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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xkt | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | R. capsulatus cyt bc1 with both FeS proteins in c position (CIII2 c-c) | |||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLOCASE/Oxidoreductase / cytochrome bc1 / membrane protein complex / ubiquinone:cytochrome c oxidoreductase / Complex III / OXIDOREDUCTASE / TRANSLOCASE-Oxidoreductase complex | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / : / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Rhodobacter capsulatus (バクテリア) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Steimle, S. / Van Eeuwen, T. / Ozturk, Y. / Kim, H.J. / Braitbard, M. / Selamoglu, N. / Garcia, B.A. / Schneidman-Duhovny, D. / Murakami, K. / Daldal, F. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, イスラエル, 8件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structures of engineered active bc-cbb type CIIICIV super-complexes and electronic communication between the complexes. 著者: Stefan Steimle / Trevor van Eeuwen / Yavuz Ozturk / Hee Jong Kim / Merav Braitbard / Nur Selamoglu / Benjamin A Garcia / Dina Schneidman-Duhovny / Kenji Murakami / Fevzi Daldal / 要旨: Respiratory electron transport complexes are organized as individual entities or combined as large supercomplexes (SC). Gram-negative bacteria deploy a mitochondrial-like cytochrome (cyt) bc (Complex ...Respiratory electron transport complexes are organized as individual entities or combined as large supercomplexes (SC). Gram-negative bacteria deploy a mitochondrial-like cytochrome (cyt) bc (Complex III, CIII), and may have specific cbb-type cyt c oxidases (Complex IV, CIV) instead of the canonical aa-type CIV. Electron transfer between these complexes is mediated by soluble (c) and membrane-anchored (c) cyts. Here, we report the structure of an engineered bc-cbb type SC (CIIICIV, 5.2 Å resolution) and three conformers of native CIII (3.3 Å resolution). The SC is active in vivo and in vitro, contains all catalytic subunits and cofactors, and two extra transmembrane helices attributed to cyt c and the assembly factor CcoH. The cyt c is integral to SC, its cyt domain is mobile and it conveys electrons to CIV differently than cyt c. The successful production of a native-like functional SC and determination of its structure illustrate the characteristics of membrane-confined and membrane-external respiratory electron transport pathways in Gram-negative bacteria. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xkt.cif.gz | 296.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xkt.ent.gz | 246.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xkt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xkt_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6xkt_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6xkt_validation.xml.gz | 62.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xkt_validation.cif.gz | 90 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/6xkt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/6xkt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 22224MC 6xi0C 6xkuC 6xkvC 6xkwC 6xkxC 6xkzC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10735 (タイトル: Cryo-EM structures of engineered active bc1-cbb3 type CIII2CIV super-complexes and electronic communication between the complexes Data size: 35.8 TB Data #1: tripartite SC - dataset 1 [micrographs - multiframe] Data #2: tripartite SC - dataset 2 [micrographs - multiframe] Data #3: tripartite SC - dataset 3 [micrographs - multiframe] Data #4: tripartite SC - dataset 4 [micrographs - multiframe] Data #5: tripartite SC - dataset 5 [micrographs - multiframe] Data #6: tripartite SC - dataset 6 [micrographs - multiframe] Data #7: tripartite SC - dataset 7 [micrographs - multiframe] Data #8: bipartite SC - dataset 1 [micrographs - single frame] Data #9: bipartite SC - dataset 2 [micrographs - multiframe] Data #10: bipartite SC - dataset 3 [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49386.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003) (バクテリア) 株: ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003 / 遺伝子: petB, cytB, RCAP_rcc02769 / プラスミド: pYO76 発現宿主: Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア) 株 (発現宿主): YO12 / 参照: UniProt: D5ANZ3 #2: タンパク質 | 分子量: 30352.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003) (バクテリア) 株: ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003 / 遺伝子: petC, RCAP_rcc02770 / プラスミド: pYO76 発現宿主: Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア) 株 (発現宿主): YO12 / 参照: UniProt: D5ANZ4 #3: タンパク質 | 分子量: 20465.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003) (バクテリア) 株: ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003 / 遺伝子: petA, fbcF, RCAP_rcc02768 / プラスミド: pYO76 発現宿主: Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア) 株 (発現宿主): YO12 / 参照: UniProt: D5ANZ2, quinol-cytochrome-c reductase #4: 化合物 | ChemComp-HEC / #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: homodimer of ubiquinol:cytochrome c reductase (complex III or cyt bc1 complex) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.25 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア) / 株: YO12 / プラスミド: pYO76 |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 733210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35069 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 71 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1ZRT |