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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tbu | |||||||||
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タイトル | Structure of Drosophila melanogaster Dispatched | |||||||||
要素 | Protein dispatched | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / RND transporter / transmembrane domain / ectodomain / cholesteryl hemisuccinate / detergent micelle / digitonin / monomer | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / Formation and transport of the N-HH ligand / cytoneme / wing disc pattern formation / patched ligand maturation / segment polarity determination / smoothened signaling pathway / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å | |||||||||
データ登録者 | Korkhov, V.M. / Cannac, F. | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structure of the Hedgehog release protein Dispatched. 著者: Fabien Cannac / Chao Qi / Julia Falschlunger / George Hausmann / Konrad Basler / Volodymyr M Korkhov / 要旨: The Hedgehog (Hh) signaling pathway controls embryonic development and adult tissue homeostasis in multicellular organisms. In , the pathway is primed by secretion of a dually lipid-modified ...The Hedgehog (Hh) signaling pathway controls embryonic development and adult tissue homeostasis in multicellular organisms. In , the pathway is primed by secretion of a dually lipid-modified morphogen, Hh, a process dependent on a membrane-integral protein Dispatched. Although Dispatched is a critical component of the pathway, the structural basis of its activity has, so far, not been described. Here, we describe a cryo-electron microscopy structure of the Dispatched at 3.2-Å resolution. The ectodomains of Dispatched adopt an open conformation suggestive of a receptor-chaperone role. A three-dimensional reconstruction of Dispatched bound to Hh confirms the ability of Dispatched to bind Hh but using a unique mode distinct from those previously observed in structures of Hh complexes. The structure may represent the state of the complex that precedes shedding of Hh from the surface of the morphogen-releasing cell. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tbu.cif.gz | 304.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tbu.ent.gz | 252.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tbu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6tbu_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6tbu_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6tbu_validation.xml.gz | 40.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6tbu_validation.cif.gz | 58.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/6tbu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/6tbu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 139149.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Drosophila melanogaster Dispatched, tagged with a C-terminal 3C-protease cleavage site, YFP and twin-strep tag. 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: disp, CG2019 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9VNJ5 | ||||
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-Y01 / #4: 糖 | ChemComp-NAG / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Drosophila melanogaster protein Dispatched (disp) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.139 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 実像数: 9216 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 286136 / 対称性のタイプ: POINT |