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- PDB-6tlj: Cryo-EM structure of the Anaphase-promoting complex/Cyclosome, in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tlj
タイトルCryo-EM structure of the Anaphase-promoting complex/Cyclosome, in complex with the Mitotic checkpoint complex (APC/C-MCC) at 3.8 angstrom resolution
要素
  • (Anaphase-promoting complex subunit ...) x 11
  • (Cell division cycle protein ...) x 5
  • Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta
  • Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A
キーワードCELL CYCLE / E3 ligase / Complex / Mitotic checkpoint complex
機能・相同性
機能・相同性情報


metaphase/anaphase transition of cell cycle / mitotic spindle assembly checkpoint MAD1-MAD2 complex / metaphase/anaphase transition of meiosis I / Inhibition of the proteolytic activity of APC/C required for the onset of anaphase by mitotic spindle checkpoint components / mitotic checkpoint complex / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / regulation of meiotic nuclear division / establishment of centrosome localization / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric ...metaphase/anaphase transition of cell cycle / mitotic spindle assembly checkpoint MAD1-MAD2 complex / metaphase/anaphase transition of meiosis I / Inhibition of the proteolytic activity of APC/C required for the onset of anaphase by mitotic spindle checkpoint components / mitotic checkpoint complex / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / regulation of meiotic nuclear division / establishment of centrosome localization / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / protein branched polyubiquitination / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / Phosphorylation of Emi1 / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / positive regulation of synaptic plasticity / regulation of exit from mitosis / anaphase-promoting complex binding / Phosphorylation of the APC/C / nuclear pore nuclear basket / outer kinetochore / protein localization to chromosome, centromeric region / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin ligase activator activity / protein K11-linked ubiquitination / enzyme-substrate adaptor activity / positive regulation of dendrite morphogenesis / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / mitotic sister chromatid cohesion / mitotic metaphase chromosome alignment / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / establishment of mitotic spindle orientation / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / mitotic sister chromatid segregation / cullin family protein binding / Transcriptional Regulation by VENTX / negative regulation of mitotic cell cycle / mitotic spindle assembly / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / positive regulation of axon extension / protein K48-linked ubiquitination / heterochromatin / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / regulation of mitotic cell cycle / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / nuclear periphery / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / Assembly of the pre-replicative complex / RHO GTPases Activate Formins / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / brain development / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / negative regulation of protein catabolic process / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / mitotic spindle / kinetochore / spindle pole / spindle / ubiquitin-protein transferase activity / Separation of Sister Chromatids / microtubule cytoskeleton / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mitotic cell cycle / nervous system development / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein phosphatase binding / molecular adaptor activity / cell differentiation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / cell division / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Mad3/Bub1 homology region 1 / Mitotic spindle checkpoint protein Bub1/Mad3 / Mad3/BUB1 homology region 1 / BUB1 N-terminal domain profile. / Mad3/BUB1 hoMad3/BUB1 homology region 1 / Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A / HORMA domain / Anaphase-promoting complex subunit 15 / The WD repeat Cdc20/Fizzy family ...: / Mad3/Bub1 homology region 1 / Mitotic spindle checkpoint protein Bub1/Mad3 / Mad3/BUB1 homology region 1 / BUB1 N-terminal domain profile. / Mad3/BUB1 hoMad3/BUB1 homology region 1 / Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A / HORMA domain / Anaphase-promoting complex subunit 15 / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : / : / Anaphase-promoting complex subunit 1 WD40 beta-propeller domain / Anaphase-promoting complex sub unit 1 C-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 middle domain / APC1 beta sandwich domain / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex, subunit 16 / Cdc23 / Apc13 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Apc13p protein / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit APC10/Doc1 / Anaphase-promoting complex, subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex APC subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 11, RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 2, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Mad2-like / HORMA domain / HORMA domain / HORMA domain profile. / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / HORMA domain superfamily / TPR repeat / Tetratricopeptide repeat / : / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Tetratricopeptide repeat / Herpes Virus-1 / Galactose-binding domain-like / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Zinc finger, RING-type / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Jelly Rolls / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta / Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 20 homolog / Cell division cycle protein 16 homolog / Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 ...Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta / Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 20 homolog / Cell division cycle protein 16 homolog / Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 7 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase-promoting complex subunit 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Alfieri, C. / Barford, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2020
タイトル: A unique binding mode of Nek2A to the APC/C allows its ubiquitination during prometaphase.
著者: Claudio Alfieri / Thomas Tischer / David Barford /
要旨: The anaphase-promoting complex (APC/C) is the key E3 ubiquitin ligase which directs mitotic progression and exit by catalysing the sequential ubiquitination of specific substrates. The activity of ...The anaphase-promoting complex (APC/C) is the key E3 ubiquitin ligase which directs mitotic progression and exit by catalysing the sequential ubiquitination of specific substrates. The activity of the APC/C in mitosis is restrained by the spindle assembly checkpoint (SAC), which coordinates chromosome segregation with the assembly of the mitotic spindle. The SAC effector is the mitotic checkpoint complex (MCC), which binds and inhibits the APC/C. It is incompletely understood how the APC/C switches substrate specificity in a cell cycle-specific manner. For instance, it is unclear how in prometaphase, when APC/C activity towards cyclin B and securin is repressed by the MCC, the kinase Nek2A is ubiquitinated. Here, we combine biochemical and structural analysis with functional studies in cells to show that Nek2A is a conformational-specific binder of the APC/C-MCC complex (APC/C ) and that, in contrast to cyclin A, Nek2A can be ubiquitinated efficiently by the APC/C in conjunction with both the E2 enzymes UbcH10 and UbcH5. We propose that these special features of Nek2A allow its prometaphase-specific ubiquitination.
履歴
登録2019年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10516
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anaphase-promoting complex subunit 1
B: Anaphase-promoting complex subunit 11
C: Cell division cycle protein 23 homolog
D: Anaphase-promoting complex subunit 15
E: Anaphase-promoting complex subunit 16
F: Cell division cycle protein 27 homolog
G: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
H: Cell division cycle protein 27 homolog
I: Anaphase-promoting complex subunit 4
J: Cell division cycle protein 16 homolog
K: Cell division cycle protein 16 homolog
L: Anaphase-promoting complex subunit 10
M: Anaphase-promoting complex subunit 13
N: Anaphase-promoting complex subunit 2
O: Anaphase-promoting complex subunit 5
P: Cell division cycle protein 23 homolog
Q: Cell division cycle protein 20 homolog
R: Cell division cycle protein 20 homolog
S: Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta
W: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
X: Anaphase-promoting complex subunit 7
Y: Anaphase-promoting complex subunit 7
Z: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,411,71223
ポリマ－1,411,71223
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Anaphase-promoting complex subunit ... , 11種, 13分子 ABDEGWILMNOXY

#1: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 1 / APC1 / Cyclosome subunit 1 / Mitotic checkpoint regulator / Testis-specific gene 24 protein


分子量: 216775.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC1, TSG24 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H1A4
#2: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 11 / APC11 / Cyclosome subunit 11 / Hepatocellular carcinoma-associated RING finger protein


分子量: 9854.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC11, HSPC214 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NYG5
#4: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 15 / APC15


分子量: 14286.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC15, C11orf51, HSPC020 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P60006
#5: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 16 / APC16 / Cyclosome subunit 16


分子量: 11677.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC16, C10orf104, CENP-27 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96DE5
#7: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 12 / APC12 / Cell division cycle protein 26 homolog


分子量: 9793.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC26, ANAPC12, C9orf17 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8NHZ8
#8: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 4 / APC4 / Cyclosome subunit 4


分子量: 92219.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC4, APC4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX5
#10: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 10 / APC10 / Cyclosome subunit 10


分子量: 21282.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC10, APC10 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UM13
#11: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 13 / APC13 / Cyclosome subunit 13


分子量: 8528.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC13 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BS18
#12: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 2 / APC2 / Cyclosome subunit 2


分子量: 93938.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC2, APC2, KIAA1406 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX6
#13: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 5 / APC5 / Cyclosome subunit 5


分子量: 85179.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC5, APC5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX4
#17: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 7 / APC7 / Cyclosome subunit 7


分子量: 66929.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC7, APC7 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX3

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Cell division cycle protein ... , 5種, 8分子 CPFHJKQR

#3: タンパク質 Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 8 / APC8 / Cyclosome subunit 8


分子量: 68921.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC23, ANAPC8 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX2
#6: タンパク質 Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 3 / APC3 / CDC27 homolog / CDC27Hs / H-NUC


分子量: 91973.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC27, ANAPC3, D0S1430E, D17S978E / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P30260
#9: タンパク質 Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 6 / APC6 / CDC16 homolog / CDC16Hs / Cyclosome subunit 6


分子量: 71747.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC16, ANAPC6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13042
#14: タンパク質 Cell division cycle protein 20 homolog / p55CDC


分子量: 41226.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC20 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12834
#15: タンパク質 Cell division cycle protein 20 homolog / p55CDC


分子量: 54796.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC20 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12834

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タンパク質 , 2種, 2分子 SZ

#16: タンパク質 Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta / MAD3/BUB1-related protein kinase / hBUBR1 / Mitotic checkpoint kinase MAD3L / Protein SSK1


分子量: 119681.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BUB1B, BUBR1, MAD3L, SSK1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: O60566, non-specific serine/threonine protein kinase
#18: タンパク質 Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A / HsMAD2 / Mitotic arrest deficient 2-like protein 1 / MAD2-like protein 1


分子量: 23533.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAD2L1, MAD2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13257

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Anaphase-promoting complex/Cyclosome, in complex with the Mitotic checkpoint complex (APC/C-MCC)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 27 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 343551 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00573849
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.759100076
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.2359974
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04311236
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00412734

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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