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万見
- EMDB-3837: Cryo-EM structure of jasplakinolide-stabilized F-actin in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3837
タイトルCryo-EM structure of jasplakinolide-stabilized F-actin in complex with ADP-Pi
マップデータ
試料
  • 複合体: Filamentous jasplakinolide-stabilized alpha actin in complex with ADP-Pi
    • タンパク質・ペプチド: Actin, alpha skeletal muscle
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: (4~{R},7~{R},10~{S},13~{S},15~{E},19~{S})-10-(4-azanylbutyl)-4-(4-hydroxyphenyl)-7-(1~{H}-indol-3-ylmethyl)-8,13,15,19-tetramethyl-1-oxa-5,8,11-triazacyclononadec-15-ene-2,6,9,12-tetrone
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードCytoskeleton / nucleotide states / filament stability / cell migration / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoskeletal motor activator activity / myosin heavy chain binding / tropomyosin binding / actin filament bundle / troponin I binding / filamentous actin / mesenchyme migration / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / striated muscle thin filament ...cytoskeletal motor activator activity / myosin heavy chain binding / tropomyosin binding / actin filament bundle / troponin I binding / filamentous actin / mesenchyme migration / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin, alpha skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Merino F / Pospich S
資金援助 ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
State of Thuringia43- 5572-321-12040-12 ドイツ
European Union615984 ドイツ
Studienstiftung des deutschen Volkes ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Structural transitions of F-actin upon ATP hydrolysis at near-atomic resolution revealed by cryo-EM.
著者: Felipe Merino / Sabrina Pospich / Johanna Funk / Thorsten Wagner / Florian Küllmer / Hans-Dieter Arndt / Peter Bieling / Stefan Raunser /
要旨: The function of actin is coupled to the nucleotide bound to its active site. ATP hydrolysis is activated during polymerization; a delay between hydrolysis and inorganic phosphate (P) release results ...The function of actin is coupled to the nucleotide bound to its active site. ATP hydrolysis is activated during polymerization; a delay between hydrolysis and inorganic phosphate (P) release results in a gradient of ATP, ADP-P and ADP along actin filaments (F-actin). Actin-binding proteins can recognize F-actin's nucleotide state, using it as a local 'age' tag. The underlying mechanism is complex and poorly understood. Here we report six high-resolution cryo-EM structures of F-actin from rabbit skeletal muscle in different nucleotide states. The structures reveal that actin polymerization repositions the proposed catalytic base, His161, closer to the γ-phosphate. Nucleotide hydrolysis and P release modulate the conformational ensemble at the periphery of the filament, thus resulting in open and closed states, which can be sensed by coronin-1B. The drug-like toxin jasplakinolide locks F-actin in an open state. Our results demonstrate in detail how ATP hydrolysis links to F-actin's conformational dynamics and protein interaction.
履歴
登録2017年8月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年12月20日-
マップ公開2018年6月13日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.032
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.032
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5ood
  • 表面レベル: 0.032
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5ood
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3837.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3837.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 288 pix.
= 313.92 Å		1.09 Å/pix.
x 288 pix.
= 313.92 Å		1.09 Å/pix.
x 288 pix.
= 313.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.032 / ムービー #1: 0.032
最小 - 最大-0.07868639 - 0.1569087
平均 (標準偏差)0.00007516541 (±0.0062935404)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 313.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z313.920313.920313.920
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.0790.1570.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_3837_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_3837_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_3837_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Filamentous jasplakinolide-stabilized alpha actin in complex with...

全体名称: Filamentous jasplakinolide-stabilized alpha actin in complex with ADP-Pi
要素
  • 複合体: Filamentous jasplakinolide-stabilized alpha actin in complex with ADP-Pi
    • タンパク質・ペプチド: Actin, alpha skeletal muscle
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: (4~{R},7~{R},10~{S},13~{S},15~{E},19~{S})-10-(4-azanylbutyl)-4-(4-hydroxyphenyl)-7-(1~{H}-indol-3-ylmethyl)-8,13,15,19-tetramethyl-1-oxa-5,8,11-triazacyclononadec-15-ene-2,6,9,12-tetrone
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Filamentous jasplakinolide-stabilized alpha actin in complex with...

超分子名称: Filamentous jasplakinolide-stabilized alpha actin in complex with ADP-Pi
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: skeletal muscle

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分子 #1: Actin, alpha skeletal muscle

分子名称: Actin, alpha skeletal muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: skeletal muscle
分子量理論値: 41.875633 KDa
配列文字列: DEDETTALVC DNGSGLVKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IE(HIC)GII TNW DDMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPTLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNV PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVLDSG DG ...文字列:
DEDETTALVC DNGSGLVKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IE(HIC)GII TNW DDMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPTLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNV PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVLDSG DG VTHNVPIYEG YALPHAIMRL DLAGRDLTDY LMKILTERGY SFVTTAEREI VRDIKEKLCY VALDFENEMA TAASSSSL E KSYELPDGQV ITIGNERFRC PETLFQPSFI GMESAGIHET TYNSIMKCDI DIRKDLYANN VMSGGTTMYP GIADRMQKE ITALAPSTMK IKIIAPPERK YSVWIGGSIL ASLSTFQQMW ITKQEYDEAG PSIVHRKCF

UniProtKB: Actin, alpha skeletal muscle

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分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #3: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION

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分子 #4: (4~{R},7~{R},10~{S},13~{S},15~{E},19~{S})-10-(4-azanylbutyl)-4-(4...

分子名称: (4~{R},7~{R},10~{S},13~{S},15~{E},19~{S})-10-(4-azanylbutyl)-4-(4-hydroxyphenyl)-7-(1~{H}-indol-3-ylmethyl)-8,13,15,19-tetramethyl-1-oxa-5,8,11-triazacyclononadec-15-ene-2,6,9,12-tetrone
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: 9ZK
分子量理論値: 673.841 Da
Chemical component information

ChemComp-9ZK:
(4~{R},7~{R},10~{S},13~{S},15~{E},19~{S})-10-(4-azanylbutyl)-4-(4-hydroxyphenyl)-7-(1~{H}-indol-3-ylmethyl)-8,13,15,19-tetramethyl-1-oxa-5,8,11-triazacyclononadec-15-ene-2,6,9,12-tetrone

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
5.0 mMC4H11NO3TRIS
2.0 mMNaN3Sodium azide
1.0 mMC4H10O2S2DTT
100.0 mMKClPotassium chloride
2.0 mMMgCl2Magnesium chloride
9.0 % (v/v)C2H6OSDMSO

詳細: 5 mM Tris pH 7.5, 2 mM NaN3, 1 mM DTT, 100 mM KCl and 2 mM MgCl2, 9.0 %(v/v) DMSO
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
詳細: Manual backside blotting using Whatman filter paper No.5..
詳細Rise 27.39 A, Twist -166.41 degrees

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Cs-corrected microscope / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum ER
詳細Cs-corrected microscope
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-15 / 実像数: 724 / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 78.0 e/Å2 / 詳細: Images were binned twice during motion correction.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 154223
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Initial model was generated from PDB 5JLF and filtered to 20 A using SPARX.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 123716
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)

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原子モデル構築 1

詳細Rosetta iterative refinement was combined with MDFF.
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-5ood:
Cryo-EM structure of jasplakinolide-stabilized F-actin in complex with ADP-Pi

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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