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- PDB-6vcc: Cryo-EM structure of the Dvl2 DIX filament -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vcc
タイトルCryo-EM structure of the Dvl2 DIX filament
要素Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Dishevelled / DIX domain / Wnt signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


WNT mediated activation of DVL / convergent extension involved in organogenesis / PCP/CE pathway / Signaling by Hippo / convergent extension involved in neural plate elongation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / segmentation / planar cell polarity pathway involved in neural tube closure / Asymmetric localization of PCP proteins / cochlea morphogenesis ...WNT mediated activation of DVL / convergent extension involved in organogenesis / PCP/CE pathway / Signaling by Hippo / convergent extension involved in neural plate elongation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / segmentation / planar cell polarity pathway involved in neural tube closure / Asymmetric localization of PCP proteins / cochlea morphogenesis / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Degradation of DVL / segment specification / positive regulation of neuron projection arborization / RHO GTPases Activate Formins / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / frizzled binding / aggresome / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / clathrin-coated vesicle / heart looping / outflow tract morphogenesis / lateral plasma membrane / canonical Wnt signaling pathway / heart morphogenesis / positive regulation of JUN kinase activity / : / positive regulation of GTPase activity / neural tube closure / positive regulation of JNK cascade / Wnt signaling pathway / small GTPase binding / protein localization / apical part of cell / protein-macromolecule adaptor activity / heart development / regulation of cell population proliferation / cell cortex / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / nuclear body / intracellular signal transduction / protein domain specific binding / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein L25; Chain P - #130 / Dishevelled-2 / Dishevelled protein domain / Dishevelled family / Dishevelled C-terminal / Dishevelled specific domain / Segment polarity protein dishevelled (Dsh) C terminal / Dishevelled-related protein / DIX domain / DIX domain superfamily ...Ribosomal Protein L25; Chain P - #130 / Dishevelled-2 / Dishevelled protein domain / Dishevelled family / Dishevelled C-terminal / Dishevelled specific domain / Segment polarity protein dishevelled (Dsh) C terminal / Dishevelled-related protein / DIX domain / DIX domain superfamily / DIX domain / DIX domain profile. / Domain present in Dishevelled and axin / Ribosomal Protein L25; Chain P / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Enos, M. / Kan, W. / Muennich, S. / Chen, D.H. / Skiniotis, G. / Weis, W.I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM131747 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Limited dishevelled/Axin oligomerization determines efficiency of Wnt/β-catenin signal transduction.
著者: Wei Kan / Michael D Enos / Elgin Korkmazhan / Stefan Muennich / Dong-Hua Chen / Melissa V Gammons / Mansi Vasishtha / Mariann Bienz / Alexander R Dunn / Georgios Skiniotis / William I Weis /
要旨: In Wnt/β-catenin signaling, the transcriptional coactivator β-catenin is regulated by its phosphorylation in a complex that includes the scaffold protein Axin and associated kinases. Wnt binding to ...In Wnt/β-catenin signaling, the transcriptional coactivator β-catenin is regulated by its phosphorylation in a complex that includes the scaffold protein Axin and associated kinases. Wnt binding to its coreceptors activates the cytosolic effector Dishevelled (Dvl), leading to the recruitment of Axin and the inhibition of β-catenin phosphorylation. This process requires interaction of homologous DIX domains present in Dvl and Axin, but is mechanistically undefined. We show that Dvl DIX forms antiparallel, double-stranded oligomers in vitro, and that Dvl in cells forms oligomers typically <10 molecules at endogenous expression levels. Axin DIX (DAX) forms small single-stranded oligomers, but its self-association is stronger than that of DIX. DAX caps the ends of DIX oligomers, such that a DIX oligomer has at most four DAX binding sites. The relative affinities and stoichiometry of the DIX-DAX interaction provide a mechanism for efficient inhibition of β-catenin phosphorylation upon Axin recruitment to the Wnt receptor complex.
履歴
登録2019年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21148
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
B: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
C: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
D: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
E: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
F: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
G: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
H: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
I: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
J: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
K: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
L: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,00312
ポリマ－112,00312
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, microscopy, Cryo-electron microscopy., assay for oligomerization, Sedimentation as a function of concentration.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area13620 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area48970 Å2
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 6 / Rise per n subunits: 13.5 Å / Rotation per n subunits: 40 °)

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要素

#1: タンパク質
Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2 / Dishevelled-2 / DSH homolog 2


分子量: 9333.547 Da / 分子数: 12 / 断片: DIX domain (UNP residues 12-92) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dvl2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q60838

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2 / タイプ: COMPLEX
詳細: Protein spontaneously formed a double-stranded, antiparallel helical filament upon removal of the MBP tag with TEV protease.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: RIL / プラスミド: pCDF-Duet
緩衝液pH: 8 / 詳細: Dithiothreitol was added fresh the day of use.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
34 mMdithiothreitolC4H10O2S21
41 mMEDTAC10H16N2O81
試料濃度: 0.12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Sample was taken from a single fraction of a gel filtration run performed immediately before grid preparation.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in.
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 295 K
詳細: The grid was blotted for 2.0 s using Whatman #1 filter paper (GE Healthcare).

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 29000 X / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 98 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 540
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 4-50

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
3DigitalMicrograph画像取得
5CTFFIND4.1CTF補正
8PHENIX1.17.1-3660モデルフィッティング
10RELION3.0.8初期オイラー角割当
11RELION3.0.8最終オイラー角割当
12RELION3.0.8分類
13RELION3.0.8３次元再構成
14PHENIX1.17.1-3360モデル精密化
15Coot0.8.9.2 ELモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 48 ° / 軸方向距離/サブユニット: 13.5 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 437872
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110105 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: The two mutations in the source (Y27W and C80S) were reverted to Trp and Ser, respectively, before fitting. Model refinement was carried out through alternating rounds of real-space ...詳細: The two mutations in the source (Y27W and C80S) were reverted to Trp and Ser, respectively, before fitting. Model refinement was carried out through alternating rounds of real-space refinement in PHENIX and manual building in Coot.
原子モデル構築PDB-ID: 6IW3

6iw3


PDB chain-ID: A / Accession code: 6IW3 / Pdb chain residue range: 12-92 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0037800
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.61910560
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.7671020
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0541152
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061368

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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