+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yuf | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cohesin complex with loader gripping DNA | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Chromosome segregation Sister chromatid cohesion SMC complexes Cohesin ABC-ATPase Mis4-Scc2-NIPBL | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pericentric heterochromatin => GO:0005721 / meiotic cohesin complex => GO:0030893 / mitotic cohesin dsDNA (leading strand) loading / positive regulation of mitotic cohesin loading / Cohesin Loading onto Chromatin / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / mitotic cohesin ssDNA (lagging strand) loading / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / mitotic cohesin complex => GO:0030892 / : ...pericentric heterochromatin => GO:0005721 / meiotic cohesin complex => GO:0030893 / mitotic cohesin dsDNA (leading strand) loading / positive regulation of mitotic cohesin loading / Cohesin Loading onto Chromatin / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / mitotic cohesin ssDNA (lagging strand) loading / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / mitotic cohesin complex => GO:0030892 / : / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / nucleus leading edge / SMC loading complex / mitotic telomere tethering at nuclear periphery / Scc2-Scc4 cohesin loading complex / mitotic cohesin loading / cohesin loader activity / heterochromatin island / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / cohesin complex / mitotic cohesin complex / chromosome, subtelomeric region / establishment of protein localization to chromatin / rDNA heterochromatin / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / condensed chromosome, centromeric region / sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / nuclear chromosome / mitotic sister chromatid segregation / pericentric heterochromatin / enzyme regulator activity / chromosome / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / single-stranded DNA binding / cell division / chromatin binding / DNA damage response / chromatin / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.94 Å | |||||||||
データ登録者 | Higashi, T.L. / Eickhoff, P. / Sousa, J.S. / Costa, A. / Uhlmann, F. | |||||||||
資金援助 | 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020 タイトル: A Structure-Based Mechanism for DNA Entry into the Cohesin Ring. 著者: Torahiko L Higashi / Patrik Eickhoff / Joana S Sousa / Julia Locke / Andrea Nans / Helen R Flynn / Ambrosius P Snijders / George Papageorgiou / Nicola O'Reilly / Zhuo A Chen / Francis J ...著者: Torahiko L Higashi / Patrik Eickhoff / Joana S Sousa / Julia Locke / Andrea Nans / Helen R Flynn / Ambrosius P Snijders / George Papageorgiou / Nicola O'Reilly / Zhuo A Chen / Francis J O'Reilly / Juri Rappsilber / Alessandro Costa / Frank Uhlmann / 要旨: Despite key roles in sister chromatid cohesion and chromosome organization, the mechanism by which cohesin rings are loaded onto DNA is still unknown. Here we combine biochemical approaches and ...Despite key roles in sister chromatid cohesion and chromosome organization, the mechanism by which cohesin rings are loaded onto DNA is still unknown. Here we combine biochemical approaches and cryoelectron microscopy (cryo-EM) to visualize a cohesin loading intermediate in which DNA is locked between two gates that lead into the cohesin ring. Building on this structural framework, we design experiments to establish the order of events during cohesin loading. In an initial step, DNA traverses an N-terminal kleisin gate that is first opened upon ATP binding and then closed as the cohesin loader locks the DNA against the ATPase gate. ATP hydrolysis will lead to ATPase gate opening to complete DNA entry. Whether DNA loading is successful or results in loop extrusion might be dictated by a conserved kleisin N-terminal tail that guides the DNA through the kleisin gate. Our results establish the molecular basis for cohesin loading onto DNA. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yuf.cif.gz | 498.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6yuf.ent.gz | 365.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6yuf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6yuf_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6yuf_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6yuf_validation.xml.gz | 79.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6yuf_validation.cif.gz | 116.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/6yuf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/6yuf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 BD
#1: タンパク質 | 分子量: 67913.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 遺伝子: rad21, SPCC338.17c / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30776 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 180924.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 遺伝子: mis4, SPAC31A2.05c / 発現宿主: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q09725 |
-Structural maintenance of chromosomes protein ... , 2種, 2分子 AC
#3: タンパク質 | 分子量: 140728.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 遺伝子: psm1, smc1, SPBC29A10.04 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O94383 |
---|---|
#4: タンパク質 | 分子量: 137048.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 遺伝子: psm3, smc3, SPAC10F6.09c / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O42649 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 XY
#5: DNA鎖 | 分子量: 9852.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
---|---|
#6: DNA鎖 | 分子量: 9829.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 2種, 4分子
#7: 化合物 | #8: 化合物 | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 33.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 883184 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 255148 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|