 mL67


分子量: 93569.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q386Z1
#8: タンパク質 mt-EngA


分子量: 65528.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57TZ4
#9: タンパク質 mL68


分子量: 62806.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: D0A135
#10: タンパク質 mt-LAF2


分子量: 85715.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: D0A9G9
#11: タンパク質 mt-LAF3


分子量: 46374.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38FJ3
#12: タンパク質 mL70


分子量: 62442.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#13: タンパク質 mt-LAF4


分子量: 69460.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q385G9
#14: タンパク質 uL3m


分子量: 55073.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q580R4
#15: タンパク質 mL71


分子量: 50313.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57WG1
#16: タンパク質 mt-LAF5


分子量: 67167.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38DC9
#18: タンパク質 uL4m


分子量: 53156.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: D0A7A6
#19: タンパク質 mL72


分子量: 49407.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: A0A3L6LA84
#20: タンパク質 mt-LAF6


分子量: 40106.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: C9ZWD9
#21: タンパク質 mt-LAF7


分子量: 18645.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q387S8
#22: タンパク質 mL74


分子量: 39765.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38AM5
#23: タンパク質 mt-LAF8


分子量: 68904.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57ZS6
#24: タンパク質 bL9m


分子量: 30729.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57UC5
#25: タンパク質 mL75


分子量: 39770.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: D0A108
#26: タンパク質 MALSU1


分子量: 39553.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q584Y2
#28: タンパク質 mL76


分子量: 39638.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383M2
#29: タンパク質 L0R8F8


分子量: 13444.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57UQ1
#30: タンパク質 uL11m


分子量: 40266.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q586R9
#31: タンパク質 mL77


分子量: 43754.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: C9ZQR6
#32: タンパク質 mt-ACP


分子量: 16550.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57WW9
#34: タンパク質 mL78


分子量: 35104.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q389N4
#35: タンパク質 mt-LAF12


分子量: 77908.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: C9ZVC0
#36: タンパク質 UNK


分子量: 6145.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#37: タンパク質 Mtg1


分子量: 50416.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38E75
#39: タンパク質 uL13m


分子量: 24341.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q580D5
#40: タンパク質 mL80


分子量: 34883.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: C9ZQF0
#41: タンパク質 mt-LAF14


分子量: 82108.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: C9ZPS0
#42: タンパク質 uL14m


分子量: 25133.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#43: タンパク質 mL81


分子量: 29284.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q385L5
#44: タンパク質 mt-LAF15a


分子量: 34621.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: C9ZMA6
#45: タンパク質 uL15m


分子量: 43780.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57U68
#46: タンパク質 mL83 / PPIase


分子量: 25579.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57WF8, peptidylprolyl isomerase
#47: タンパク質 mt-EngB


分子量: 71472.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q380Y8
#48: タンパク質 bL17m


分子量: 35117.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57YI7
#49: タンパク質 mL84


分子量: 24773.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q586A6
#50: タンパク質 mL85


分子量: 22657.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38FG8
#51: タンパク質 mt-LAF18


分子量: 58830.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: A0A3L6L1Y4
#52: タンパク質 bL19m


分子量: 16931.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q4GZ98
#53: タンパク質 mL86


分子量: 22376.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: A0A3L6L8W0
#54: タンパク質 mt-LAF19


分子量: 12076.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383S4
#55: タンパク質 bL20m


分子量: 24393.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383R2
#56: タンパク質 mL87


分子量: 22337.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: D0A7Z9
#57: タンパク質 mt-LAF20


分子量: 6939.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#58: タンパク質 bL21m


分子量: 20895.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: C9ZT11
#59: タンパク質 mL88


分子量: 22255.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: C9ZUW3
#60: タンパク質 uL22m


分子量: 32083.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: C9ZSI8
#61: タンパク質 mL89


分子量: 22213.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57WW5
#62: タンパク質 uL23m


分子量: 28847.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q387G3
#63: タンパク質 mL90


分子量: 22123.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q585P1
#64: タンパク質 UNK


分子量: 15336.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#65: タンパク質 uL24m


分子量: 43999.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: C9ZK52
#66: タンパク質 mL92 / PPIase


分子量: 20542.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383Y4, peptidylprolyl isomerase
#67: タンパク質 mL93


分子量: 18929.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: D0A4T0
#68: タンパク質 mL94


分子量: 17830.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38EP7
#69: タンパク質 mL95


分子量: 17803.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q389K3
#70: タンパク質 mL41


分子量: 22610.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383U6
#71: タンパク質 mL42


分子量: 21602.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383S1
#72: タンパク質 mL98


分子量: 12968.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q388M2
#73: タンパク質 mL43


分子量: 31300.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q583E5
#74: タンパク質 mL99


分子量: 12334.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q587H8
#75: タンパク質 mL100


分子量: 10600.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: A0A3L6L2V1
#76: タンパク質 mL101


分子量: 28455.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q4GZ80
#77: タンパク質 mL49


分子量: 24501.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57Z82
#78: タンパク質 mL52


分子量: 167692.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q385V2
#79: タンパク質 mL53


分子量: 35656.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: A0A3L6L3K9
#80: タンパク質 mL63


分子量: 18213.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: C9ZU82
#81: タンパク質 mL64


分子量: 28545.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: D0A934

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 AA

#6: RNA鎖 12S ribosomal RNA


分子量: 373911.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: GenBank: 343546

-
タンパク質・ペプチド , 4種, 4分子 UEUIUKUM

#17: タンパク質・ペプチド UNK


分子量: 2826.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#27: タンパク質・ペプチド UNK


分子量: 1975.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#33: タンパク質・ペプチド UNK


分子量: 2145.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#38: タンパク質・ペプチド UNK


分子量: 698.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

-
非ポリマー , 9種, 58分子

#82: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#83: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#84: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#85: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#86: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#87: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#88: 化合物 ChemComp-PM8 / S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE


分子量: 496.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H41N2O7PS
#89: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#90: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: State B of the Trypanosoma brucei mitoribosomal large subunit assembly intermediate
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#81 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 427
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: 3.5 uL of the sample was blotted for 7-9 sec before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 75 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 3 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98508 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: Initial models of ribosomal proteins of the T. brucei mitochondrial ribosomal large subunit were taken from PDB 6HIX. Assembly factors of the mitoribosomal large subunit were built de novo.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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