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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6u1x | ||||||
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タイトル | Structure of the Vesicular Stomatitis Virus L Protein in Complex with Its Phosphoprotein Cofactor (3.0 A resolution) | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / Vesicular stomatitis virus / RNA-dependent RNA polymerase / L protein / P protein / phosphoprotein / single particle analysis / transcription / replication / virus / viral / RdRp / PRNTase / nonsegmented negative-sense RNA viruses | ||||||
機能・相同性 | ![]() NNS virus cap methyltransferase / RNA folding chaperone / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / viral genome replication / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm ...NNS virus cap methyltransferase / RNA folding chaperone / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / viral genome replication / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / phosphorylation / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTPase activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
![]() | Jenni, S. / Bloyet, L.M. / Dias-Avalos, R. / Liang, B. / Wheelman, S.P.J. / Grigorieff, N. / Harrison, S.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the Vesicular Stomatitis Virus L Protein in Complex with Its Phosphoprotein Cofactor. 著者: Simon Jenni / Louis-Marie Bloyet / Ruben Diaz-Avalos / Bo Liang / Sean P J Whelan / Nikolaus Grigorieff / Stephen C Harrison / ![]() 要旨: The large (L) proteins of non-segmented, negative-strand RNA viruses are multifunctional enzymes that produce capped, methylated, and polyadenylated mRNA and replicate the viral genome. A ...The large (L) proteins of non-segmented, negative-strand RNA viruses are multifunctional enzymes that produce capped, methylated, and polyadenylated mRNA and replicate the viral genome. A phosphoprotein (P), required for efficient RNA-dependent RNA polymerization from the viral ribonucleoprotein (RNP) template, regulates the function and conformation of the L protein. We report the structure of vesicular stomatitis virus L in complex with its P cofactor determined by electron cryomicroscopy at 3.0 Å resolution, enabling us to visualize bound segments of P. The contacts of three P segments with multiple L domains show how P induces a closed, compact, initiation-competent conformation. Binding of P to L positions its N-terminal domain adjacent to a putative RNA exit channel for efficient encapsidation of newly synthesized genomes with the nucleoprotein and orients its C-terminal domain to interact with an RNP template. The model shows that a conserved tryptophan in the priming loop can support the initiating 5' nucleotide. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 709.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 573.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 68.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 101.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 241313.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: San Juan 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P03523, RNA-directed RNA polymerase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, GDP polyribonucleotidyltransferase, EC: 2.1.1.296 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 29941.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: San Juan / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
#3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: VSV L:P / タイプ: COMPLEX 詳細: L protein (full-length) in complex with P protein (35-106) Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.24 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 100 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 3307 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Movies were gain-corrected and aligned using cisTEM. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | 詳細: CTF correction using cisTEM / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 246825 / 詳細: Resolution limit for picking: 2 nm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 83979 / アルゴリズム: FOURIER SPACE 詳細: Refinement and classification were limited to a resolution of 0.4 nm to produce unbiased resolution estimate at final estimate resolution. クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 70.6 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: CC + restraints | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5A22 PDB chain-ID: A / Accession code: 5A22 / Pdb chain residue range: 35-2109 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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