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- PDB-6x0v: Structure of MZT2/GCP-NHD and CDK5Rap2 at position 13 of the gamm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x0v
タイトルStructure of MZT2/GCP-NHD and CDK5Rap2 at position 13 of the gamma-TuRC
要素
  • Centrosome protein Cep215
  • Gamma-tubulin complex component 2
  • Mitotic-spindle organizing protein 2A
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / gamma-TuRC / MZT2 / GCP / CDK5Rap2
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-tubulin ring complex => GO:0000931 / ciliary basal body-plasma membrane docking / microtubule organizing center organization / equatorial microtubule organizing center / negative regulation of centriole replication / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / microtubule minus-end binding / gamma-tubulin complex / microtubule plus-end / microtubule nucleation ...gamma-tubulin ring complex => GO:0000931 / ciliary basal body-plasma membrane docking / microtubule organizing center organization / equatorial microtubule organizing center / negative regulation of centriole replication / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / microtubule minus-end binding / gamma-tubulin complex / microtubule plus-end / microtubule nucleation / microtubule bundle formation / gamma-tubulin binding / centrosome cycle / microtubule organizing center / regulation of neuron differentiation / pericentriolar material / mitotic spindle pole / cytoplasmic microtubule / establishment of mitotic spindle orientation / centriole replication / negative regulation of neuron differentiation / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / positive regulation of microtubule polymerization / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / tubulin binding / AURKA Activation by TPX2 / neurogenesis / meiotic cell cycle / chromosome segregation / neuron migration / brain development / spindle pole / microtubule cytoskeleton organization / spindle / G2/M transition of mitotic cell cycle / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / cell junction / mitotic cell cycle / microtubule binding / protein-containing complex assembly / microtubule / cytoskeleton / calmodulin binding / transcription cis-regulatory region binding / centrosome / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
MOZART2 family / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Centrosomin, N-terminal motif 1 / Centrosomin N-terminal motif 1 / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Centrosome protein Cep215 / Mitotic-spindle organizing protein 2A / CDK5 regulatory subunit-associated protein 2 / Gamma-tubulin complex component 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Wieczorek, M. / Huang, T.-L. / Urnavicius, L. / Hsia, K.-C. / Kapoor, T.M.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
Human Frontier Science Program (HFSP)
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)
Academia Sinica (Taiwan)
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: MZT Proteins Form Multi-Faceted Structural Modules in the γ-Tubulin Ring Complex.
著者: Michal Wieczorek / Tzu-Lun Huang / Linas Urnavicius / Kuo-Chiang Hsia / Tarun M Kapoor /
要旨: Microtubule organization depends on the γ-tubulin ring complex (γ-TuRC), a ∼2.3-MDa nucleation factor comprising an asymmetric assembly of γ-tubulin and GCP2-GCP6. However, it is currently ...Microtubule organization depends on the γ-tubulin ring complex (γ-TuRC), a ∼2.3-MDa nucleation factor comprising an asymmetric assembly of γ-tubulin and GCP2-GCP6. However, it is currently unclear how the γ-TuRC-associated microproteins MZT1 and MZT2 contribute to the structure and regulation of the holocomplex. Here, we report cryo-EM structures of MZT1 and MZT2 in the context of the native human γ-TuRC. MZT1 forms two subcomplexes with the N-terminal α-helical domains of GCP3 or GCP6 (GCP-NHDs) within the γ-TuRC "lumenal bridge." We determine the X-ray structure of recombinant MZT1/GCP6-NHD and find it is similar to that within the native γ-TuRC. We identify two additional MZT/GCP-NHD-like subcomplexes, one of which is located on the outer face of the γ-TuRC and comprises MZT2 and GCP2-NHD in complex with a centrosomin motif 1 (CM1)-containing peptide. Our data reveal how MZT1 and MZT2 establish multi-faceted, structurally mimetic "modules" that can expand structural and regulatory interfaces in the γ-TuRC.
履歴
登録2020年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-21985
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21985
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Mitotic-spindle organizing protein 2A
F: Gamma-tubulin complex component 2
G: Centrosome protein Cep215
H: Centrosome protein Cep215


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)552,8414
ポリマ－552,8414
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Mitotic-spindle organizing protein 2A / Mitotic-spindle organizing protein associated with a ring of gamma-tubulin 2A


分子量: 16240.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P582
#2: タンパク質 Gamma-tubulin complex component 2 / hGCP2 / Gamma-ring complex protein 103 kDa / hGrip103 / Spindle pole body protein Spc97 homolog / hSpc97


分子量: 105765.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BSJ2
#3: タンパク質 Centrosome protein Cep215


分子量: 215417.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q66GT8, UniProt: Q96SN8*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Focused refinement gamma-TuRC density map surrounding positions 12-13
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_3699: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 137513 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0011326
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.3151801
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.781214
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.034222
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.001247

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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