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万見
- PDB-6xf8: DLP 5 fold -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xf8
タイトルDLP 5 fold
要素
  • Inner capsid protein lambda-1
  • Inner capsid protein sigma-2
  • Outer capsid protein mu-1
  • Outer capsid protein sigma-3
  • mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / orthoreovirus
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface binding / viral inner capsid / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / viral outer capsid / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / host cell endoplasmic reticulum / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / viral life cycle ...host cell surface binding / viral inner capsid / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / viral outer capsid / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / host cell endoplasmic reticulum / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / viral life cycle / viral capsid / mRNA guanylyltransferase activity / regulation of translation / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / GTP binding / host cell plasma membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Mu1 membrane penetration protein, domain I / Reovirus, outer capsid sigma 3 / Reovirus, outer capsid sigma-3 domain superfamily / Reovirus outer capsid protein, Sigma 3 / Outer capsid protein Mu1/VP4 / Mu1 membrane penetration protein, domain IV / Mu1 membrane penetration protein, domain II / Mu1/VP4 superfamily / Mu1 membrane penetration protein, domain III / Reovirus major virion structural protein Mu-1/Mu-1C (M2) ...Mu1 membrane penetration protein, domain I / Reovirus, outer capsid sigma 3 / Reovirus, outer capsid sigma-3 domain superfamily / Reovirus outer capsid protein, Sigma 3 / Outer capsid protein Mu1/VP4 / Mu1 membrane penetration protein, domain IV / Mu1 membrane penetration protein, domain II / Mu1/VP4 superfamily / Mu1 membrane penetration protein, domain III / Reovirus major virion structural protein Mu-1/Mu-1C (M2) / Sigma1/sigma2, reoviral / Reoviral Sigma1/Sigma2 family / : / : / : / : / : / : / : / : / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), 6th domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), 7th domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), ferredoxin-like domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), GTase domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), N-terminal / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), methyltransferase-1 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), methyltransferase-2 / : / Inner capsid protein lambda-1/VP3 / Reovirus core-spike lambda-2 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), C-terminal / Inner capsid protein lambda-1/ VP3 / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid protein sigma-3 / Outer capsid protein mu-1 / Inner capsid protein sigma-2 / Core-spike protein lambda-2 / Inner capsid protein lambda-1
類似検索 - 構成要素
生物種Reovirus type 1
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Sutton, G. / Sun, D.P. / Fu, X.F. / Kotecha, A. / Hecksel, G.W. / Clare, D.K. / Zhang, P. / Stuart, D. / Boyce, M.
資金援助 英国, 米国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
Wellcome Trust206422/Z/17/Z 英国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)GM082251 米国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Assembly intermediates of orthoreovirus captured in the cell.
著者: Geoff Sutton / Dapeng Sun / Xiaofeng Fu / Abhay Kotecha / Corey W Hecksel / Daniel K Clare / Peijun Zhang / David I Stuart / Mark Boyce /
要旨: Traditionally, molecular assembly pathways for viruses are inferred from high resolution structures of purified stable intermediates, low resolution images of cell sections and genetic approaches. ...Traditionally, molecular assembly pathways for viruses are inferred from high resolution structures of purified stable intermediates, low resolution images of cell sections and genetic approaches. Here, we directly visualise an unsuspected 'single shelled' intermediate for a mammalian orthoreovirus in cryo-preserved infected cells, by cryo-electron tomography of cellular lamellae. Particle classification and averaging yields structures to 5.6 Å resolution, sufficient to identify secondary structural elements and produce an atomic model of the intermediate, comprising 120 copies each of protein λ1 and σ2. This λ1 shell is 'collapsed' compared to the mature virions, with molecules pushed inwards at the icosahedral fivefolds by ~100 Å, reminiscent of the first assembly intermediate of certain prokaryotic dsRNA viruses. This supports the supposition that these viruses share a common ancestor, and suggests mechanisms for the assembly of viruses of the Reoviridae. Such methodology holds promise for dissecting the replication cycle of many viruses.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Assembly intermediates of orthoreovirus captured in the cell
著者: Sutton, G. / Sun, D.P. / Fu, X.F. / Kotecha, A. / Hecksel, G.W. / Clare, D.K. / Zhang, P. / Stuart, D. / Boyce, M.
履歴
登録2020年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22166
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22166
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
K: Outer capsid protein mu-1
I: Outer capsid protein sigma-3
H: Outer capsid protein sigma-3
G: Outer capsid protein sigma-3
F: Outer capsid protein mu-1
E: Inner capsid protein sigma-2
C: Inner capsid protein lambda-1
B: Inner capsid protein lambda-1
A: mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)689,8819
ポリマ－689,8819
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Outer capsid protein mu-1 / Mu1


分子量: 68568.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Reovirus type 1 (strain Lang) (ウイルス)
株: Lang / 参照: UniProt: P11077
#2: タンパク質 Outer capsid protein sigma-3 / Sigma3


分子量: 41237.117 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Reovirus type 1 (strain Lang) (ウイルス)
株: Lang / 参照: UniProt: P07939
#3: タンパク質 Inner capsid protein sigma-2 / Sigma2


分子量: 47024.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Reovirus type 1 (strain Lang) (ウイルス)
株: Lang / 参照: UniProt: P11314
#4: タンパク質 Inner capsid protein lambda-1 / Lambda1 / ATP-dependent DNA helicase lambda-1 / Lambda1(Hel)


分子量: 119020.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Reovirus type 1 (strain Lang) (ウイルス)
株: Lang / 参照: UniProt: Q9WAB2, RNA helicase
#5: タンパク質 mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase / mRNA guanylyltransferase


分子量: 143967.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Reovirus type 1 (strain Lang) (ウイルス)
株: Lang
参照: UniProt: Q91RA5, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, mRNA guanylyltransferase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: reovirus SLP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: emClarity / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C5 (5回回転対称)
3次元再構成解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 625 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 4 / Num. of volumes extracted: 625
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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