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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v4x | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of an active human histone pre-mRNA 3'-end processing machinery at 3.2 Angstrom resolution | |||||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / endonuclease / active CPSF73 / U7 snRNP / 3'-end processing / RIBONUCLEASE / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone mRNA metabolic process / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / 5'-3' RNA exonuclease activity / nuclear stress granule / Processing of Intronless Pre-mRNAs / regulation of chromatin organization / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding ...histone mRNA metabolic process / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / 5'-3' RNA exonuclease activity / nuclear stress granule / Processing of Intronless Pre-mRNAs / regulation of chromatin organization / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / methylosome / 7-methylguanosine cap hypermethylation / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / snRNP binding / U1 snRNP binding / mRNA 3'-end processing / pICln-Sm protein complex / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / mRNA 3'-end processing / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / P granule / telomerase holoenzyme complex / telomerase RNA binding / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / U1 snRNP / Cajal body / U2-type prespliceosome / termination of RNA polymerase II transcription / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / bicellular tight junction / U5 snRNP / spliceosomal snRNP assembly / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / RNA endonuclease activity / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / negative regulation of protein binding / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / snRNP Assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / postsynapse / cytoskeleton / nuclear body / cell adhesion / ribonucleoprotein complex / glutamatergic synapse / enzyme binding / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Sun, Y. / Zhang, Y. / Walz, T. / Tong, L. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Structure of an active human histone pre-mRNA 3'-end processing machinery. 著者: Yadong Sun / Yixiao Zhang / Wei Shen Aik / Xiao-Cui Yang / William F Marzluff / Thomas Walz / Zbigniew Dominski / Liang Tong / 要旨: The 3'-end processing machinery for metazoan replication-dependent histone precursor messenger RNAs (pre-mRNAs) contains the U7 small nuclear ribonucleoprotein and shares the key cleavage module with ...The 3'-end processing machinery for metazoan replication-dependent histone precursor messenger RNAs (pre-mRNAs) contains the U7 small nuclear ribonucleoprotein and shares the key cleavage module with the canonical cleavage and polyadenylation machinery. We reconstituted an active human histone pre-mRNA processing machinery using 13 recombinant proteins and two RNAs and determined its structure by cryo-electron microscopy. The overall structure is highly asymmetrical and resembles an amphora with one long handle. We captured the pre-mRNA in the active site of the endonuclease, the 73-kilodalton subunit of the cleavage and polyadenylation specificity factor, poised for cleavage. The endonuclease and the entire cleavage module undergo extensive rearrangements for activation, triggered through the recognition of the duplex between the authentic pre-mRNA and U7 small nuclear RNA (snRNA). Our study also has notable implications for understanding canonical and snRNA 3'-end processing. | |||||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDB形式 | pdb6v4x.ent.gz | 306.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6v4x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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XML形式データ | 6v4x_validation.xml.gz | 57.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6v4x_validation.cif.gz | 87.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v4x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Small nuclear ribonucleoprotein ... , 4種, 4分子 AFEG
#1: タンパク質 | 分子量: 16111.671 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPD3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62318 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 9734.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPF, PBSCF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62306 |
#4: タンパク質 | 分子量: 10817.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62304 |
#5: タンパク質 | 分子量: 9579.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPG, PBSCG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62308 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 BJ
#2: タンパク質 | 分子量: 10911.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPB, COD, SNRPB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P14678 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 120355.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYMPK, SPK / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q92797 |
-U7 snRNA-associated Sm-like protein ... , 2種, 2分子 CD
#6: タンパク質 | 分子量: 14102.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LSM10 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q969L4 |
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#7: タンパク質 | 分子量: 28609.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LSM11 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P83369 |
-Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit ... , 2種, 2分子 HI
#8: タンパク質 | 分子量: 77580.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPSF3, CPSF73 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: Q9UKF6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ |
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#9: タンパク質 | 分子量: 88597.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPSF2, CPSF100, KIAA1367 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9P2I0 |
-RNA鎖 , 2種, 2分子 ZY
#11: RNA鎖 | 分子量: 19097.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1633547 |
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#12: RNA鎖 | 分子量: 16626.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) |
-非ポリマー , 1種, 2分子
#13: 化合物 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: The core of metazoan replication-dependent histone pre-mRNA 3'-end processing machinery タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
緩衝液成分 | 濃度: 100 mM / 名称: sodium chloride / 式: NaCl |
試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | |||||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS | |||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM | |||||||||||||||
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Calibrated defocus min: 900 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm | |||||||||||||||
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER | |||||||||||||||
撮影 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 325282 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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