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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6t20 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of phalloidin-stabilized F-actin (aged) | |||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Cytoskeleton / phalloidin / stabilized-actin filament | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / troponin I binding / myosin heavy chain binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / actin filament bundle assembly ...cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / troponin I binding / myosin heavy chain binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Pospich, S. / Merino, F. / Raunser, S. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: Structural Effects and Functional Implications of Phalloidin and Jasplakinolide Binding to Actin Filaments. 著者: Sabrina Pospich / Felipe Merino / Stefan Raunser / 要旨: Actin undergoes structural transitions during polymerization, ATP hydrolysis, and subsequent release of inorganic phosphate. Several actin-binding proteins sense specific states during this ...Actin undergoes structural transitions during polymerization, ATP hydrolysis, and subsequent release of inorganic phosphate. Several actin-binding proteins sense specific states during this transition and can thus target different regions of the actin filament. Here, we show in atomic detail that phalloidin, a mushroom toxin that is routinely used to stabilize and label actin filaments, suspends the structural changes in actin, likely influencing its interaction with actin-binding proteins. Furthermore, high-resolution cryoelectron microscopy structures reveal structural rearrangements in F-actin upon inorganic phosphate release in phalloidin-stabilized filaments. We find that the effect of the sponge toxin jasplakinolide differs from the one of phalloidin, despite their overlapping binding site and similar interactions with the actin filament. Analysis of structural conformations of F-actin suggests that stabilizing agents trap states within the natural conformational space of actin. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6t20.cif.gz | 364.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6t20.ent.gz | 307.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6t20.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6t20_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6t20_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6t20_validation.xml.gz | 63.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6t20_validation.cif.gz | 88.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/6t20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/6t20 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41875.633 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: skeletal muscle / 参照: UniProt: P68135 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 808.899 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | ChemComp-ADP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 5 mM Tris pH 7.5, 2 mM NaN3, 1 mM DTT, 100 mM KCl and 2 mM MgCl2, 2.0 %(v/v) MeOH, 0.03 %(v/w) Tween 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Rise 27.6 A, Twist -166.9 degrees | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 286 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Cs-corrected microscope |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 87 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5213 |
電子光学装置 | 球面収差補正装置: Cs-corrected microscope |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-8 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1209605 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 513783 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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