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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vjm | |||||||||
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タイトル | Human metabotropic GABA(B) receptor in its apo state | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA B receptor activation / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor complex / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion / negative regulation of dopamine secretion ...G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA B receptor activation / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor complex / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion / negative regulation of dopamine secretion / positive regulation of growth hormone secretion / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Shaye, H. / Han, G.W. / Gati, C. / Cherezov, V. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of the activation of a metabotropic GABA receptor. 著者: Hamidreza Shaye / Andrii Ishchenko / Jordy Homing Lam / Gye Won Han / Li Xue / Philippe Rondard / Jean-Philippe Pin / Vsevolod Katritch / Cornelius Gati / Vadim Cherezov / ![]() ![]() 要旨: Metabotropic γ-aminobutyric acid receptors (GABA) are involved in the modulation of synaptic responses in the central nervous system and have been implicated in neuropsychological conditions that ...Metabotropic γ-aminobutyric acid receptors (GABA) are involved in the modulation of synaptic responses in the central nervous system and have been implicated in neuropsychological conditions that range from addiction to psychosis. GABA belongs to class C of the G-protein-coupled receptors, and its functional entity comprises an obligate heterodimer that is composed of the GB1 and GB2 subunits. Each subunit possesses an extracellular Venus flytrap domain, which is connected to a canonical seven-transmembrane domain. Here we present four cryo-electron microscopy structures of the human full-length GB1-GB2 heterodimer: one structure of its inactive apo state, two intermediate agonist-bound forms and an active form in which the heterodimer is bound to an agonist and a positive allosteric modulator. The structures reveal substantial differences, which shed light on the complex motions that underlie the unique activation mechanism of GABA. Our results show that agonist binding leads to the closure of the Venus flytrap domain of GB1, triggering a series of transitions, first rearranging and bringing the two transmembrane domains into close contact along transmembrane helix 6 and ultimately inducing conformational rearrangements in the GB2 transmembrane domain via a lever-like mechanism to initiate downstream signalling. This active state is stabilized by a positive allosteric modulator binding at the transmembrane dimerization interface. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 258.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 201.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 86450.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9UBS5 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 88200.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O75899 | ||||
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose![]() | ||||
#4: 多糖 | ![]() #5: 糖 | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: GABA(B) receptor in apo state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.174 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結![]() | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 1.3 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5947 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称![]() |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | 詳細: Patch CTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2010390 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 113093 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 148 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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