+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yxy | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | State B of the Trypanosoma brucei mitoribosomal large subunit assembly intermediate | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | RIBOSOME / mitoribosome / assembly / LSU | ||||||
機能・相同性 | ![]() organellar large ribosomal subunit / pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / negative regulation of ribosome biogenesis / kinetoplast / RNA methyltransferase activity / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / nuclear lumen / mitochondrial ribosome ...organellar large ribosomal subunit / pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / negative regulation of ribosome biogenesis / kinetoplast / RNA methyltransferase activity / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / nuclear lumen / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / post-transcriptional regulation of gene expression / cyclosporin A binding / acyl binding / acyl carrier activity / ribosomal large subunit binding / RNA processing / translation initiation factor activity / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / lipid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / protein folding / large ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / methylation / hydrolase activity / RNA helicase activity / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / mitochondrial matrix / translation / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
![]() | Jaskolowski, M. / Ramrath, D.J.F. / Bieri, P. / Niemann, M. / Mattei, S. / Calderaro, S. / Leibundgut, M.A. / Horn, E.K. / Boehringer, D. / Schneider, A. / Ban, N. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Insights into the Mechanism of Mitoribosomal Large Subunit Biogenesis. 著者: Mateusz Jaskolowski / David J F Ramrath / Philipp Bieri / Moritz Niemann / Simone Mattei / Salvatore Calderaro / Marc Leibundgut / Elke K Horn / Daniel Boehringer / André Schneider / Nenad Ban / ![]() 要旨: In contrast to the bacterial translation machinery, mitoribosomes and mitochondrial translation factors are highly divergent in terms of composition and architecture. There is increasing evidence ...In contrast to the bacterial translation machinery, mitoribosomes and mitochondrial translation factors are highly divergent in terms of composition and architecture. There is increasing evidence that the biogenesis of mitoribosomes is an intricate pathway, involving many assembly factors. To better understand this process, we investigated native assembly intermediates of the mitoribosomal large subunit from the human parasite Trypanosoma brucei using cryo-electron microscopy. We identify 28 assembly factors, 6 of which are homologous to bacterial and eukaryotic ribosome assembly factors. They interact with the partially folded rRNA by specifically recognizing functionally important regions such as the peptidyltransferase center. The architectural and compositional comparison of the assembly intermediates indicates a stepwise modular assembly process, during which the rRNA folds toward its mature state. During the process, several conserved GTPases and a helicase form highly intertwined interaction networks that stabilize distinct assembly intermediates. The presented structures provide general insights into mitoribosomal maturation. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.9 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 437.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 734.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
+タンパク質 , 76種, 78分子 A1A2A3A5A8BAEABBEBECBDEDAEBEEEAFBFEFEGBHEHAIBIEIBJEJAKBKEKER...
-RNA鎖 , 1種, 1分子 AA
#6: RNA鎖 | 分子量: 373911.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 343546 |
---|
-タンパク質・ペプチド , 4種, 4分子 UEUIUKUM
#17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2826.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#27: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1975.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#33: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2145.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#38: タンパク質・ペプチド | 分子量: 698.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 9種, 58分子 
















#82: 化合物 | ChemComp-ZN / #83: 化合物 | ChemComp-MG / #84: 化合物 | ChemComp-SPD / | #85: 化合物 | #86: 化合物 | #87: 化合物 | ChemComp-ATP / | #88: 化合物 | #89: 化合物 | ChemComp-NAD / | #90: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|---|
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: State B of the Trypanosoma brucei mitoribosomal large subunit assembly intermediate タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#81 / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: 427 |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: 3.5 uL of the sample was blotted for 7-9 sec before plunging |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 75 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-
解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3 / カテゴリ: 3次元再構成 |
---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98508 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | 詳細: Initial models of ribosomal proteins of the T. brucei mitochondrial ribosomal large subunit were taken from PDB 6HIX. Assembly factors of the mitoribosomal large subunit were built de novo. |