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- EMDB-10753: Pentagon bounding clathrin legs in clathrin coats assembled on a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10753
タイトルPentagon bounding clathrin legs in clathrin coats assembled on a membrane
マップデータPentagon bounding clathrin leg
試料
  • 複合体: Clathrin/AP2 coat assembled on membrane.
    • 複合体: Natural Sus scrofa component
    • 複合体: Recombinant Homo sapiens component
機能・相同性
機能・相同性情報


Lysosome Vesicle Biogenesis / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / Nef Mediated CD8 Down-regulation / clathrin light chain binding ...Lysosome Vesicle Biogenesis / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / Nef Mediated CD8 Down-regulation / clathrin light chain binding / clathrin complex / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / clathrin adaptor complex / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / clathrin coat of coated pit / AP-2 adaptor complex / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / clathrin coat assembly / Retrograde neurotrophin signalling / clathrin-coated endocytic vesicle / LDL clearance / clathrin-dependent endocytosis / signal sequence binding / coronary vasculature development / Nef Mediated CD4 Down-regulation / endolysosome membrane / clathrin-coated vesicle / aorta development / ventricular septum development / ciliary membrane / clathrin binding / Recycling pathway of L1 / synaptic vesicle endocytosis / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / vesicle-mediated transport / MHC class II antigen presentation / receptor-mediated endocytosis / VLDLR internalisation and degradation / ribosomal large subunit biogenesis / kidney development / intracellular protein transport / trans-Golgi network / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / spindle / cytoplasmic side of plasma membrane / disordered domain specific binding / endocytic vesicle membrane / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / mitotic cell cycle / presynapse / Clathrin-mediated endocytosis / Potential therapeutics for SARS / postsynapse / nucleolus / glutamatergic synapse / structural molecule activity / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Clathrin light chain / Clathrin light chain signature 1. / Clathrin light chain signature 2. / Clathrin light chain / Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / : / Region in Clathrin and VPS ...Clathrin light chain / Clathrin light chain signature 1. / Clathrin light chain signature 2. / Clathrin light chain / Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / : / Region in Clathrin and VPS / Clathrin propeller repeat / Clathrin, heavy-chain linker / Clathrin-H-link / Clathrin heavy chain repeat homology / Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat / Clathrin heavy-chain (CHCR) repeat profile. / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Ribosome biogenesis protein Nop16 / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / Ribosome biogenesis protein Nop16 / AP-1/2/4 complex subunit beta / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP complex subunit beta / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / TBP domain superfamily / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Clathrin light chain / Clathrin heavy chain / Nucleolar protein 16 / Clathrin heavy chain / AP-2 complex subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ) / Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.7 Å
データ登録者Kovtun O / Kane Dickson V / Kelly BT / Owen D / Briggs JAG
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust207455/Z/17/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/16 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Architecture of the AP2/clathrin coat on the membranes of clathrin-coated vesicles.
著者: Oleksiy Kovtun / Veronica Kane Dickson / Bernard T Kelly / David J Owen / John A G Briggs /
要旨: Clathrin-mediated endocytosis (CME) is crucial for modulating the protein composition of a cell's plasma membrane. Clathrin forms a cage-like, polyhedral outer scaffold around a vesicle, to which ...Clathrin-mediated endocytosis (CME) is crucial for modulating the protein composition of a cell's plasma membrane. Clathrin forms a cage-like, polyhedral outer scaffold around a vesicle, to which cargo-selecting clathrin adaptors are attached. Adaptor protein complex (AP2) is the key adaptor in CME. Crystallography has shown AP2 to adopt a range of conformations. Here, we used cryo-electron microscopy, tomography, and subtomogram averaging to determine structures, interactions, and arrangements of clathrin and AP2 at the key steps of coat assembly, from AP2 in solution to membrane-assembled clathrin-coated vesicles (CCVs). AP2 binds cargo and PtdIns(4,5) (phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate)-containing membranes via multiple interfaces, undergoing conformational rearrangement from its cytosolic state. The binding mode of AP2 β2 appendage into the clathrin lattice in CCVs and buds implies how the adaptor structurally modulates coat curvature and coat disassembly.
履歴
登録2020年3月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月29日-
マップ公開2020年7月29日-
更新2021年4月14日-
現状2021年4月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10753.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10753.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Pentagon bounding clathrin leg
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.78 Å/pix.
x 160 pix.
= 284.8 Å		1.78 Å/pix.
x 160 pix.
= 284.8 Å		1.78 Å/pix.
x 160 pix.
= 284.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.78 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-2.5666678 - 4.6766224
平均 (標準偏差)0.0010469395 (±0.30047828)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 284.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.781.781.78
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z284.800284.800284.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-2.5674.6770.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10753_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_10753_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_10753_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Clathrin/AP2 coat assembled on membrane.

全体名称: Clathrin/AP2 coat assembled on membrane.
要素
  • 複合体: Clathrin/AP2 coat assembled on membrane.
    • 複合体: Natural Sus scrofa component
    • 複合体: Recombinant Homo sapiens component

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超分子 #1: Clathrin/AP2 coat assembled on membrane.

超分子名称: Clathrin/AP2 coat assembled on membrane. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Clathrin/AP coat was formed on the membrane containing cargo signal peptides. The AP2 adaptor lacked hinge and appendage regions in its alpha subunit.

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超分子 #2: Natural Sus scrofa component

超分子名称: Natural Sus scrofa component / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

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超分子 #3: Recombinant Homo sapiens component

超分子名称: Recombinant Homo sapiens component / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度名称
10.0 mMHepes KOH
120.0 mMPotassium Acetate
2.0 mMMagnesium chloride
5.0 mM2-Mercaptoethanol
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: The sample was supplemented with 10 nm nanogold fiducials, and 3 ul of the mixture was backside blotted for 3 seconds..
詳細The sample (in vitro budding reaction) contained AP2, clathrin and 400 nm extruded liposomes

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-10 / 撮影したグリッド数: 2 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 3.2 e/Å2
詳細: The images were collected in movie mode at 10 frames per second
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 6.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 倍率（補正後）: 81000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The images were low pass filtered according to the cumulative radiation dose.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: TOM, AV3) / 使用したサブトモグラム数: 24759
抽出トモグラム数: 58121 / 使用した粒子像数: 198871 / 参照モデル: reference-free / 手法: geometrically defined initial positions / ソフトウェア - 名称: TOM
詳細: To define initial positions of subtomograms, centres and radii of coated vesicles, buds were manually marked in bin4 tomograms. These measurements were used to define spheres. Subtomogram ...詳細: To define initial positions of subtomograms, centres and radii of coated vesicles, buds were manually marked in bin4 tomograms. These measurements were used to define spheres. Subtomogram positions were then defined on the surface of these spheres with uniform sampling. The orientations were calculated to be normal to the surfaces of the spheres with random in-plane rotation.
CTF補正ソフトウェア - 名称: NOVACTF (ver. 1.0) / 詳細: CTF correction in novaCTF with by multiplication
最終 3次元分類ソフトウェア: (名称: PEET, Dynamo)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア: (名称: TOM, AV3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1xi4


6sct


1e42

chain_id: A
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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