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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wu6 | ||||||
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タイトル | succinate-coenzyme Q reductase | ||||||
要素 |
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キーワード | ELECTRON TRANSPORT / Complex / succinate-coenzyme Q reductase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / succinate dehydrogenase activity / succinate dehydrogenase / succinate dehydrogenase (quinone) activity / cytochrome complex assembly / aerobic electron transport chain / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / iron-sulfur cluster binding / ubiquinone binding / tricarboxylic acid cycle ...: / succinate dehydrogenase activity / succinate dehydrogenase / succinate dehydrogenase (quinone) activity / cytochrome complex assembly / aerobic electron transport chain / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / iron-sulfur cluster binding / ubiquinone binding / tricarboxylic acid cycle / respiratory electron transport chain / electron transport chain / aerobic respiration / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Escherichia coli 908573 (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Lyu, M. / Su, C.-C. / Morgan, C.E. / Yu, E.W. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2021 タイトル: A 'Build and Retrieve' methodology to simultaneously solve cryo-EM structures of membrane proteins. 著者: Chih-Chia Su / Meinan Lyu / Christopher E Morgan / Jani Reddy Bolla / Carol V Robinson / Edward W Yu / 要旨: Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) has become a powerful technique in the field of structural biology. However, the inability to reliably produce pure, homogeneous membrane protein ...Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) has become a powerful technique in the field of structural biology. However, the inability to reliably produce pure, homogeneous membrane protein samples hampers the progress of their structural determination. Here, we develop a bottom-up iterative method, Build and Retrieve (BaR), that enables the identification and determination of cryo-EM structures of a variety of inner and outer membrane proteins, including membrane protein complexes of different sizes and dimensions, from a heterogeneous, impure protein sample. We also use the BaR methodology to elucidate structural information from Escherichia coli K12 crude membrane and raw lysate. The findings demonstrate that it is possible to solve high-resolution structures of a number of relatively small (<100 kDa) and less abundant (<10%) unidentified membrane proteins within a single, heterogeneous sample. Importantly, these results highlight the potential of cryo-EM for systems structural proteomics. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wu6.cif.gz | 485.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wu6.ent.gz | 399.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wu6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wu6_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6wu6_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6wu6_validation.xml.gz | 88.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wu6_validation.cif.gz | 128.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/6wu6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/6wu6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Succinate dehydrogenase ... , 3種, 9分子 BFJDHLAEI
#1: タンパク質 | 分子量: 26800.912 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: sdhB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A037Y3E8, UniProt: P07014*PLUS, succinate dehydrogenase #3: タンパク質 | 分子量: 12874.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli 908573 (大腸菌) / 遺伝子: HMPREF1611_01928 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V0YWY6 #4: タンパク質 | 分子量: 64502.766 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain SE11) (大腸菌) 株: SE11 / 遺伝子: ECSE_0783 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6I7Z5, succinate dehydrogenase |
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-タンパク質 , 1種, 3分子 CGK
#2: タンパク質 | 分子量: 14313.100 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: sdhC, cybA, dhsC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: C3TIP7, UniProt: P69054*PLUS, succinate dehydrogenase |
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-非ポリマー , 6種, 18分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: succinate-coenzyme Q reductase complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #4 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12706 / 対称性のタイプ: POINT |