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万見
- PDB-6wiv: Structure of human GABA(B) receptor in an inactive state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wiv
タイトルStructure of human GABA(B) receptor in an inactive state
要素(Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit ...) x 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / G protein coupled receptor (GPCR) / GABA / GABA(B) receptor / Class C GPCR / Phospholipids (リン脂質) / Inhibitory neurotransmission.
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA B receptor activation / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor complex / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion / negative regulation of dopamine secretion ...G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA B receptor activation / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor complex / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion / negative regulation of dopamine secretion / positive regulation of growth hormone secretion / extracellular matrix protein binding / GABA receptor complex / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / positive regulation of glutamate secretion / negative regulation of synaptic transmission / axolemma / GABA-ergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / dendritic shaft / ミトコンドリア / response to nicotine / Schaffer collateral - CA1 synapse / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / osteoblast differentiation / transmembrane signaling receptor activity / シナプス小胞 / presynaptic membrane / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / response to ethanol / 樹状突起スパイン / neuron projection / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum membrane / extracellular space / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1 / GPCR family 3, GABA-B receptor / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR ...GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1 / GPCR family 3, GABA-B receptor / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / G-protein coupled receptors family 3 profile. / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
コレステロール / Chem-U3D / Chem-U3G / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Park, J. / Fu, Z. / Frangaj, A. / Liu, J. / Mosyak, L. / Shen, T. / Slavkovich, V.N. / Ray, K.M. / Taura, J. / Cao, B. ...Park, J. / Fu, Z. / Frangaj, A. / Liu, J. / Mosyak, L. / Shen, T. / Slavkovich, V.N. / Ray, K.M. / Taura, J. / Cao, B. / Geng, Y. / Zuo, H. / Kou, Y. / Grassucci, R. / Chen, S. / Liu, Z. / Lin, X. / Williams, J.P. / Rice, W.J. / Eng, E.T. / Huang, R.K. / Soni, R.K. / Kloss, B. / Yu, Z. / Javitch, J.A. / Hendrickson, W.A. / Slesinger, P.A. / Quick, M. / Graziano, J. / Yu, H. / Fiehn, O. / Clarke, O.B. / Frank, J. / Fan, Q.R.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM088454 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM125801 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U2CES030158 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM116799 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorR01GM107462 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103310 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structure of human GABA receptor in an inactive state.
著者: Jinseo Park / Ziao Fu / Aurel Frangaj / Jonathan Liu / Lidia Mosyak / Tong Shen / Vesna N Slavkovich / Kimberly M Ray / Jaume Taura / Baohua Cao / Yong Geng / Hao Zuo / Yongjun Kou / Robert ...著者: Jinseo Park / Ziao Fu / Aurel Frangaj / Jonathan Liu / Lidia Mosyak / Tong Shen / Vesna N Slavkovich / Kimberly M Ray / Jaume Taura / Baohua Cao / Yong Geng / Hao Zuo / Yongjun Kou / Robert Grassucci / Shaoxia Chen / Zheng Liu / Xin Lin / Justin P Williams / William J Rice / Edward T Eng / Rick K Huang / Rajesh K Soni / Brian Kloss / Zhiheng Yu / Jonathan A Javitch / Wayne A Hendrickson / Paul A Slesinger / Matthias Quick / Joseph Graziano / Hongtao Yu / Oliver Fiehn / Oliver B Clarke / Joachim Frank / Qing R Fan /
要旨: The human GABA receptor-a member of the class C family of G-protein-coupled receptors (GPCRs)-mediates inhibitory neurotransmission and has been implicated in epilepsy, pain and addiction. A unique ...The human GABA receptor-a member of the class C family of G-protein-coupled receptors (GPCRs)-mediates inhibitory neurotransmission and has been implicated in epilepsy, pain and addiction. A unique GPCR that is known to require heterodimerization for function, the GABA receptor has two subunits, GABA and GABA, that are structurally homologous but perform distinct and complementary functions. GABA recognizes orthosteric ligands, while GABA couples with G proteins. Each subunit is characterized by an extracellular Venus flytrap (VFT) module, a descending peptide linker, a seven-helix transmembrane domain and a cytoplasmic tail. Although the VFT heterodimer structure has been resolved, the structure of the full-length receptor and its transmembrane signalling mechanism remain unknown. Here we present a near full-length structure of the GABA receptor, captured in an inactive state by cryo-electron microscopy. Our structure reveals several ligands that preassociate with the receptor, including two large endogenous phospholipids that are embedded within the transmembrane domains to maintain receptor integrity and modulate receptor function. We also identify a previously unknown heterodimer interface between transmembrane helices 3 and 5 of both subunits, which serves as a signature of the inactive conformation. A unique 'intersubunit latch' within this transmembrane interface maintains the inactive state, and its disruption leads to constitutive receptor activity.
履歴
登録2020年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32020年8月26日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21685
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
B: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,23619
ポリマ－184,8652
非ポリマー6,37217
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1 / Gb1


分子量: 91585.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABBR1, GPRC3A / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GnTl- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBS5
#2: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / Gb2 / G-protein coupled receptor 51 / HG20


分子量: 93278.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABBR2, GPR51, GPRC3B / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GnTl- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75899

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糖 , 1種, 4分子

#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 13分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-U3G / (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-{[(9Z)-octadec-9-enoyl]oxy}propyl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate


分子量: 766.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H76NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール


分子量: 386.654 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-U3D / [(2R)-3-[(Z)-icos-11-enoyl]oxy-2-[(Z)-octadec-9-enoyl]oxypropyl] 2-(trimethylazaniumyl)ethyl phosphate / [(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-propyl] (~{Z})-icos-11-enoate


分子量: 814.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H88NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Heterodimer human GABA(B) receptor composed of GABA(B1b) and GABA(B2) subunits.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.193 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK 293 GnTI- / プラスミド: modified bacMam
緩衝液pH: 7.5
詳細: Solutions were made fresh from concentrated and filtered to avoid microbial contamination.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPESC8H18N2O4S1
250 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
30.002 %Lauryl Maltose Neopentyl GlycolC47H88O221
40.0004 %Cholesteryl HemisuccinateC31H50O41
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Preliminary grid screening was performed manually.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 100 K
撮影平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 85 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3435
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 60 / 利用したフレーム数/画像: 1-60

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION3粒子像選択
2Leginon画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7Coot0.8.9.0モデルフィッティング
9PHENIX1.14モデル精密化
10cryoSPARC2初期オイラー角割当Non-uniform refinement
11cryoSPARC2最終オイラー角割当
13cryoSPARC2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1048241
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 233737 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-IDPdb chain residue range
14MQE

4mqe

A148-459
24MQE

4mqe

B153-466
精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 68.95 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004611487
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.696915616
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04381792
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00451888
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.56166736

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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