[日本語] English
万見
- PDB-6yxr: Dunaliella Minimal Photosystem I -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yxr
タイトルDunaliella Minimal Photosystem I
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein, ...) x 2
  • (Photosystem I ...) x 4
  • Lhca2
  • Lhca4
  • PsaD
  • PsaE
  • PsaF
キーワードPHOTOSYNTHESIS / membrane complex / photosystem I / dunaliella / light harvesting / excitation transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


plastoglobule / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis ...plastoglobule / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Single helix bin / SH3 type barrels. - #50 / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Alpha-Beta Plaits - #20 / Chlorophyll A-B binding protein ...Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Single helix bin / SH3 type barrels. - #50 / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Alpha-Beta Plaits - #20 / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 4Fe-4S dicluster domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE ...1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-XAT / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
類似検索 - 構成要素
生物種Dunaliella salina (しおひげむし)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Nelson, N. / Caspy, I. / Malavath, T. / Klaiman, D. / Shkolinsky, Y.
資金援助 イスラエル, ベルギー, 2件
組織認可番号国
Israel Science Foundation569/17 イスラエル
European Research Council (ERC)723991 ベルギー
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2020
タイトル: Structure and energy transfer pathways of the Dunaliella Salina photosystem I supercomplex.
著者: Ido Caspy / Tirupathi Malavath / Daniel Klaiman / Maria Fadeeva / Yoel Shkolnisky / Nathan Nelson /
要旨: Oxygenic photosynthesis evolved more than 3 billion years ago in cyanobacteria. The increased complexity of photosystem I (PSI) became apparent from the high-resolution structures that were obtained ...Oxygenic photosynthesis evolved more than 3 billion years ago in cyanobacteria. The increased complexity of photosystem I (PSI) became apparent from the high-resolution structures that were obtained for the complexes that were isolated from various organisms, ranging from cyanobacteria to plants. These complexes are all evolutionarily linked. In this paper, the researchers have uncovered the increased complexity of PSI in a single organism demonstrated by the coexistance of two distinct PSI compositions. The Large Dunaliella PSI contains eight additional subunits, six in PSI core and two light harvesting complexes. Two additional chlorophyll a molecules pertinent for efficient excitation energy transfer in state II transition were identified in PsaL and PsaO. Short distances between these newly identified chlorophylls correspond with fast excitation transfer rates previously reported during state II transition. The apparent PSI conformations could be a coping mechanism for the high salinity.
履歴
登録2020年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10995
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
2: Lhca2
3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
4: Lhca4
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: PsaD
E: PsaE
F: PsaF
J: Photosystem I reaction center subunit IX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)466,244205
ポリマ－307,63711
非ポリマー158,607194
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area278180 Å2
ΔGint-2264 kcal/mol
Surface area98210 Å2
手法PISA

-
要素

-
Chlorophyll a-b binding protein, ... , 2種, 2分子 13

#1: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 21305.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: C1K003
#3: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 22732.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: C1K004

-
タンパク質 , 5種, 5分子 24DEF

#2: タンパク質 Lhca2


分子量: 22813.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#4: タンパク質 Lhca4


分子量: 23131.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#8: タンパク質 PsaD


分子量: 15883.294 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#9: タンパク質 PsaE


分子量: 7297.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#10: タンパク質 PsaF


分子量: 18212.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)

-
Photosystem I ... , 4種, 4分子 ABCJ

#5: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-A / PsaA


分子量: 81748.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FXV2, photosystem I
#6: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB


分子量: 81327.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FXZ0, photosystem I
#7: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8717.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FXW7, photosystem I
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 4467.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FXW0

-
糖 , 1種, 1分子

#23: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 11種, 193分子

#12: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#13: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#14: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#15: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#16: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#17: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#18: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#19: 化合物 ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸


分子量: 704.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P
#20: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#21: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#22: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Large dunaliella salina photosystem I-LHC supercomplex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 2.5 sec blotting before plunging

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影電子線照射量: 42.68 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4306

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18rc4_3812精密化
PHENIX1.18rc4_3812精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.0.7粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7PHENIXモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION3.0.7初期オイラー角割当
11RELION3.0.7最終オイラー角割当
12RELION3.0.7分類
13RELION3.0.7３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 720711
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45969 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 43.33 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.021333794
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d2.840247988
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.27164080
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.02468870
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d30.378513648

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る