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万見
- PDB-6yai: Clathrin with bound beta2 appendage of AP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yai
タイトルClathrin with bound beta2 appendage of AP2
要素
  • (Clathrin heavy chain) x 2
  • AP-2 complex subunit beta
  • Clathrin light chain
キーワードENDOCYTOSIS / clathrin / clathrin adaptor / ap2 / clathrin assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


Lysosome Vesicle Biogenesis / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / clathrin light chain binding / clathrin complex ...Lysosome Vesicle Biogenesis / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / clathrin light chain binding / clathrin complex / Nef Mediated CD8 Down-regulation / clathrin adaptor complex / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / clathrin coat of coated pit / AP-2 adaptor complex / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / LDL clearance / clathrin coat assembly / Retrograde neurotrophin signalling / clathrin-coated endocytic vesicle / clathrin-dependent endocytosis / coronary vasculature development / endolysosome membrane / signal sequence binding / Nef Mediated CD4 Down-regulation / aorta development / clathrin-coated vesicle / ventricular septum development / ciliary membrane / clathrin binding / Recycling pathway of L1 / synaptic vesicle endocytosis / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / vesicle-mediated transport / MHC class II antigen presentation / VLDLR internalisation and degradation / receptor-mediated endocytosis / kidney development / intracellular protein transport / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / trans-Golgi network / cytoplasmic side of plasma membrane / spindle / disordered domain specific binding / endocytic vesicle membrane / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / presynapse / mitotic cell cycle / postsynapse / Potential therapeutics for SARS / glutamatergic synapse / nucleolus / structural molecule activity / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Clathrin light chain / Clathrin light chain signature 1. / Clathrin light chain signature 2. / Clathrin light chain / Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / Clathrin propeller repeat / Clathrin, heavy-chain linker ...Clathrin light chain / Clathrin light chain signature 1. / Clathrin light chain signature 2. / Clathrin light chain / Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / Clathrin propeller repeat / Clathrin, heavy-chain linker / Clathrin-H-link / Region in Clathrin and VPS / Clathrin heavy chain repeat homology / Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat / Clathrin heavy-chain (CHCR) repeat profile. / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / AP-1/2/4 complex subunit beta / Ribosome biogenesis protein Nop16 / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / Ribosome biogenesis protein Nop16 / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP complex subunit beta / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / TBP domain superfamily / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Clathrin light chain / Clathrin heavy chain / Nucleolar protein 16 / Clathrin heavy chain / AP-2 complex subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.2 Å
データ登録者Kovtun, O. / Kane Dickson, V. / Kelly, B.T. / Owen, D. / Briggs, J.A.G.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust207455/Z/17/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/16 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Architecture of the AP2/clathrin coat on the membranes of clathrin-coated vesicles.
著者: Oleksiy Kovtun / Veronica Kane Dickson / Bernard T Kelly / David J Owen / John A G Briggs /
要旨: Clathrin-mediated endocytosis (CME) is crucial for modulating the protein composition of a cell's plasma membrane. Clathrin forms a cage-like, polyhedral outer scaffold around a vesicle, to which ...Clathrin-mediated endocytosis (CME) is crucial for modulating the protein composition of a cell's plasma membrane. Clathrin forms a cage-like, polyhedral outer scaffold around a vesicle, to which cargo-selecting clathrin adaptors are attached. Adaptor protein complex (AP2) is the key adaptor in CME. Crystallography has shown AP2 to adopt a range of conformations. Here, we used cryo-electron microscopy, tomography, and subtomogram averaging to determine structures, interactions, and arrangements of clathrin and AP2 at the key steps of coat assembly, from AP2 in solution to membrane-assembled clathrin-coated vesicles (CCVs). AP2 binds cargo and PtdIns(4,5) (phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate)-containing membranes via multiple interfaces, undergoing conformational rearrangement from its cytosolic state. The binding mode of AP2 β2 appendage into the clathrin lattice in CCVs and buds implies how the adaptor structurally modulates coat curvature and coat disassembly.
履歴
登録2020年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10754
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10754
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Clathrin heavy chain
F: AP-2 complex subunit beta
C: Clathrin heavy chain
M: Clathrin heavy chain
A: Clathrin heavy chain
B: Clathrin heavy chain
D: Clathrin light chain
O: Clathrin light chain
J: Clathrin heavy chain
K: Clathrin heavy chain
L: Clathrin heavy chain
H: Clathrin heavy chain
I: Clathrin light chain
N: Clathrin light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,811,58214
ポリマ－1,811,58214
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, liposome pull-down assay was used to confirm the assembly.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area20400 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area228130 Å2
手法PISA

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要素

#1: 抗体
Clathrin heavy chain


分子量: 187145.125 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: C0MHR2, UniProt: I3LGD4*PLUS
#2: タンパク質 AP-2 complex subunit beta / AP105B / Adaptor protein complex AP-2 subunit beta / Adaptor-related protein complex 2 subunit beta ...AP105B / Adaptor protein complex AP-2 subunit beta / Adaptor-related protein complex 2 subunit beta / Beta-2-adaptin / Beta-adaptin / Clathrin assembly protein complex 2 beta large chain / Plasma membrane adaptor HA2/AP2 adaptin beta subunit


分子量: 26429.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AP2B1, ADTB2, CLAPB1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P63010
#3: 抗体 Clathrin heavy chain


分子量: 187117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: C0MHR2, UniProt: I3LGD4*PLUS
#4: タンパク質
Clathrin light chain


分子量: 25218.500 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S398, UniProt: A0A480JRB0*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Clathrin/AP2 coat assembled on membrane.COMPLEXClathrin/AP coat was formed on the membrane containing cargo signal peptides. The AP2 adaptor lacked hinge and appendage regions in its alpha subunit.all0MULTIPLE SOURCES
2ClathrinCOMPLEXClathrin in the clathrin/AP2 coat formed on the membrane#1, #3-#41NATURAL
3beta2 appendage of AP2 adaptorCOMPLEXbeta2 appendage of the AP2 bound to clathrin to clathrin/AP2 coat formed on the membrane#21RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID単位実験値
11MEGADALTONSNO
21MEGADALTONSNO
31MEGADALTONSNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID器官
12Sus scrofa (ブタ)9823brain
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
緩衝液pH: 7.2
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
110 mMHepes KOH1
2120 mMPotassium Acetate1
32 mMMagnesium chloride1
45 mM2-Mercaptoethanol1
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The sample (in vitro budding reaction) contained AP2, clathrin and 400 nm extruded liposomes
試料支持グリッドのタイプ: C-flat-2/2
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 98 % / 凍結前の試料温度: 291 K
詳細: The sample was supplemented with 10 nm nanogold fiducials, and 3 ul of the mixture was backside blotted for 3 seconds.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 倍率（補正後）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 6500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 6500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 3.2 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2
詳細: The images were collected in movie mode at 10 frames per second
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 10 / 利用したフレーム数/画像: 1-10

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1TOMvolume selection
2SerialEM3.6画像取得
4NOVACTF1CTF補正
7MDFF1.7モデルフィッティング
10TOM最終オイラー角割当
11AV3最終オイラー角割当
12PEET分類
13Dynamo分類
14TOM３次元再構成
15AV3３次元再構成
16PHENIXモデル精密化
画像処理詳細: The images were low pass filtered according to the cumulative radiation dose.
CTF補正詳細: CTF correction in novaCTF with by multiplication / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 9.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12076 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selection手法: geometrically defined initial positions
詳細: To define initial positions of subtomograms, centres and radii of coated vesicles, buds were manually marked in bin4 tomograms. These measurements were used to define spheres. Subtomogram ...詳細: To define initial positions of subtomograms, centres and radii of coated vesicles, buds were manually marked in bin4 tomograms. These measurements were used to define spheres. Subtomogram positions were then defined on the surface of these spheres with uniform sampling. The orientations were calculated to be normal to the surfaces of the spheres with random in-plane rotation.
Num. of tomograms: 58121 / Num. of volumes extracted: 198871 / Reference model: reference-free
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
11XI4

1xi4

1XI41
26SCT

6sct

6SCT2
31.0E+42A1.0E+423

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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