[日本語] English
万見
- PDB-6vpv: Trimeric Photosystem I from the High-Light Tolerant Cyanobacteria... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vpv
タイトルTrimeric Photosystem I from the High-Light Tolerant Cyanobacteria Cyanobacterium Aponinum
要素
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 7
  • PSI-F
  • Photosystem I iron-sulfur center
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / Membrane Protein / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


: / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / membrane => GO:0016020 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...: / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / membrane => GO:0016020 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI ...Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction center subunit XI ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit IV / PSI-F / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Dobson, Z. / Toporik, H. / Vaughn, N. / Lin, S. / Williams, D. / Fromme, P. / Mazor, Y.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: The structure of photosystem I from a high-light-tolerant cyanobacteria.
著者: Zachary Dobson / Safa Ahad / Jackson Vanlandingham / Hila Toporik / Natalie Vaughn / Michael Vaughn / Dewight Williams / Michael Reppert / Petra Fromme / Yuval Mazor /
要旨: Photosynthetic organisms have adapted to survive a myriad of extreme environments from the earth's deserts to its poles, yet the proteins that carry out the light reactions of photosynthesis are ...Photosynthetic organisms have adapted to survive a myriad of extreme environments from the earth's deserts to its poles, yet the proteins that carry out the light reactions of photosynthesis are highly conserved from the cyanobacteria to modern day crops. To investigate adaptations of the photosynthetic machinery in cyanobacteria to excessive light stress, we isolated a new strain of cyanobacteria, 0216, from the extreme light environment of the Sonoran Desert. Here we report the biochemical characterization and the 2.7 Å resolution structure of trimeric photosystem I from this high-light-tolerant cyanobacterium. The structure shows a new conformation of the PsaL C-terminus that supports trimer formation of cyanobacterial photosystem I. The spectroscopic analysis of this photosystem I revealed a decrease in far-red absorption, which is attributed to a decrease in the number of long- wavelength chlorophylls. Using these findings, we constructed two chimeric PSIs in sp. PCC 6803 demonstrating how unique structural features in photosynthetic complexes can change spectroscopic properties, allowing organisms to thrive under different environmental stresses.
履歴
登録2020年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21320
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: PSI-F
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
a: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
b: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
c: Photosystem I iron-sulfur center
d: Photosystem I reaction center subunit II
e: Photosystem I reaction center subunit IV
f: PSI-F
i: Photosystem I reaction center subunit VIII
j: Photosystem I reaction center subunit IX
k: Photosystem I reaction center subunit PsaK
l: Photosystem I reaction center subunit XI
m: Photosystem I reaction center subunit XII
1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
3: Photosystem I iron-sulfur center
4: Photosystem I reaction center subunit II
5: Photosystem I reaction center subunit IV
6: PSI-F
7: Photosystem I reaction center subunit VIII
8: Photosystem I reaction center subunit IX
9: Photosystem I reaction center subunit PsaK
0: Photosystem I reaction center subunit XI
z: Photosystem I reaction center subunit XII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,051,662417
ポリマ－742,34033
非ポリマー309,323384
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 6分子 Aa1Bb2

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA


分子量: 81754.039 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア)
株: 0216 / 参照: UniProt: A0A2G3P9X3, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB


分子量: 81865.945 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア)
株: 0216 / 参照: UniProt: K9Z2J7, photosystem I

-
タンパク質 , 2種, 6分子 Cc3Ff6

#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8692.039 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア)
株: 0216 / 参照: UniProt: A0A2G3PD04, photosystem I
#6: タンパク質 PSI-F / Photosystem I reaction center subunit III


分子量: 15665.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア)
株: 0216 / 参照: UniProt: A0A2G3PEV5

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 7種, 21分子 Dd4Ee5Ii7Jj8Kk9Ll0Mmz

#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II


分子量: 15647.748 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア)
株: 0216 / 参照: UniProt: A0A2G3PAQ0
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV


分子量: 7634.534 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア)
株: 0216 / 参照: UniProt: A0A2G3PEU8
#7: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 3913.726 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア)
株: 0216 / 参照: UniProt: K9Z9J3
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX


分子量: 4354.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア)
株: 0216 / 参照: UniProt: A0A2G3PEV6
#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I subunit X


分子量: 7860.323 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア)
株: 0216 / 参照: UniProt: A0A2G3P6W6
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 16779.295 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア)
株: 0216 / 参照: UniProt: A0A2G3P7D5
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3278.920 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア)
株: 0216 / 参照: UniProt: A0A2G3PA81

-
非ポリマー , 8種, 384分子

#12: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#13: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#14: 化合物
ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#15: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#16: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#17: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#18: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#19: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Trimeric PSI from a High Light tolerant cyanobacteria, Cyanobacterium aponinum
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア) / 株: 216
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.53 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
10RELION3.0.7初期オイラー角割当
11RELION3.0.7最終オイラー角割当
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 75290 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る