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- PDB-6xyw: Structure of the plant mitochondrial ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xyw
タイトルStructure of the plant mitochondrial ribosome
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 3
  • (40S ribosomal protein ...) x 3
  • (50S ribosomal protein ...) x 8
  • (60S ribosomal protein ...) x 3
  • (Mitochondrial ...) x 2
  • (Pentatricopeptide repeat-containing protein ...) x 3
  • (Ribosomal protein ...) x 11
  • (Uncharacterized ...) x 2
  • (rPPR*) x 4
  • 28S ribosomal S34 protein
  • 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase-like protein 2, mitochondrial
  • 37S ribosomal protein S27
  • 39S ribosomal protein
  • AT1G52370 protein
  • AT3G18240 protein
  • AT4g31460/F3L17_30
  • AT5g49210/K21P3_8
  • Adenylyl cyclase
  • At1g01640
  • At1g07830/F24B9_7
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  • At1g15810/F7H2_23
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  • At4g22000
  • At4g35490
  • At4g39880
  • At5g09770
  • At5g26800
  • At5g27820
  • At5g40080
  • At5g55140
  • CX9C domain-containing protein
  • Expressed protein
  • F10K1.8 protein
  • Gb|AAC32909.1
  • Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein
  • Probable ribosomal protein S11, mitochondrial
  • Putative ribosomal protein L6
  • RNA (118-MER)
  • RNA (1743-MER)
  • RNA (2842-MER)
  • Ribosomal protein
  • Small ribosomal subunit protein S13, mitochondrial
  • Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 family protein
  • UNK-1
  • UNK-2
  • UNK-3
  • UNK-4
  • UNK-5
  • UNK-6
  • mS31/mS46
  • mS38
キーワードRIBOSOME / Mitochondria / Plant
機能・相同性
機能・相同性情報


embryo sac central cell differentiation / endosperm cellularization / gametophyte development / pollen tube development / polar nucleus fusion / endosperm development / regulation of starch biosynthetic process / pollen germination / double fertilization forming a zygote and endosperm / embryo sac development ...embryo sac central cell differentiation / endosperm cellularization / gametophyte development / pollen tube development / polar nucleus fusion / endosperm development / regulation of starch biosynthetic process / pollen germination / double fertilization forming a zygote and endosperm / embryo sac development / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / karyogamy / pollen development / nucleus localization / regulation of programmed cell death / embryo development ending in seed dormancy / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / cell communication / vacuole organization / plant-type vacuole / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial membrane organization / mitochondrial translation / plastid / translation elongation factor activity / aminopeptidase activity / cytosolic ribosome / response to cold / chloroplast / trans-Golgi network / ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / regulation of gene expression / cytosolic large ribosomal subunit / transcription cis-regulatory region binding / rRNA binding / endosome / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / translation / copper ion binding / mRNA binding / Golgi apparatus / mitochondrion / RNA binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial ribosomal protein S7, plants / Ribosomal protein S3, mitochondrial, plant / : / : / IMS import disulfide relay-system, CHCH-CHCH-like Cx9C / CHCH-CHCH-like Cx9C, IMS import disulfide relay-system, / : / : / 30S ribosomal protein S31, plant / Ribosomal protein S31e ...Mitochondrial ribosomal protein S7, plants / Ribosomal protein S3, mitochondrial, plant / : / : / IMS import disulfide relay-system, CHCH-CHCH-like Cx9C / CHCH-CHCH-like Cx9C, IMS import disulfide relay-system, / : / : / 30S ribosomal protein S31, plant / Ribosomal protein S31e / : / PPR repeat / Mitochondrial ribosomal protein L31 / Ribosomal protein MRP10, mitochondrial / Eukaryotic mitochondrial regulator protein / IGR protein motif / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, HIBYL-CoA-H type / Enoyl-CoA hydratase/isomerase domain / PPR repeat family / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / IGR protein motif / IGR / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / : / Pentatricopeptide repeat domain / 39S ribosomal protein L40, mitochondrial / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Ribosomal protein L53, mitochondrial / 39S ribosomal protein L53/MRP-L53 / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Pentatricopeptide repeat / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L27 / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / : / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L6, bacterial-type / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein mL43 / Ribosomal protein S21 family protein / Large ribosomal subunit protein mL101 (rPPR4) / At1g24240/F3I6_17 / At4g22000 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein mL43 / Ribosomal protein S21 family protein / Large ribosomal subunit protein mL101 (rPPR4) / At1g24240/F3I6_17 / At4g22000 / Small ribosomal subunit protein mS80 (rPPR6) / Small ribosomal subunit protein uS19m / Large ribosomal subunit protein uL5m / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein uS12m / Small ribosomal subunit protein uS7m / Large ribosomal subunit protein uL2mz, N-terminal part / Ribosomal protein L31 / IMS import disulfide relay-system CHCH-CHCH-like Cx9C domain-containing protein / Adenylyl cyclase / Small ribosomal subunit protein uS4m / Large ribosomal subunit protein uL22m / At1g64880 / At5g26800 / At1g01640 / Small ribosomal subunit protein mS33 / Small ribosomal subunit protein uS9m / At1g14620/T5E21_15 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Large ribosomal subunit protein bL21m / Ribosomal protein L35 / 50S ribosomal protein L20 / At5g09770 / At5g27820 / Small ribosomal subunit protein mS47 / Large ribosomal subunit protein uL4m / Small ribosomal subunit protein uS11m / Large ribosomal subunit protein uL2my, C-terminal part / Ribosomal protein / Small ribosomal subunit protein mS29 / Large ribosomal subunit protein uL14mz / Large ribosomal subunit protein mL53 / Large ribosomal subunit protein bL32m / AT5g49210/K21P3_8 / Uncharacterized protein At1g27435/F17L21.30 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Large ribosomal subunit protein uL16m / Small ribosomal subunit protein uS3m / At1g73940/F2P9_19 / Small ribosomal subunit protein uS13m / 28S ribosomal S34 protein / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain-containing protein / Ribosomal protein L18e/L15 superfamily protein / Small ribosomal subunit protein mL104 (rPPR9) / Small ribosomal subunit protein uS2m / 50S ribosomal protein L10 / AT3g18240 / Small ribosomal subunit protein bS18c / Small ribosomal subunit protein uS15c / Large ribosomal subunit protein uL3m / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 family protein / 50S ribosomal protein L24 / Small ribosomal subunit protein bS16m/bS16c / At5g40080 / Small ribosomal subunit protein mS75 / Large ribosomal subunit protein bL9c / Small ribosomal subunit protein uS8my / At4g05400 / At3g51010 / Small ribosomal subunit protein bTHXm / Large ribosomal subunit protein uL23m / Small ribosomal subunit protein uS14m / 50S ribosomal protein L33, chloroplastic / AT4g31460/F3L17_30 / Large ribosomal subunit protein uL11m / Small ribosomal subunit protein uS17c / Putative ribosomal protein L6 / 50S ribosomal protein L27
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.86 Å
データ登録者Soufari, H. / Waltz, F. / Bochler, A. / Giege, P. / Hashem, Y.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyMITRA, ANR-16-CE11-0024-02 フランス
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of the RNA-rich plant mitochondrial ribosome.
著者: Florent Waltz / Heddy Soufari / Anthony Bochler / Philippe Giegé / Yaser Hashem /
要旨: The vast majority of eukaryotic cells contain mitochondria, essential powerhouses and metabolic hubs. These organelles have a bacterial origin and were acquired during an early endosymbiosis event. ...The vast majority of eukaryotic cells contain mitochondria, essential powerhouses and metabolic hubs. These organelles have a bacterial origin and were acquired during an early endosymbiosis event. Mitochondria possess specialized gene expression systems composed of various molecular machines, including the mitochondrial ribosomes (mitoribosomes). Mitoribosomes are in charge of translating the few essential mRNAs still encoded by mitochondrial genomes. While chloroplast ribosomes strongly resemble those of bacteria, mitoribosomes have diverged significantly during evolution and present strikingly different structures across eukaryotic species. In contrast to animals and trypanosomatids, plant mitoribosomes have unusually expanded ribosomal RNAs and have conserved the short 5S rRNA, which is usually missing in mitoribosomes. We have previously characterized the composition of the plant mitoribosome, revealing a dozen plant-specific proteins in addition to the common conserved mitoribosomal proteins. In spite of the tremendous recent advances in the field, plant mitoribosomes remained elusive to high-resolution structural investigations and the plant-specific ribosomal features of unknown structures. Here, we present a cryo-electron microscopy study of the plant 78S mitoribosome from cauliflower at near-atomic resolution. We show that most of the plant-specific ribosomal proteins are pentatricopeptide repeat proteins (PPRs) that deeply interact with the plant-specific rRNA expansion segments. These additional rRNA segments and proteins reshape the overall structure of the plant mitochondrial ribosome, and we discuss their involvement in the membrane association and mRNA recruitment prior to translation initiation. Finally, our structure unveils an rRNA-constructive phase of mitoribosome evolution across eukaryotes.
履歴
登録2020年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10654
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
Aa: 60S ribosomal protein L2, mitochondrial
Ab: Expressed protein
Ac: 50S ribosomal protein L3-2, mitochondrial
AD: Ribosomal protein L35
Ad: 50S ribosomal protein L4
Ae: 60S ribosomal protein L5, mitochondrial
Af: Putative ribosomal protein L6
Ag: Ribosomal protein L9/RNase H1
Ai: At4g35490
Aj: At1g01640
Ak: 50S ribosomal protein HLP, mitochondrial
Al: Ribosomal protein L18e/L15 superfamily protein
Am: 60S ribosomal protein L16, mitochondrial
An: At5g09770
Ao: At5g27820
Ap: At1g24240/F3I6_17
Aq: 50S ribosomal protein L20
Ar: 50S ribosomal protein L21, mitochondrial
As: AT1G52370 protein
At: At4g39880
Au: 50S ribosomal protein L24
Av: Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain-containing protein
Aw: 50S ribosomal protein L27
Ax: AT4g31460/F3L17_30
Ay: At1g07830/F24B9_7
AA: Ribosomal protein L31
AB: At1g26740/T24P13_11
AC: At3g06320
AE: Ribosomal protein
AF: At4g05400
AG: At5g40080
AH: Mitochondrial ribosomal protein L51/S25/CI-B8 family protein
AI: At1g14620/T5E21_15
AJ: 39S ribosomal protein
AK: At4g22000
AL: Uncharacterized protein At1g27435/F17L21.30
AM: At1g73940/F2P9_19
AN: At3g51010
AO: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g60770
AP: rPPR*
AQ: Pentatricopeptide repeat-containing protein PNM1, mitochondrial
AR: UNK-6
1: RNA (2842-MER)
3: RNA (118-MER)
Bb: Ribosomal protein S3, mitochondrial
Bf: Ribosomal protein S7, mitochondrial
Bh: 30S ribosomal protein S9, mitochondrial
Bi: 40S ribosomal protein S10, mitochondrial
Bl: Small ribosomal subunit protein S13, mitochondrial
Bm: At2g34520
Br: 40S ribosomal protein S19, mitochondrial
Bw: Mitochondrial 28S ribosomal protein S29-like protein
Bx: 37S ribosomal protein S27
Bz: AT3G18240 protein
BA: CX9C domain-containing protein
Bt: 30S ribosomal protein S31, mitochondrial
BG: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g02650, mitochondrial
BP: UNK-5
BF: mS31/mS46
Ba: Ribosomal protein S2, mitochondrial
Bc: Ribosomal protein S4, mitochondrial
Bd: At1g64880
Be: Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 family protein
Bg: 40S ribosomal protein S15a-5
Bj: Probable ribosomal protein S11, mitochondrial
Bn: At1g15810/F7H2_23
Bo: 30S ribosomal protein S16-2, chloroplastic/mitochondrial
Bp: Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein
Bq: F10K1.8 protein
Bs: Ribosomal protein S21 family protein
Bu: Uncharacterized protein
Bv: AT5g49210/K21P3_8
By: 28S ribosomal S34 protein
BB: mS38
BC: At5g26800
BD: Gb|AAC32909.1
BE: 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase-like protein 2, mitochondrial
BI: rPPR*
BJ: rPPR*
BH: Adenylyl cyclase
BN: UNK-3
BM: UNK-2
BO: UNK-4
BL: UNK-1
2: RNA (1743-MER)
Az: At5g55140
Ah: 50S ribosomal protein L10
BK: rPPR*
Bk: Ribosomal protein S12, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,559,85089
ポリマ－3,559,85089
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
60S ribosomal protein ... , 3種, 3分子 AaAeAm

#1: タンパク質 60S ribosomal protein L2, mitochondrial


分子量: 37982.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P93311
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L5, mitochondrial


分子量: 21258.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P42793
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L16, mitochondrial


分子量: 20132.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q95747

+
タンパク質 , 49種, 49分子 AbAfAiAjAnAoApAsAtAxAyABACAEAFAGAIAJAKAMANAPBlBmBxBzBABPBFBd...

#2: タンパク質 Expressed protein / Ribosomal protein L2 family


分子量: 22884.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8VZU4
#7: タンパク質 Putative ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6 family protein


分子量: 11612.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9ZPX2
#9: タンパク質 At4g35490 / Mitochondrial ribosomal protein L11 / Ribosomal protein L11 homolog / Ribosomal protein L11-like protein


分子量: 16910.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SVW7
#10: タンパク質 At1g01640 / Ribosomal protein L13 family protein


分子量: 23428.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q7XA68
#14: タンパク質 At5g09770 / Ribosomal protein L17 family protein / Ribsomal protein-like


分子量: 18482.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8LD39
#15: タンパク質 At5g27820 / Ribosomal L18p/L5e family protein


分子量: 12762.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8LDK5
#16: タンパク質 At1g24240/F3I6_17 / F3I6.17 protein / Ribosomal protein L19 family protein


分子量: 25113.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O48691
#19: タンパク質 AT1G52370 protein / At1g52370 / Chloroplast 50S ribosomal protein L22 / Putative chloroplast 50S ribosomal protein L22 ...At1g52370 / Chloroplast 50S ribosomal protein L22 / Putative chloroplast 50S ribosomal protein L22 / Ribosomal protein L22p/L17e family protein


分子量: 30211.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q56W16
#20: タンパク質 At4g39880 / Ribosomal protein L23/L15e family protein


分子量: 19894.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SMR5
#24: タンパク質 AT4g31460/F3L17_30 / Ribosomal L28 family


分子量: 24112.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SV23
#25: タンパク質 At1g07830/F24B9_7 / Ribosomal protein L29 family protein


分子量: 16913.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q94JQ7
#27: タンパク質 At1g26740/T24P13_11 / Ribosomal L32p protein family


分子量: 14823.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q944L5
#28: タンパク質 At3g06320 / At5g18790 / Putative 50S ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 family protein / Ribosomal ...At5g18790 / Putative 50S ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 family protein / Ribosomal protein L33-like


分子量: 6975.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SQT5
#29: タンパク質 Ribosomal protein


分子量: 11452.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8W464
#30: タンパク質 At4g05400 / Copper ion binding protein


分子量: 27677.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9M0V5
#31: タンパク質 At5g40080 / Mitochondrial ribosomal protein L27


分子量: 10478.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LUJ9
#33: タンパク質 At1g14620/T5E21_15 / Decoy


分子量: 27178.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8L7U3
#34: タンパク質 39S ribosomal protein


分子量: 14456.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q940G3
#35: タンパク質 At4g22000 / Tyrosine sulfotransferase-like protein


分子量: 15492.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O65448
#37: タンパク質 At1g73940/F2P9_19 / Tumor necrosis factor receptor family protein


分子量: 17112.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9C9B5
#38: タンパク質 At3g51010 / Protein translocase subunit


分子量: 21574.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SD44
#40: タンパク質 rPPR*


分子量: 47569.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#49: タンパク質 Small ribosomal subunit protein S13, mitochondrial / mS13


分子量: 17311.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9CA19
#50: タンパク質 At2g34520 / Mitochondrial ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14


分子量: 18778.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SMX4
#53: タンパク質 37S ribosomal protein S27


分子量: 11558.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8GXH5
#54: タンパク質 AT3G18240 protein / AT3g18240 / Ribosomal protein S24/S35


分子量: 48125.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LJQ6
#55: タンパク質 CX9C domain-containing protein


分子量: 10532.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q1G3Z3
#58: タンパク質 UNK-5


分子量: 6486.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#59: タンパク質 mS31/mS46


分子量: 8760.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#62: タンパク質 At1g64880 / Ribosomal protein S5 family protein


分子量: 60341.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q6GKU7
#63: タンパク質 Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 family protein


分子量: 15991.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LSA1
#65: タンパク質 Probable ribosomal protein S11, mitochondrial / S11mt / Protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 3 / mitochondrial


分子量: 33977.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8VZT8
#66: タンパク質 At1g15810/F7H2_23 / F7H2.15 protein / S15/NS1 / RNA-binding protein


分子量: 47401.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LMQ3
#68: タンパク質 Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein / Putative 40S ribosomal protein S17 / Putative ribosomal protein


分子量: 12582.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9XIA6
#69: タンパク質 F10K1.8 protein / Ribosomal protein S18


分子量: 29657.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LML3
#72: タンパク質 AT5g49210/K21P3_8 / Stress response NST1-like protein


分子量: 23553.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q945P2
#73: タンパク質 28S ribosomal S34 protein


分子量: 15793.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FHC3
#74: タンパク質 mS38


分子量: 15934.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#75: タンパク質 At5g26800 / Xaa-pro aminopeptidase P


分子量: 12624.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q6IDB8
#76: タンパク質 Gb|AAC32909.1 / Ribosomal protein L20


分子量: 48396.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LVA9
#77: タンパク質 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase-like protein 2, mitochondrial


分子量: 45548.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8RXN4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#78: タンパク質 rPPR*


分子量: 18924.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#79: タンパク質 rPPR*


分子量: 24824.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#80: タンパク質 Adenylyl cyclase / At4g15640


分子量: 43971.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q1JPP0
#81: タンパク質 UNK-3


分子量: 4922.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#82: タンパク質 UNK-2


分子量: 5633.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#84: タンパク質 UNK-1


分子量: 4566.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#86: タンパク質 At5g55140 / Ribosomal protein L30 family protein


分子量: 12381.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8L908
#88: タンパク質 rPPR*


分子量: 22478.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

+
50S ribosomal protein ... , 8種, 8分子 AcAdAkAqArAuAwAh

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L3-2, mitochondrial


分子量: 35456.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LRN8
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / Ribosomal protein L4/L1 family


分子量: 33315.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8VY61
#11: タンパク質 50S ribosomal protein HLP, mitochondrial / Protein HUELLENLOS PARALOG


分子量: 18601.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q93Z17
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 14754.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8LCN1
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L21, mitochondrial / Protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 1


分子量: 30955.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8L9A0
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / At5g23535 / KOW domain-containing protein


分子量: 17531.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LT09
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / At2g16930 / Putative 50S ribosomal protein L27 / Ribosomal protein L27 family protein


分子量: 16709.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9ZVX0
#87: タンパク質 50S ribosomal protein L10 / 50S ribosomal protein L10 / putative / putative / 89815-90330 / At3g12370 / Ribosomal protein L10 ...50S ribosomal protein L10 / putative / putative / 89815-90330 / At3g12370 / Ribosomal protein L10 family protein


分子量: 19125.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LHH1

+
Ribosomal protein ... , 11種, 11分子 ADAgAlAvAABbBfBaBcBsBk

#4: タンパク質 Ribosomal protein L35


分子量: 20109.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8LAA7
#8: タンパク質 Ribosomal protein L9/RNase H1 / Similarity to ribosomal protein L9


分子量: 25398.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LVU5
#12: タンパク質 Ribosomal protein L18e/L15 superfamily protein


分子量: 31262.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FLF3
#22: タンパク質 Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain-containing protein


分子量: 27376.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FKZ4
#26: タンパク質 Ribosomal protein L31


分子量: 8972.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q1G3G5
#45: タンパク質 Ribosomal protein S3, mitochondrial


分子量: 64998.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q95749
#46: タンパク質 Ribosomal protein S7, mitochondrial


分子量: 17235.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P92557
#60: タンパク質 Ribosomal protein S2, mitochondrial


分子量: 24808.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9GCB9
#61: タンパク質 Ribosomal protein S4, mitochondrial


分子量: 43477.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q31708
#70: タンパク質 Ribosomal protein S21 family protein


分子量: 11673.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: F4JCI2
#89: タンパク質 Ribosomal protein S12, mitochondrial


分子量: 14283.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P92532

+
Mitochondrial ... , 2種, 2分子 AHBw

#32: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L51/S25/CI-B8 family protein


分子量: 16667.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: F4J9E4
#52: タンパク質 Mitochondrial 28S ribosomal protein S29-like protein


分子量: 53863.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8W4K2

+
Uncharacterized ... , 2種, 2分子 ALBu

#36: タンパク質 Uncharacterized protein At1g27435/F17L21.30


分子量: 8780.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q94F28
#71: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 22084.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: F4HPB7

+
Pentatricopeptide repeat-containing protein ... , 3種, 3分子 AOAQBG

#39: タンパク質 Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g60770


分子量: 55981.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O22714
#41: タンパク質 Pentatricopeptide repeat-containing protein PNM1, mitochondrial / PPR PROTEIN LOCALIZED TO THE NUCLEUS AND MITOCHONDRIA 1


分子量: 59234.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FME4
#57: タンパク質 Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g02650, mitochondrial


分子量: 63912.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P0C896

+
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 ARBO

#42: タンパク質・ペプチド UNK-6


分子量: 2079.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#83: タンパク質・ペプチド UNK-4


分子量: 2150.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

+
RNA鎖 , 3種, 3分子 132

#43: RNA鎖 RNA (2842-MER)


分子量: 918957.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#44: RNA鎖 RNA (118-MER)


分子量: 37992.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#85: RNA鎖 RNA (1743-MER)


分子量: 564635.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

+
30S ribosomal protein ... , 3種, 3分子 BhBtBo

#47: タンパク質 30S ribosomal protein S9, mitochondrial


分子量: 48058.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8L6Z4
#56: タンパク質 30S ribosomal protein S31, mitochondrial


分子量: 10978.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SJU8
#67: タンパク質 30S ribosomal protein S16-2, chloroplastic/mitochondrial


分子量: 15126.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LTS6

+
40S ribosomal protein ... , 3種, 3分子 BiBrBg

#48: タンパク質 40S ribosomal protein S10, mitochondrial


分子量: 27135.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P42797
#51: タンパク質 40S ribosomal protein S19, mitochondrial


分子量: 23675.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P39697
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S15a-5


分子量: 14941.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9M0E0

+
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The large mitoribosomal subunit of the Plant mitoribosome
タイプ: RIBOSOME
Entity ID: #1, #10-#19, #2, #20-#29, #3, #30-#39, #4, #40-#49, #5, #50-#59, #6, #60-#69, #7, #70-#79, #8, #80-#89, #9
由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 30 µm
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 3 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.0.7粒子像選択
4Gctf1.06CTF補正
7Coot0.9モデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION3.0.7初期オイラー角割当
11RELION3.0.7最終オイラー角割当
12RELION3.0.7分類
13RELION3.0.7３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 65280 / クラス平均像の数: 4 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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