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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w17 | ||||||
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タイトル | Structure of Dip1-activated Arp2/3 complex with nucleated actin filament | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Arp2/3 / actin / Dip1 / cytoskeletal protein / actin regulator | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to actin cortical patch / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Clathrin-mediated endocytosis / actin cortical patch organization / Neutrophil degranulation / medial cortex / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cell cortex of cell tip / actin cortical patch localization ...protein localization to actin cortical patch / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Clathrin-mediated endocytosis / actin cortical patch organization / Neutrophil degranulation / medial cortex / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cell cortex of cell tip / actin cortical patch localization / actin cortical patch assembly / Arp2/3 protein complex / Arp2/3 complex binding / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cell tip / actin cortical patch / cell septum / regulation of actin filament polymerization / mating projection tip / cortical actin cytoskeleton organization / cytoskeletal motor activator activity / establishment or maintenance of cell polarity / tropomyosin binding / cell division site / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament / mitotic cytokinesis / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / endocytosis / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / lamellipodium / cell cortex / cell body / toxin activity / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) Amanita phalloides (タマゴテングタケ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Shaaban, M. / Nolen, B.J. / Chowdhury, S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM reveals the transition of Arp2/3 complex from inactive to nucleation-competent state. 著者: Mohammed Shaaban / Saikat Chowdhury / Brad J Nolen / 要旨: Arp2/3 complex, a crucial actin filament nucleator, undergoes structural rearrangements during activation by nucleation-promoting factors (NPFs). However, the conformational pathway leading to the ...Arp2/3 complex, a crucial actin filament nucleator, undergoes structural rearrangements during activation by nucleation-promoting factors (NPFs). However, the conformational pathway leading to the nucleation-competent state is unclear due to lack of high-resolution structures of the activated state. Here we report a ~3.9 Å resolution cryo-EM structure of activated Schizosaccharomyces pombe Arp2/3 complex bound to the S. pombe NPF Dip1 and attached to the end of the nucleated actin filament. The structure reveals global and local conformational changes that allow the two actin-related proteins in Arp2/3 complex to mimic a filamentous actin dimer and template nucleation. Activation occurs through a clamp-twisting mechanism, in which Dip1 forces two core subunits in Arp2/3 complex to pivot around one another, shifting half of the complex into a new activated position. By showing how Dip1 stimulates activation, the structure reveals how NPFs can activate Arp2/3 complex in diverse cellular processes. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6w17.cif.gz | 626.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6w17.ent.gz | 509.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6w17.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6w17_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6w17_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6w17_validation.xml.gz | 99.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6w17_validation.cif.gz | 151.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/6w17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/6w17 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Actin-related protein ... , 7種, 7分子 ABCDEFG
#1: タンパク質 | 分子量: 47427.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) Plasmid details: Fission yeast / 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: P32390 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 44286.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) Plasmid details: Fission yeast / 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q9UUJ1 |
#3: タンパク質 | 分子量: 41643.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) Plasmid details: Fission yeast / 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: P78774 |
#4: タンパク質 | 分子量: 37025.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) Plasmid details: Fission yeast / 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O14241 |
#5: タンパク質 | 分子量: 19865.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) Plasmid details: Fission yeast / 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q9Y7J4 |
#6: タンパク質 | 分子量: 19637.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) Plasmid details: Fission yeast / 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q92352 |
#7: タンパク質 | 分子量: 16922.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) Plasmid details: Fission yeast / 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q10316 |
-タンパク質 , 2種, 5分子 HIJKL
#8: タンパク質 | 分子量: 43715.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Fission yeast 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: dip1, SPBC24C6.10c / プラスミド: pGV67-Dip1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O74771 |
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#9: タンパク質 | 分子量: 42109.973 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Plasmid details: Rabbit / 参照: UniProt: P68135 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 5分子 MNOPQ
#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 808.899 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Amanita phalloides (タマゴテングタケ) 参照: UniProt: P0CU63*PLUS |
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-非ポリマー , 3種, 12分子
#11: 化合物 | ChemComp-MG / #12: 化合物 | #13: 化合物 | ChemComp-ADP / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex consisting of actin-filament nucleator, Arp2/3 complex associated with nucleation promoting factor Dip1 and first four actin subunits from the pointed end of the nucleated actin-filament タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.446 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 20mA current / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 98 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA 詳細: Data were collected by stage shifting to targeted exposure positions. |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 92000 X / 最大 デフォーカス(公称値): -1750 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 60 sec. / 電子線照射量: 36.35 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5109 詳細: Each micrograph was collected as dose-fractionated movies consisting of 45 fractions per movie. |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4000 / 縦: 4000 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Particles were CTF corrected during projection matching and back projection. タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3500000 詳細: Particles were picked using Laplacian Gaussian auto-picking. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110433 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 102.46 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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