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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vsc | ||||||||||||||||||
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タイトル | Single particle reconstruction of HemQ from Geobacillus based on data acquired in the presence of substantial aberrations | ||||||||||||||||||
![]() | HemQ | ||||||||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / heme-binding | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Bromberg, R. / Guo, Y. / Borek, D. / Otwinowski, Z. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: High-resolution cryo-EM reconstructions in the presence of substantial aberrations. 著者: Raquel Bromberg / Yirui Guo / Dominika Borek / Zbyszek Otwinowski / ![]() 要旨: Here, an analysis is performed of how uncorrected antisymmetric aberrations, such as coma and trefoil, affect cryo-EM single-particle reconstruction (SPR) results, and an analytical formula ...Here, an analysis is performed of how uncorrected antisymmetric aberrations, such as coma and trefoil, affect cryo-EM single-particle reconstruction (SPR) results, and an analytical formula quantifying information loss owing to their presence is inferred that explains why Fourier-shell coefficient-based statistics may report significantly overestimated resolution if these aberrations are not fully corrected. The analysis is validated with reference-based aberration refinement for two cryo-EM SPR data sets acquired with a 200 kV microscope in the presence of coma exceeding 40 µm, and 2.3 and 2.7 Å reconstructions for 144 and 173 kDa particles, respectively, were obtained. The results provide a description of an efficient approach for assessing information loss in cryo-EM SPR data acquired in the presence of higher order aberrations, and address inconsistent guidelines regarding the level of aberrations that is acceptable in cryo-EM SPR experiments. #1: ![]() タイトル: High-resolution cryo-EM reconstructions in the presence of substantial aberrations 著者: Bromberg, R. / Guo, Y. / Borek, D. / Otwinowski, Z. | ||||||||||||||||||
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 245.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 197.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 748 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 778.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 21376MC ![]() 6vrsC ![]() 6vsaC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.3 TB Data #1: Unaligned multiframe data for 2.6 Angstrom cryo-EM reconstructions of HemQ from Geobacillus in the presence of substantial aberrations [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 248 / Label seq-ID: 4 - 248
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28817.609 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Y412MC52 / 遺伝子: GYMC52_3505 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0E0TGF4, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: HemQ / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.144 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 100 mM NaCl |
緩衝液成分 | 濃度: 20 mM / 名称: HEPES |
試料 | 濃度: 28 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS TALOS 詳細: The goal of the experiment was to show that it is possible to perform high resolution reconstruction in the presence of higher order aberrations. |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / Residual tilt: 7 mradians |
撮影 | 平均露光時間: 40 sec. / 電子線照射量: 90 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 257 / 詳細: 173 movies were used in the reconstruction. |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 100 / 利用したフレーム数/画像: 1-100 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0257 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 236091 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C5 (5回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 129446 詳細: There is very strong preferred orientation that generates a number of problems, in addition to high level of aberrations. 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: REFMAC / 詳細: COOT was crucial as well. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1T0T Accession code: 1T0T / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 2.6→100.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / SU B: 11.763 / SU ML: 0.226 / ESU R: 0.344 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 80.528 Å2
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拘束条件 |
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